消失多年的徐雅兰再次出现，29岁的她已经成为一名小学教师，而她的另一个身分却是调查局特务。厉峰单独约见了她，要求她回到文为均身边，监视他的行动。她的身分已被调查局重新安排，为了绝除隐患，调查局特务将她的舅舅和舅妈杀害……

为了救妻子，山本康夫找来了日本最好的律师，但被军国主义情绪笼罩的日本却没有一个人愿意站出来为青田秀辩护。山本康夫焦头烂额，芳子将报考中野学校的事告诉了父亲，得知了女儿报名军校的事山本康夫万分震惊，他带着女儿来到中野学校了解情况，得知中野学校原来是培养高级间谍的专业军事院校，山本康夫呆若木鸡，山本康夫无法理解她们的举动，看着惠子坚决的表情，他举起了手却迟迟没有落下……

心急如焚的山本康夫恳求校长小川将军放过两个女儿，小川将军告诉他，他有权力带走自己的女儿，但他的两个女儿，特别是惠子是难得的人才，如果能留下将来一定会成为一名优秀的间谍，而最重要的青田秀也能因此获救。一边是女儿的前途，一边是妻子的命运，山本康夫陷入了沉思……

无奈的山本康夫带两个女儿来到了监狱，不及开口，惠子就将一切和盘托出，她告诉青田秀，父亲已和军方做了交易，用她们的加入来换取母亲的平安。面对这样的事实，青田秀大惊失色，无论山本康夫如何解释都无法说服妻子，悲痛欲绝的青田秀提出了离婚，在她看来只有这样才能消除自己带给女儿的“耻辱”，这样她们就能正常的生活。妻子的话让山本康夫想起了文为均，他面无表情盯着青田秀，突然转身走向房门。

对青田秀的审判还没有开始，小川将军拿着判决书找到山本康夫，青田秀被判终身监禁。原来，法院已受军方的授意，审判结果只是照本宣科而已。小川向山本康夫提出了条件：如果他能为日方研制新型密码，那他就可以把妻子带回家看管。为了妻子的安全，山本康夫不得不点头默许，而他的两个女儿却无可避免地走上了间谍之路……

青田秀被山本康夫接出了监狱，日本军国主义势力的无可逆转，甚至连自己女儿的命运也改变不了，丈夫也被一只无形的手拽着，逐渐走向战争，她已心如死灰。

林平和林琴姐妹都面临着感情的困扰，黄永青面对林琴的热情总是表现出一种冷漠，而林平和王浦江感情日臻，林平要带王浦江见父亲，王浦江心向往之，他也将此事报告了直接领导陈克。他告诉陈克自己对林平的感情，并打算将林平发展成党员，本以为陈克会支持自己的决定，却没想到通情达理的陈克这次却没有理由的一口回绝，并要他告诉林平，自己“调查局特务”的身分，彻底断绝和林平的关系。王浦江强忍心中的悲痛，服从了组织的安排。

陈克心里很清楚，他们的一切行动都是为了保护核心秘密党员林忠强，不能因为个人的情感破坏全局，这种选择也是无奈的。他找到林忠强，把事情告诉了他，原本对王浦江十分欣赏的林忠强此时也不得不痛下决心，断绝女儿的“幸福”。

于是，一场“负心”行动开始了。林平再见到王浦江的时候，他已是一身戎装，面对林平吃惊的眼神，他把将自己调查局特务的身分“如实相告”。他告诉林琴，自己从未动过真情，和她交往只不过是逢场作戏，真正的目的是为了调查她身边是否存在地下党员。听到这里，林琴几近崩溃，同样痛苦的王浦江却无法表达心中的悲冤，转身含泪离去。

满怀忧愤的王浦江接到了厉峰的命令，带领手下端掉了日本特工的据点。忧愤交加的王浦江将怒火喷泄欲出，连夜对俘的日本特务严刑逼供，面对王浦江的残忍，惊恐的日军特务终于开口……

这一切早已被密室中的厉峰看得一清二楚，他对这个出手狠辣的年轻人大加赞赏，奠定了王浦江在调查局中的位置。

文为均带黄永青参观军委会密电所，黄永青看到军委会灯火通明，正是在做大战前的准备。黄永青受到感召，欣然接受了文为均的邀请，成为了密电所二处处长，少将军衔。

1936年12月，西安事变爆发，在中国共产党的积极努力下，蒋介石被迫同意停止内战，联合抗日。

西安事变七个月后，七七事变爆发，日军开始全面侵华战争，历时八年的抗日战争由此开始。

时间回到1937年11月，此时的文为均在“黑室”中与黄永青把酒浇愁。黄永青坚信自己所破译情报的价值，他认为正是军方的犹豫不决才导致了今天的败局，义愤填膺的黄永青毅然离开密电所，文为均苦留不住，只得任他离去。

江宁镇防区，林忠强正在视察阵地，毛祖和突然来访，已经是军委会机要室主任的他想为林忠强请一道委员长密令，让林忠强的部队撤到江北，一方面，为了林忠强的个人安危，一方面，也是蒋介石的授意。林忠强感谢毛祖和的好意，但作为一名军人，此时此刻更应战死沙场以明其志。

傍晚，陈克找到林忠强，代表党组织找他谈话，同样是要求他安全撤离阵地，但林忠强亦然拒绝，他告诉陈克，自己虽然是一名中共地下党员，但他更是一名中国军人，国家危难之际，誓与阵地共存亡。离别之际，林忠强将两个女儿托付给了陈克。

南京郊外，惠子和芳子又换上了中国姑娘的装束，惠子和芳子跟随特工队，混入中国难民中，提前进入南京城。小川将军邀请山本兄弟一同观看战争的“盛况”，希望以此激发出山本康夫的爱国热情，看着将要出发执行任务的女儿，山本康夫陷入了沉思。

林忠强深夜赶回家和女儿作最后的诀别，父女三人刚刚见面，远方传来了炮声，林忠强告诉女儿，到时他的朋友陈克和王浦江会来接她们，说完纵身跳上吉普车赶往前线，两姐妹含泪目送父亲的吉普车远去，姐妹二人自觉阻止不了父亲的决心，含泪目送父亲离开。

此时，日军已开始了对南京的全面进攻。

毛祖和带着委员长秘密手令来到林忠强的阵地，要他将阵地交给友邻部队，立刻率部转移，林忠强拒绝，防守南京的部队均为溃败之师，军心已乱，自己一撤，势必引发混乱，南京将立刻陷落。几乎就在此时，日军开始进攻，林忠强立刻冲上阵地，南京保卫战开始了。

陈克与王浦江赶到林忠强家，寻找林忠强的两个女儿林平和林琴。林平和王浦江这两个曾经的恋人无言对视，林平拒绝与王浦江同行。在陈克的劝说下，林平找妹妹商量，可林琴却不知所踪，林平心急之余想到了黄永青，林琴一定是去找他了，二人乘车四下寻找。在炮火声中。日军的炮弹落下，王浦江不顾危险，保护林平。

密电所紧急撤离，但飞机座位有限，文为均让徐雅兰马上出城，约定在武汉汇合。

林琴赶到密电所找黄永青，从文为均那里得知黄永青已离开，正好遇到赶去寻找黄永青的郭忠良，二人赴中央大学找人。途中，二人被毛祖和无意中发现，但林琴拒绝离开，她要寻找黄永青。

南京城外，守军正浴血奋战，但双方力量悬殊，各条防线相继告破。林忠强亲自冲上阵地，率队与日军搏杀。但大批日军已涌入城门。

林忠强终于战死在阵地上，南京城陷落了。

惠子和芳子带领先遣部队入城，开始向逃难的人群射击，正好被逃难的黄永青撞见，千钧一发之际，郭忠良和林琴赶到将他救下，三人躲进一处居民楼内。惠子命令向居民楼内开枪，林琴保为护黄永青而负伤。正在千钧一发之际，大批日军开始进城，惠子放弃了追赶，带队向城里开进。

日军全面攻陷南京，在小川将军的陪同下，山本康夫观摩了战争的“壮景”，终于，他穿上了早已为他准备好的日军军服……

寻找林琴未果，王浦江、林平二人按陈克部署的路线撤离。二人独处，林平似乎找回了恋爱时的温存，当问到王浦江为何弃她而去时，王浦江只得忍痛再次伤害了林平。林平并不知道他内心的苦衷，神情恢复了冷漠。

王浦江把林平送上事先安排好的渔船上，看到黄浦江并未随自己一同上船，林平又气又急，而王浦江的身影却渐渐消失在夜幕中。

进城的日军开始了举世震惊的大屠杀。在黄永青建议去南京大学英文系教授怀特家避难，三人离开居民楼向外跑去，大批进入的日军已开始屠城，他们在撤退中被日军发现，为掩护二人撤退，林平不顾安危冲出了巷子引开了敌人的视线，黄永青谼拦住林琴，可为时已晚。在郭忠良的带领下，他们来到了怀特教授家，并在他的保护下，借英国政府之名逃出魔掌前往重庆，而林琴却生死未卜。黄永青为林琴的勇气所折服，也为她对自己的情意所感动，但此时的他却无能为力，陷入了深深的痛苦中。

芳子随父亲回国供职，惠子却接受了新的任务，参谋本部命令她化妆成中国难民悄悄潜入重庆，长期潜伏。

1940年，随着作战地区的不断扩大，日军侵华战争陷入持久作战的泥潭。同时也激化了与英美的矛盾，重要战略物资的进口受到限制，日本国内经济受到严重影响。

1940年9月，日本与德国、意大利三国同盟条约在柏林签字。

日本，山本康夫家。山本康夫将新研制成功的“紫光一号”密码交给山本五十六，并告诉他接下来的二号、三号也在酝酿当中。山本五十六对山本康夫的努力大加赞赏，并要求他在一年必需将最高级的“紫光三号”研制出来提供日本联合舰队使用。恰在此时，回到中野学校从事文职工作的芳子带恋人小野平突然来访，青田秀对这个诚实正直的小伙子很有好感，但想到身处前线的惠子和战争带来的无尽杀戮，青田秀犹豫了。

深夜，芳子来到了父亲的房间，山本康夫一眼就看出了女儿的想法，为了女儿的将来他拒绝女儿和小野平来往，他深知作为一个特工，必定会身处险境，小野平不可能像芳子一样留在后，。女儿和小野平的真爱终于打动了青田秀，她和女儿一起跪在地上说服丈夫把小野平留在后方，处于矛盾的山本康夫答应试一试。

黄永青、郭忠良一行人等顺利抵达重庆，徐雅兰也回到了文为均身边，此时的她已经对文为均有了感情，文为均对她却只有愧疚之情丝毫没有爱慕之意，而黄永青此时满脑子想得却是生死未卜的林琴，她对林琴已悄然生情，对于郭忠良新截获的日军密码却无心破译。

日军轰炸机对重庆展开了毁灭性的轰炸，连最高军事统帅蒋介石的安全也受到了威胁。军委会张诚将军对于日军的轰炸极为震怒，他意识到密码的破译工作越来越重要，因此他以军委会的名义发出了命令，将国民政府所有的密电机构统一合并进军委会密电所，文为均任所长，黄永青任秘书长兼破译组组长，郭忠良则成为了破译组副组长。

密电所重新组建，各方势力也派出了自己的亲信，毛祖合作为委员长的亲信出任第一副所长，而调查局厉主任也派出自己的亲信，汪伪叛将韦国平进入，成为了密电所副所长，此时的文为均已经意识到，他只不过是个“空壳”，他已被毛祖和与韦国平架空。

文为均几次为徐亚兰介绍军内的少壮派军官都被拒绝，面对感情，二人再度陷入尴尬。厉峰约见徐雅兰，告诉她计划改变，要她努力让文为均爱上自己，并成为文太太。厉峰威胁徐雅兰，如果她不这么做，他就将她的身份告诉文为均。想到让文为均会因为此事终生鄙视自己，百感交集的徐雅心绪难平。

毛祖和带来了消失已久的林平，她成为了黄永青的机要秘书。黄永青对这个救命恩人早已有了好感，但此时的林琴却一反常态，对黄永青越发冷淡，对于她的反常，百思不解的黄永青陷入了痛苦，对她的感情更加执着。