1941年，林少卿和宫本准备维修天一阁，并赶在军事行动前接收所有藏书。范叔涵被释放，以主持维修天一阁。韵涟独自养育着她和方子文的孩子。日本人计划轰炸宁波，宫本告诉少卿，岩崎准备将天一阁的藏书运回日本。

叔涵以修阁为掩护，暗中计划把天一阁的书运出宁波，到天一村藏匿。伯清交给他父亲当年托付的天一村地图，并告诉他，自己会留下来陪着天一阁，敏怡陪丈夫留下。叔涵带着书悄悄离开了宁波城。林少卿带人来到天一阁的时候，已“书去楼空”。

林少卿带人四处寻找藏书的下落。范家的管家大新与叔涵在郊外告别，并说出自己的身世。叔涵将书安全运到天一村。岩崎到天一阁准备登阁，大新刺杀岩崎不成，被日本人枪毙。日本人的轰炸开始了，宁波沦陷了。

天一阁被封，伯清为保天一阁藏书的秘密，佯狂住进了精神病医院。在天一村，叔涵一家改名换姓，过着农家生活。

1945年，战争即将结束。藤泽和韵涟父女相认。他们一起到天一村看望叔涵一家。叔涵见到了自己的亲生父亲。林少卿被关进了上海监狱。韵涟求藤泽的学生大竹帮忙，救出了林少卿。

林少卿告诉韵涟，当年天一阁纸坊的火不是他放的，而且，他还救出了方子文。叔涵的妻子芮洁和孩子死于日本人最后的轰炸，叔涵夜袭日本人的炮楼，为家人报仇。抗日胜利了，伯清终于出院了。