一对跨国武器走私分子夫妻，弄到了核武器的引爆装置，并想把它偷偷运出国。第一处接到要求他们找到引爆器隐藏地点的任务，于是派尼基塔化装成这对夫妻早年间失踪的女儿，取得了他们的信任，找到引爆器，避免了一场更大的灾难。

两名警察被一个恐怖组织绑架，恐怖组织的头目派瑞滋想要用这两名警察换他被捕的手下。勃考夫由派瑞滋发来的图像信号查到了他的落脚点，第一处的人马立即出动却扑了个空，狡猾的派瑞滋早已转移。勃考夫继续追踪，终于发现恐怖分子藏身在一个大楼内。尼基塔一马当先，探清恐怖分子的虚实，一举消灭恐怖分子，救出人质。

哈丁窃取了第一处的“花名册”文件，里面有所有工作人员的情况，大家面临着前所未有的危险。哈丁让反恐总部和另一名恐怖分子头目班考同时出价，结果总部获胜。哈丁乘公共汽车前来送文件，不料被班考杀死，文件也不知所踪。在对公共汽车上的乘客进行调查时，尼基塔结识了建筑师格雷，并设计破获恐怖组织，出色地完成了任务。

尼基塔爱上了格雷，可是特工工作的性质不允许她与外界的人产生任何感情。反叛精神极强的尼基塔开始不把处长的警告放在眼里，以为自己能处理好这种关系，依然与男友来往。后来，处长和麦克尔给她讲了许多类似情况引出的事故，终于使尼基塔痛下决心，与男朋友断绝来往。

恐怖分子利用货机运来了核弹头，并部署在人口众多的大都市。麦克尔在飞机场发现了一个自称是比萨饼店员工的鲁迪。鲁迪对数字特别敏感，根据他提供的车牌号，尼基塔很快就追踪到某大公司。在舞会上，鲁迪为了去看自己的妹妹，故意认错了人。情况越来越紧急，鲁迪终于认出了另一名案犯，勃考夫根据鲁迪提供的数字安全地拆除了核弹头。

国际杀手凯斯勒受雇于一个恐怖组织，准备往城市里的水源投毒。第一处获得情报，凯斯勒是个易容大师，经常改头换面，让人防不胜防，可是在他盗取毒品时还是被第一处抓获。凯斯勒死也不说他把毒品藏在什么地方，第一处欲擒故纵让他逃离。狡猾的凯斯勒取下跟踪器，并打电话让麦迪琳亲自与他见面，否则就马上投毒。麦迪琳按时出现在接头地点，制服了凯斯勒……