小子与明珠乔装入城，发现安乐侯府第被封，大惊，急转出城外，告与安乐侯及香君。安乐侯与香君扮作丧家入京，证实所言，暂在城外废宅驻脚。并在夜间潜进大内衙门，找得高升，追问忆兰下落，被侍卫发现，向他追杀。安乐侯逃回宅，高升随至，告诉各人，韩瀚已被天河上人收买，且自正德下旨抄安乐侯之家以来，未见百官，颇感奇怪。至于忆兰，则已藏于一农舍之内。众到农舍取回忆兰，吩咐明珠带往华山交与郡主抚养。安乐侯与小子再探禁官，发现正德神情痂呆，乱吃丹药，沉迷女色。另外，又见天河有与白莲教勾结迹象。但两人的行踪，终被揭发，天河率喇嘛追杀，两人冲出重围，返回废宅，深为正德安危担心。天河与三尊会面，知安乐侯等已到京，恐飞扬亦已到来，人尊大笑可利用粉罗剎杀死飞扬。

正德被白莲教人迷惑，长在房内荒淫取药。一晚，正德要黑灯使者相陪，黑灯用计摆脱，转往寝宫，君照早已相候，问何时下手，黑灯想要诛灭正德羽翼，然后下手杀他。废园内，安乐侯，香君与小子商讨乔装出外侦查。其时，飞扬入京，已被人监视，韩滔往见，约飞扬三更时份到城西十里亭见安乐侯，飞扬答应。但飞扬转往赌场，用计骗得一东厂侍卫依时往十里亭，即被粉罗杀击毙，飞扬远远望见全部过程。韩滔失责，被天河上人痛骂，偕伴往饮闷酒，飞扬出现，用分筋错骨法逼韩供出内情，韩施暗袭不果，最后自杀。小子在酒店内，听侍者描述，知飞扬已到京城，遂乔装乞儿，用暗号诱飞扬相见，安乐侯则在浴室内与王守仁，江杉商量营救正德大计。

小子正行间，肩膊被人一拍，回看竟是飞扬，即带他往废园替陆丹打通经脉，然后与各人相见。飞扬知正德被软禁，派小子往少林找经文回来，研究杀手的秘密。小子上路，但见官兵不断强抢民女，方知正德荒淫无道，沿途，小子暗中救了数个民女。正德进一步被白莲教迷惑，发下圣旨，赦去君照罪状，王守仁大感奇怪，即进宫欲见正德，但被拒于门外，君照且将守仁奚落一番。守仁暗中召见张永，经过试探，知他忠心耿耿，请他做内应。可是，张永再见天河上人时，因心中有事，被天河发觉，供出内情，而且反被天河要他向守仁查问飞扬等人下落。天河调集大批高手，准备拂晓进攻。

陆丹仍然昏迷，安乐侯企图用内力为他打通脉穴，但弄巧反拙，丹受刺激狂性大发，跃起撞穿屋顶逃去，各人连忙追出。时适天河率众到来围攻，扑了个空，废然而去。安乐侯等拆返，方知天河刚至，捏了把汗，同时亦在寻得陆丹，各人便往福老父家暂住。天河上人知飞扬等可能拆回，留粉罗剎埋伏屋中，其时，明珠带萧三与五娘到废园，欲与各人会合，粉罗剎扑出，萧三为护两人，为粉所杀。当粉正欲向五娘与明珠下毒手时，飞扬与安乐侯赶至救走两人。

五娘因萧三之死，激动异常，偷得香君所炼毒针，扮作民女，被抢入宫中，伺机报仇，明珠放心不下，亦偷入接应。小子到少林寺欲查出香花杀手的秘密，但因藏书太多，翻阅费时，少林五长老为小子代劳。少林五长老几乎翻遍藏书，仍无法查出破香花杀手之法，小子不甘，独留藏经阁继续翻书。其后，一退隐高僧将他点化，并代寻出白莲教始祖彭和尚手写之乐谱，道出香花杀手之秘，以七煞魔琴奏出醒魂曲，可对付香花杀手。五娘在宫内所弄酒菜可口，受赞扬，被调往内厨专为天河弄膳，五娘暗喜。人尊回复本来面目，潜进宫中，但久未得见正德，着天河想办法。天河遂带人尊往色诱正德，并付上特制丹药，教正德以房中之术，两人欢乐七日七夜而不疲，正德狂喜，封人尊为圣母，且代建圣母庙。安乐侯知正德有此行为，同感震惊。小子在客栈歇息，白莲教两使者偷袭。小子因得飞扬指点，攻力大进，杀黄灯使者，但七煞魔琴被客栈老板偷去。

小子失去七煞魔琴，遍寻不获，心下颓丧，自感无面目回见友人。但实际上，客栈老板原是白莲教中人，他已把琴交与人尊。由于天河宫厨师患上急病，其职由五娘代替，五娘欲乘机下毒于琴中，但遭明珠阻止。事后五娘发现人尊在吃饭之前，必由手下先试吃菜是否有毒，五娘暗捏一把汗，人尊得琴，大喜，命人重续断弦，再令张永继续利用王守仁。另一方面，人尊觉得近来所食饭菜极合口味，问知换了厨师，有意召见，当面嘉奖。安乐侯久等不见小子归来，分头出外寻找，终把他找回，方知原委，而小子得悉明珠入宫，大为担心。此时，张永奉命诱安乐侯等翌日午时到天河宫，三尊设下天罗地网，有意将敌人一网打尽。五娘知人尊耍见，怕被认出，于是以滚油毁容，吞炭失声，吃尽苦头。

明珠知道五娘用意，不想她去犯险，打算先服下解毒丹，将有毒饭菜送到人尊面前，先行试食，然后让人尊中计。但五娘以自己既然毁容哑声，不应让明珠去办，便乘明珠不觉，把她点了穴道，取去解毒丹，五娘预先服下解毒丹，送有毒饭菜往见人尊，途中，见西门戒备森严，心下生疑。五娘吃下有毒饭菜，凭解毒丹暂时止住，终于瞒得人尊出来相见，无意中发觉人尊其时正设下陷阱谋害安乐侯等，于是乘人尊不察，杀死了监视她的番僧，狂奔出西门，欲救各人，途中虽毒发，仍能及时将表情告知安乐侯，而她自己亦死于女枪队手下。安乐侯等人慌忙逃走，深恨张永出卖，而人尊在五娘突然离去后，知事有蹊跷，不敢食饭，再知事败，便迁怒于手下，杀了多人。

安乐侯因得五娘舍命相救，得脱魔掌，返回寓所，明珠已回，她向众人哭述五娘苦心，众人凄然，发誓要夺回七煞琴。陆丹病势日渐恶化，众人极感无奈，另方面，郡主亦记挂各人，将忆兰交托给华山主持，单身入京。张永收到贡品，盒中竟是一具鲜血淋漓的狗头及飞扬留字，扬言向他报复，大惊，求救于三尊，人尊施计，举办水陆道场，由张永主祭，引安乐侯等来行刺，三尊则带粉罗剎暗伏左右。但安乐侯亦知对方诡计，于是将计就计，分兵两路。飞扬与小子入天河宫偷得七煞琴，天河上人施放讯号，三尊偕粉罗剎回救，安乐侯与香君乘机杀掉张永。飞扬命小子带琴先走，人尊赶到，摘去粉罗剎面纱，赫然就是独孤凤，飞扬大为震惊，但凤神智已乱，一剑把飞扬刺死，并将其尸游街，香君在窗口望见，凄然昏去。郡主适到家，发现人尊合群以石掷飞扬尸体，愤而怒骂，被三尊捉去。安乐侯整理飞扬遗物，发现日记，内有未能为香君与安乐侯撮合良缘为憾。

人尊又施计，公布赦君照罪，又称帝病将禅位，又设坛召大臣为帝祈福，群臣问继位人选，正德受迷魂法控制，只说传位朱君照，群臣哗然。守仁等知内有阴谋，但一时未知底蕴，只好小心防范。郡主被囚，君照诈作将她赦免，准她自由行动。郡主便往废祠与各人联系，不见有人，神坛上有数小包，其一有异，于是诈作发怒，暗藏一个回去。当她离去时，发现二娘带粉罗剎跟踪她。郡主回天河宫，拆看包中通讯，知丹病危，急需解药。

郡主苦思，认为解药必为君照收藏，乃往见兄，表示顺从，君照喜，赠以千里镜。人尊命人准备各神器与药材，另需一精壮之公牛。人尊命人服侍公牛，先饲以大补药与解毒药，次日再饲以慢性毒药，借昨日之解药以压制毒素不发，第三日则将毒血输入公牛体内，准备在祈福大会时应用。原来人尊有意在祈福时饮血祭天，各大臣不虞甫由公牛身上流出之血会有毒，必定放心饮下，届时可将各反对之文武官员一举而灭。郡主偷入兄房，弄起房中各物。再回房中用千里镜监视，见君照回房，大惊，急检视卧床，知解药必在床上，于是次晚将解药盗去。人尊立即派天地二尊跟踪郡主。

郡主偷走解药，以为就是九天醒魂散，不知已坠入对方圈套。郡主依址找着安乐侯，天地二尊出现，幸安乐侯已练成天龙诀，大展威风，将两人击退。郡主进入徐福家中，急不及待将药喂与陆丹，不料陆丹即晚毒发身亡，郡主悲痛欲绝，誓报此仇。而人尊则喜诡计得售。安乐侯料祈福大会必有阴谋，苦劝百官不可前往，但百官迂腐不听。安乐侯踌躇间，郡主突然醒起，君照预制龙袍，安乐侯更料大会必有不妥，乃毅然决定分兵两路，自己与香君，郡主赶上煤山救百官，小子与明珠则闯禁宫救正德。

小子与明珠率领敢死队杀入房内，二娘欲以正德威胁两人，但小子施声东击西之计，救下正德，并将二娘来杀。二娘道出午时一到，文武百官即会被毒杀，小子震怒，欲先以七煞琴救醒正德，但屡奏无效，一怒打碎碧玉令，由此发现令内藏有醒魂曲之要诀，琴音奏起，正德卒告清醒。八宝山上，君照主持祈福大典，诱得部分大臣饮下毒牛血，轮到守仁时，幸安乐侯等人悟出血牛有毒，及时制止，郡主当众力斥其兄不是，遭君照飞刀所杀，而各饮下牛血大臣相继毒发惨死，于是双方引起厮杀，人尊令粉罗杀追杀各人，危急间，小子赶到，奏起醒魂曲，料罗剎清醒过来，当明瞭自己满手血醒，以及杀了兄长，愤与人尊同拥坠崖，同归于尽，而天尊，地尊亦相继被杀。安乐侯先后破灭刘瑾，宁王及白莲教，名震天下，引起正德所忌，在镇海楼的下毒酒宴，并布下天罗地网，准备毒杀安乐侯。香君劝安乐侯功成身退，但安乐侯不允，反而单独赴宴，香君黯然返回苦依庵。安乐侯身经百战，安然无恙，能否逃过正德毒手，天龙诀大结局自有交代。