乾隆听了皇后所说之事后，表面上虽不以为意，心中却不免有些怀疑，遂决定亲自至漱芳斋一探究竟。乾隆原以为会在漱芳斋内看见荒唐无礼教的一幕，不料漱芳斋内的情景却祥和地令人羡慕。紫薇正在弹琴唱歌，小燕子则在一旁陪着她，待乾隆加入她们后，更加对紫薇琴棋诗画样样精通的才情折服不已。 在言谈中，紫薇不禁意地谈到了自己的父母，乾隆虽不知紫薇便是自己的亲生骨肉，但在举手投足间所流露出的关爱，却已让紫薇感动万分。就这样，乾隆在漱芳斋内渡过一夜，直至天明，也让小燕子等人对于真相大白的一日，渐渐有了希望。 乾隆对于小燕子愈是宠爱，皇后对于小燕子和紫薇的来历便更加地猜忌，于是派了容嬷嬷时时监视着两人的举动。 终于小燕子忍无可忍，仗着有永琪撑腰，当着众人的面，狠狠地教训了容嬷嬷一顿。小燕子冲动的行为，不但使得小燕子和皇后间的关系更形恶化，也为紫薇在宫中的生活，种下了一层深深的隐忧。

乾隆有了带着永琪、尔康、尔泰“微服出巡”的想法，小燕子得知后便直嚷着也要去。就在这同时，皇后居然派了几个小太监，趁着小燕子不在，不顾漱芳斋内众人的阻挡，将紫薇强押至坤宁宫。 皇后对于紫薇的来历早有怀疑，认为小燕子和紫薇之间必有阴谋，加上容嬷嬷早对紫薇怀恨在心，居然私下便对紫薇刑求，紫薇虽被折磨的不成人形，却依旧没对皇后透露小燕子的真实身份。 小燕子得知紫薇被皇后带走之事大惊，连忙和永琪等人至坤宁宫找皇后要人，不料皇后却推说早已让紫薇回去了。众人无奈之下，竟决议由永琪、尔康、尔泰三人夜探坤宁宫，好得知事实真相。 是夜，尔康等人果然在坤宁宫中发现了伤痕累累的紫薇，尔康心疼，但仍接受众人的建议，隔日再救紫薇。小燕子一早便至寝宫向乾隆求情，乾隆对于皇后此举大惊，连忙至坤宁宫质问皇后。皇后本不愿意认帐，但永琪等人以亲眼在此见到遍体鳞伤的紫薇为由，终于说服乾隆，救出了紫薇，也狠狠地给了容嬷嬷一番教训。

紫薇在皇后的严刑拷打下遍体鳞伤，幸得乾隆前来援救，一条小命终给保住，乾隆也亲眼见识到了后宫的黑暗与残酷，盛怒的他严惩容嬷嬷并且下令尔康派高手保护漱芳斋，并与皇后言明自己对小燕子与紫薇的喜爱，希望皇后能够退让一步。 小燕子为了保护自己与漱芳斋中的每一个人，因此要求大家一齐和她学武，紫薇在乾隆的关怀与呵护下越发陷入难以割舍的『父女亲情』中，而一旁的尔康则是担心乾隆对紫薇的心意暧昧不明，一心想将紫薇带离皇宫。 乾隆打算带紫薇与小燕子微服出巡，突然间，乾隆问小燕子是否愿意婚配给尔康，现场众人均感到惊恐，此时，永琪才知尔泰也喜欢小燕子，两人为了手足情相互退让，但因为尔泰心知小燕子喜欢永琪，因此言明退让，三人打算在此次微服出巡时，为紫薇与小燕子争取特赦令，并且想办法找个适当时机，说出真相，不过尔康心中仍为乾隆对紫薇的态度惶惶不安，因此他着急地想说出真相┅┅

永琪、尔康、尔泰，一方面担心乾隆将紫薇纳入后宫，一方面也担心小燕子欺君的事实将惹来杀身之祸，一行人在出巡的路上便极力设法让小燕子、紫薇讨乾隆开心，希望能获得乾隆承诺于两人『特赦令』再将紫薇才是真正的还珠格格一事说出，让两人各归其位。 然而，小燕子却三翻两次，成事不足地破坏了众人讨好乾隆的计画，幸得紫薇机智的反应，才让情事转危为安。众人因祸得福地，及让小燕子要宝逗乾隆开心，也让紫薇的聪慧得以发挥，使乾隆对他夸目相看。 话说一行人走到一个城镇，城里一个大户人家正举行抛绣球招亲，热闹异常，众人好奇趋前观看，顽皮的小燕子，眼看招亲的姑娘貌美，又看到有如此多人要抢的那个绣球，一时技痒，便纵身一跃，抓到绣球，往永琪抛去。永琪一惊，又将绣球又拨还给小燕子，两人你来我往之时，一个偏了，只见绣球直往人群旁的一个乞讨少年飘去┅┅

路旁的一个乞讨少年莫名地接到小燕子多事抢下的绣球，却马上就被举行招亲的人家拒绝，收回绣球，小燕子为之气结。乾隆见该乞讨少年说话不俗，详问之下，才知原是一位落魄文人，便出面让该户人家接受这名少年，完结此事。 然而，小燕子胡闹地将绣球抛给永琪一事，却让永琪气愤不已，永琪暗恋小燕子已久，近来更为解决他欺君之事操心劳神，眼见他如此不解风情，只得焦急地向他表明爱意。 平时大而化之的小燕子，经永琪真诚的告白，也隐隐约约尝到爱情的酸甜滋味，但想到现在他和永琪的兄妹身份，众人只有静待时机，向乾隆揭露真相。 一行走来，乾隆被小燕子、紫薇一武一文，一动一静的表现，逗得好不开心，对两人更是加倍的宠爱。 一日，更因为替两人遮雨，而让自己受风寒。小燕子、紫薇悉心照顾乾隆，紫薇尤其细心服伺在侧。纪晓岚见状，不禁向众人透露，如此优秀的紫薇，应该不久就会被乾隆纳入后宫┅┅

永琪、尔康无意间撞见睡醒的乾隆正握着紫薇的手，两人大惊，急退出房，心中更是害怕乾隆会对紫薇产生男女之情。 尔康心急地就要冲进房，向乾隆说出真相，幸亏永琪制止，后来紫薇也告诉尔康自己已成功地唤起乾隆对她母亲雨荷和他之间的印象，相信不久以后，就可以对乾隆表明自己的身份，尔康才稍稍平复心中躁动的情绪。 一行人走到一个小镇，见到路旁一位表明要卖身葬父的女子采莲，正受到地方恶霸的欺负。好打抱不平的小燕子，自然又是毫不思索地挺身而出，打跑了这帮人。 永琪见采莲孤苦无依，便给采莲一些银两，要她自行到北京寻亲，没想到采莲反而一路跟着永琪一行人。永琪见状不忍，只有暂时收留采莲，小燕子因而醋劲大发。 无奈小燕子因为平时粗声粗气惯了，怎麽也拉不下脸向永琪说明自己的心情，反而对永琪出言讽刺。自小倍受尊宠的永琪，忍不住小燕子的顶撞，冲动的回嘴，两个年青人自此开始冷战。小燕子心痛至极，竟忍不住落下泪来，永琪大惊，後悔不已。而正当永琪正准备向小燕子道歉时，小燕子己翻身上马身，飞奔而出。