小燕子为采莲之事与永琪大闹别扭，并在骑着马与永琪争吵时不慎落马，让永琪好生心疼不已，向小燕子表明了自己的心迹。小燕子也按捺不住心思，终於破涕为笑，与永琪误会冰释、言归於好，此风波终告平息。 一行人行经江边，巧遇一群乡绅父老正在吟诗作对，乾隆命紫薇加入作诗，而紫薇也不负众望地达成使命，不禁获得乾隆的深心喜爱，也使她的地位逐渐变的巧妙。 一日，一行人分别在人群拥挤的市集中看热闹，紫薇与乾隆遇见一对卖茶叶蛋的老夫妻，突然他们抽出预藏的短刀，往乾隆身上刺去，一时间风云变色，市集中的民众均摇身成了刺客，频频攻击乾隆，紫薇见情况紧急，竟奋不顾身地替乾隆挨了一刀。 但紫薇的孱弱之躯那堪如此的摧残，她立即昏死了过去。乾隆见状大惊，尔康更是心急如焚，急忙抓着胡太医为紫薇进行诊治。 紫薇终於在有惊无险下渡过了此次难关，但尔康见到了此番乾隆对紫薇的细心呵护，以及眼中隐隐流露出的关爱眼神，让尔康惊觉此事不可再拖延，因而下定了决心，待紫薇的身子骨一痊愈，他便要带着紫薇，远离这个是非之地。

紫薇的伤势在众人的耐心照顾下逐渐痊愈，小燕子见紫薇伤势已有起色，便掩不住淘气的本性，和孩子们玩起了毽子，甚至还有些得意忘形的以轻功飞上屋顶，准备为孩子们捡毽子。永琪担心小燕子的安危，一直默默在旁蓄势待发。果然，小燕子被乾隆的怒斥声吓着，一时乱了脚步，幸有永琪及时飞身而起，将小燕子接入怀中。乾隆见了此景，惊觉永琪与小燕子间的不对劲，心中也开始有一个念头逐渐成形。 西藏土司准备来京城叁见乾隆，一行人终於匆匆忙忙回京。一回到漱芳斋，小燕子便迫不及待地将这段日子的经历说给金琐等人听，听得大夥一愣一愣的。 而当晚乾隆也下旨赏了许多酒菜给小燕子和紫薇，明令当晚漱芳斋内没有阶级之分，小燕子等人就在无限的惊喜下，狂欢至夜深。 西藏土司和公主塞娅终於抵达京城了，一路上吹吹打打的好不热闹，小燕子也捺不住个性，躲在宫里的一角偷看，却被乾隆发现，而被唤了出来。

小燕子和塞娅的初次见面即因大清的礼教必须跪拜，而使小燕子自认比塞娅低了一截。而在隔日的比武大会上，小燕子更是不甘势弱地，和塞娅在场边比起了叫嚣，纷纷为自己本国的武士加油，幸好尔康不负重望地轻易打败了所有的西藏武士，还不费吹灰的收服了塞娅，为小燕子狠狠争了口气。 永琪等三人自塞娅来访后，便被乾隆派遣陪伴着塞娅日日出外游玩，而无暇来到漱芳斋，令小燕子气愤万分。适巧令妃来探，不但在语气中隐约隐射了乾隆欲纳紫薇为贵人之消息，也透露了乾隆有意让五阿哥永琪与西藏公主塞娅联姻之事，使得小燕子为之气结不已。 待永琪等人来访，小燕子劈头就给永琪脸色看，直嚷着要永琪去陪塞娅。永琪这才知道，原来乾隆这些日子安排他陪伴塞娅，竟是为了要他和塞娅联姻。

小燕子得知乾隆有意将塞娅许配给永琪之事气愤不已，因而和永琪大吵一架，永琪为求安心，立即决定叁见乾隆，好了解事情的来龙去脉。不料却得知塞娅看上的人选竟是尔康，且乾隆己在拗不过塞娅的坚持，答应了此门婚事。 永琪匆匆将此消息带给众人，紫薇一听之下险些昏倒在地，而尔康也焦急万分，坚持不愿弃紫薇而娶塞娅，众人在无计可施的情况下，终於决定将事实真相大白，一行人立即前往叁见乾隆。 乾隆得知真相后气愤莫名，痛斥众人串通小燕子和紫薇两人所犯下的欺君大罪，加上皇后在一旁扇风点火，使得乾隆着实气昏了头，不顾小燕子的声泪俱下，紫薇的亲情召唤及众人的苦苦哀求，在一声令下，将小燕子、紫薇、金琐三人，送进了宗人府。

小燕子等人因欺君之罪被送进了形同冷宫的宗人府，里头不但暗无天日，还得日日与蟑螂、老鼠为伍，日子已过得苦不堪言。更没料到的是，皇后竟利用私权，在宗人府尚未接到乾隆的命令前，便先行审起了小燕子等人来，甚至还滥用私刑，希望能将三人屈打成招。紫薇不明究理，以为梁大人乃乾隆所派，因而对乾隆失望透顶，故对於梁大人的逼供态度坚硬，坚不认罪，三人也因此被梁大人折磨的伤痕累累。梁大人见逼供不成，只好将三人再度关入牢中。 另一方面，乾隆在令妃及永琪、尔康的求情下，态度已逐渐软化。但心急如焚的永琪等人，在等不到乾隆的正面会应下，竟找来了柳青、柳红，自宗人府中将小燕子等三人劫了出来，并打算带着他们远走高飞，由尔泰回去料理一切。但紫薇等人深知，尔泰这一回去，真能取得乾隆的谅解吗？而紫薇也真的无法和乾隆相认吗？众人在深虑之下，竟决定驱车一同和尔泰回宫向乾隆求情，留下了惊愕不已的柳青和柳红。

乾隆得知永琪竟率人去劫宗人府之事后暴跳如雷，立即吩咐福伦带兵寻回众人。不料福伦尚未出城，便见到驾着马车准备回宫的一行人。福伦直觉其中必有隐情，因而立即带着众人去见乾隆。 众人在见了乾隆後苦苦哀求，乾隆想到了这一切事物的发生起点均出於当年自己对夏雨荷的情不自禁，终於态度软化，原谅了众人，也认了紫薇。但当乾隆决定将滥用私刑的皇后关入宗人府时，永琪、紫薇等人竟还纷纷替皇后求情，令乾隆惊讶不已、只得作罢。 乾隆虽认了紫薇，也免了小燕子的死罪，但尔康和塞娅的婚事却无法取消。尔泰为帮助尔康、刻意陪着塞娅游山玩水、比武论试，终使塞娅改变心意，执意非尔泰不嫁。 在众人的期待下，乾隆下旨封紫薇为“明珠格格”，许配尔康；小燕子改封“还珠郡主”许配永琪，西藏公主塞娅则许配尔泰，“还珠格格”这件乌龙公案，终於欢喜圆满落幕，但这群年青人们的故事，却永远不会轻易结束。