东汉和帝年间，定远侯之子班勇被敦煌太守张郎诬陷入狱，一直协助班勇开拓西域的飞驼商队首领刀爷得到密报，班勇入狱的真正原因是商队曾想拥立班勇西域自立为王一事被泄露。 此时商队的飞彪旗从中原返回西域，在哭泉突遇神秘教派咒奴的伏击，一行人连马匹、骆驼、兵器、货品在沙漠中消失得无影无踪，惟有旗主迟彪一人幸免，在半梦半醒间见到了咒奴的护法天琴娘子，天琴告诉他刀爷并非真正的英雄豪杰，而是背信弃义之人，曾杀害迟彪的父亲献给匈奴。 朝廷权臣谢司寇到狱中探望班勇，询问传说中拥有神奇法力的孔雀刀所在，班勇却说自己并不知道刀的下落。 醒来后的迟彪找到刀爷报仇，被刀爷制伏。刀爷怀疑出了内奸，下令十二旗主速至葡萄城集合，自己却独自离去，无人知其行踪。刀爷易装来到洛阳，欲找一厉害杀手，他找上了燕逍遥。

燕逍遥并不是江湖上有名的杀手，却是少有人知的天下第一快刀，杀过的都是高手中的高手且从未失手，是最顶尖的杀手，身为杀手，却有三原则：无恶不杀、妇女不杀、儿童不杀。因其自幼失亲，故收养了一群孤儿，所得酬金亦全用在这群孩子上。隐瞒身份的刀爷找到燕逍遥，称刀爷是自己的仇人，出价三万两黄金让燕逍遥刺杀刀爷，燕却坚持无恶不杀的原则。刀爷告诉他刀爷实乃杀结义兄弟以求名利并勾结匈奴之恶徒，燕逍遥方才答应接此交易。 朝廷权臣谢司寇也找到燕逍遥，欲雇佣他刺杀宠臣美玉候南天星。燕了解他的为人，断然拒绝了他，独自前往西域。 谢司寇和南天星亦同以奉谕调查为由，各怀心思向西域出发。此时，燕收养的孤儿被不明身份的人劫走。

燕逍遥刺杀刀爷本为秘密，不想各路人马都知道此事。他一入葡萄城，即有咒奴偷袭，逼迫其离开西域。燕凭高强的武功杀掉敌人，自己却也中毒晕倒，被扮成乞丐的刀爷救走。燕醒来后返回葡萄城，路遇南天星一行，南请他喝酒，并有意收买燕逍遥为己用，被燕拒绝。 此时，咒奴法王的神秘特使来到葡萄城，告诉天琴和协助天琴的百花，东天王为燕逍遥一事也亲来西域指挥咒奴的行动。

燕逍遥回到葡萄城，见百花骑着他前日丢失的马招摇过市，为搞清她的意图，燕与她到金爵酒坊饮酒，巧遇南天星。百花指明南天星是为了帮助飞驼商队而来，并警告南和燕不要插手此事。南天星对她的警告置若罔闻，百花跳起袭击南天星，掳走了南的侍女玛瑙，策马奔向城外的沙漠。南天星请燕逍遥协助救回玛瑙，燕遂慨然允诺，孤身向沙漠方向追去。 在沙漠中燕逍遥与众咒奴激战，混乱中腿上中了一支毒镖，发镖者是赶来的天琴。燕逍遥认出天琴正是三年前与他相恋却无故失踪的女子，心中痛苦，但仍坚持要带走玛瑙。天琴放了玛瑙，带众人离去。百花责怪天琴没有杀掉燕，天琴告诉她燕已中了毒，根本走不出沙漠。 燕逍遥与玛瑙迷失在沙漠中，燕毒发昏到，又一次被刀爷所救。刀爷告诉他，天琴下的毒并非致命毒药，并提醒他飞驼商队第二旗和第三旗的旗主白玉虎和柳银龙就要到了。 谢司寇也赶到了葡萄城，进驻官衙，并张贴榜文缉拿钦犯燕逍遥。

三旗主柳银龙、十一旗主金凤娘和九旗主蓝雕在葡萄城碰头，商议燕逍遥之事，没有结果。 燕逍遥在返城的路上见到了白玉虎，邀他到城里的客栈饮酒。推杯换盏间燕坦言自己是来杀刀爷的，白玉虎立刻与其交手，几招一过，白不敌燕逍遥，被压倒在地。燕却没有杀他，收刀还鞘，扬长而去。 燕将玛瑙送回南天星府中，南天星不顾燕的推辞，执意将玛瑙送给他做奴婢。 白玉虎约燕逍遥到城外再谈，燕准时赴约，白玉虎却在途中遇到乔装成金凤娘的百花，被其骗杀。

燕逍遥不见白玉虎，回到客栈，玛瑙已为他备好酒菜。燕告诉玛瑙，她是自由人，可以随便离开，玛瑙仍然一心跟随他。 百花命万金公子易容成白玉虎的样子再约燕逍遥，燕与其一番对话后听出破绽，举刀要杀他之时，得到玛瑙报信的南天星赶到，制止了燕逍遥。假白玉虎逃走。南再度说服燕逍遥跟随自己，燕冷然拒绝。 刀爷告诉燕逍遥白玉虎可能活不过明天，又提醒他注意玛瑙背后的南天星。燕质问他自己行刺刀爷的事为何尽人皆知，刀爷让他自己寻找答案。 在飞驼客栈喝闷酒的金凤娘被人下了迷药，放到了燕逍遥的床上。