京城的街道上，“还珠格格”一行人，正热热闹闹的出巡，而街头的一角，紫薇和金琐则无法置信的望着这一幕，心想着：难不成小燕子真的背叛了紫薇吗？ 时光追溯到数月前，举目无亲的夏紫薇，带着婢女金琐，以及母亲所留给她的信物，打算到北京城来与父相认，而她的父亲，也正是当今大清朝的皇帝乾隆。 在相认的途中，紫薇巧遇了刚大闹完梁大人官邸的女贼小燕子，并且还帮了小燕子的忙，躲避了官兵的追踪，使得两人均对彼此留下了深刻的印象即分别。 不久后，紫薇再度在路上遇见了正在卖艺骗钱的小燕子，此时，一名歹徒欲强抢紫薇的包袱，这会是由小燕子出手救了紫薇，就这样，两名小姑娘结成了好友，这个故事也就此展开了。

紫薇和小燕子相识没多久，便结成了好友，两人个性截然不同，小燕子爽朗开放，紫薇温雅娴静，却能彼此相容契合，为周遭带来欢笑。小燕子见紫薇一名女子独自带着金琐在外寻亲，无人照料，便提议紫薇搬进大杂院中与自己同住，两人友情发展迅速，过没多久，在众人的见证下，两人结拜成了姊妹。 紫薇信任小燕子，因而决定将此次进京的理由告知小燕子，也就是和乾隆相认。小燕子听后大惊，但随即便拍胸脯表示，定会义不容辞的帮助紫薇，好使紫薇能够顺利认父成功。 小燕子千万百计地打听到了乾隆狩猎的消息，便带着紫薇翻山欲直接将信物交给乾隆，但因紫薇身体不适，小燕子遂自告奋勇，带着紫薇的信物，独自去见乾隆。 狩猎场内，永琪和尔康、尔泰正在比试狩猎，不料，永琪的箭竟直接地误射入小燕子的身上。

小燕子误被永琪射伤，令众人大惊，而乾隆见了小燕子身上所背之摺扇及烟雨图，则更是震慑，不但没将私闯围场的小燕子问罪，反倒将她带回了宫中，并要太医们给予其她最悉心的照料。 话说烟雨图及摺扇，此乃乾隆当年微服出巡时，和一名女子夏雨荷相恋时所留下之信物，如今时光已匆匆过了十九年，而小燕子看来也不过十八、九岁，再加上小燕子在昏迷时所隐约吐露出的找皇上之类的言语，更加使得乾隆坚信小燕子就是他的亲生骨肉。 而小燕子在清醒后，竟被乾隆的细心照顾及皇宫内的富丽堂皇所迷惑了，糊里糊涂地，便认了乾隆这个爹。紫薇四处寻找小燕子不成，深怕小燕子被当成刺客而被乾隆问斩，因而深深自责不已。不料，金琐却提出了不同的意见，认为紫薇如今遗失了其视之比生命还重要的摺扇和卷轴，又该如何呢？ 小燕子身体终于逐渐康复，在令妃的陪同下，小燕子认识了永琪和尔泰，小燕子大刺刺的性格，使得她立刻就和两个年青人结成了好友。

善妒的皇后对于乾隆长期以来的风流韵事早有不满，此回乾隆居然平白无故冒出了个来自民间的女儿，又被令妃所照料着，更是使她心有芥蒂，强烈排斥着小燕子。但乾隆的整颗心早己沈溺在当年和夏雨荷间山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在对质的过程中有许多叙述不清的地方，乾隆仍旧认定了小燕子就是他失散多年的女儿。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已过世的消息，更令他想藉着这个时机，好好的补偿小燕子多年来所欠缺父爱。 在大臣纪晓岚的建议下，小燕子以义女的名义，被乾隆封为“还珠格格”，并准备在祭天大典时，召告天下世人。紫薇于祭天大典时发觉小燕子竟成了格格，这使她惊讶不已，直觉认定小燕子背叛了自己，因而在街上情绪失控的大吼，却换来了官兵们的一阵毒打。 尔康发觉事有蹊跷，将紫薇带回家中疗养，加上紫薇对于夏雨荷之事的详尽叙述，使得众人对於小燕子的身份，开始起了怀疑。

小燕子为求能见紫薇一面，居然将自己化妆成了小太监，并打算趁深夜里偷溜出宫，但皇宫禁备深严，岂会让她如此轻易地就离开。乾隆得知此事后，虽然原谅了小燕子，却也坚定了乾隆要好好教导小燕子礼数的决心。 紫薇得知了小燕子伪装出宫欲见自已之事而感动不已。在尔康及尔泰的建议下，众人决议将事实告知永琪，透过永琪的里应外合，尽快让紫薇及小燕子见面，好让事情及早水落石出。 小燕子在永琪和尔泰的面前，竟然没推托的便将事实全招了，而当她得知紫薇如今在福家之时，更是雀跃不已，不分由说的就要立即去见紫薇。 永琪适时向小燕子分析了事情的严重性，小燕子这才知道自己犯下了欺君大罪。此时，正巧皇后来探，小燕子不慎冒犯皇后，而被容嬷嬷打了一耳光。永琪见情势危急，急忙请出了乾隆。

小燕子和皇后间的风波在乾隆的出面後终告平息，但皇后对小燕子的敌意却是更加的浓厚了。小燕子漏夜写了封信托永琪带给紫薇，原来大字不识几个的小燕子托人带来的是画不是信，正当众人猜不透小燕子画中之意时，紫薇竟将小燕子的画用诗表达出来，令众人对紫薇的才情佩服不已，尤其是尔康。 紫薇从画中得知小燕子乃是身受重伤才得以入宫，又知道乾隆仍未忘了自己的母亲。在深思之下，紫薇决定放弃认亲之事，将此秘密永藏心中。正当紫薇打算离开的同时，尔康为留住紫薇，忍不住地向紫薇告白了，尔康此举令紫薇震慑不已，居然点头答应留下，也不再掩藏彼此之间早已滋长的情愫。 乾隆为调教小燕子，命令小燕子和众阿哥等人一同上课，幸得永琪和尔泰的帮忙，才让小燕子安然渡过此难关，也为平静的课堂带来了笑声及活力。 不料，皇后此时却降低姿态向乾隆示好，终於由乾隆口中取得了教养小燕子的权力。