欧阳峰救下奄奄一息的欧阳克，又逼迫黄蓉照顾侄儿。黄蓉气不过，使计让欧阳锋叔侄吃了用尿烤过的野兔，不料两人吃得津津有味，对黄蓉的手艺赞不绝口。郭靖无奈遵从欧阳锋的指令要在一夜之内砍齐一百根大木料，谁知运掌伤身，但幸而在桃花岛上学得老顽童的空明拳和九阴真经的心法才不致伤神，七公想到利用九阴真经骗过欧阳锋的眼睛，让他以为自己已经痊愈，这招儿居然也骗过了黄蓉。郭靖和七公偷偷扎好的木筏被欧阳锋所偷，但欧阳叔侄没有料到的是黄蓉在木筏上做了手脚。果然当郭靖师徒三人逃离孤岛后，茫茫大海上看到了漂在海里的欧阳叔侄。

郭靖把欧阳两人救上自己的木筏，谁知欧阳恩将仇报要致郭靖师徒三人于死地。打斗中木筏崩裂，危在旦夕之时五人遇上了完颜洪烈的船。完颜洪烈带领了五大高手再加上欧阳锋，郭靖怎是他们的对手，就在群虎围击之时，老顽童骑鲨而来救下郭靖三人，完颜洪烈等人见不是老顽童的对手只好放他们上了舢板。郭靖师徒刚刚离开，完颜洪烈与前来寻女的黄药师相遇，情急之下灵智上人骗说黄蓉已死在海里，黄药师悲痛欲绝折箫而去。

郭靖师徒上岸后来到牛家村碰到了一个蓬头垢面的傻姑，傻姑所用的碧波掌法乃黄药师独创，在破酒馆的密室内，黄蓉发现了大师兄曲灵风的尸首，黄蓉断定傻姑与曲师兄必有干系。成吉思汗攻取中都，为给大汉献上贺礼，蒙古人给杨康下了毒，在穆念慈苦苦哀求下，郭靖为杨康运功疗伤，元气大损。当夜黄蓉与郭靖带七公到皇城内院偷吃御厨名菜，不料与前来盗取《武穆遗书》的完颜洪烈等人相遇。为保住《武穆遗书》郭靖与完颜洪烈等人大打出手，谁知杨康不念郭靖对自己的救命之恩将一把短匕首直插郭靖腹内。《武穆遗书》落入贼人之手。黄蓉救出郭靖来到密室，准备七天七夜为郭靖疗伤。

黄蓉和郭靖躲进密室疗伤，此时正值完颜洪烈和杨康盗取《武穆遗书》逃到此处，重伤的郭靖得知《武穆遗书》已落入贼手，气血逆流，黄蓉好言相劝。如果在疗伤过程中再动真气郭靖将性命不保。全真派程瑶迦与陆冠英在酒馆相遇，不料两人都在同时寻找郭靖，并于侯通海刀剑相对，幸而遇到全真派的尹志平，才躲过一场性命之忧，谁知尹志平也是前来找寻郭靖的。当尹志平得知陆冠英为黄药师的徒孙并出恶言相辱，两人大打出手，程瑶迦左右为难因出剑帮了落为下风的陆冠英而得罪了师兄尹志平。傻姑赶来，用自己仅有的三招碧波掌打了梁子翁，梁子翁已为傻姑装傻，再出狠招，这一切都被密室中的郭、黄二人看在眼里，就在傻姑乞求黄蓉之时，一个武功高强的蒙面人出现。

完颜洪烈等人逃出牛家村，但欧阳克还在野店中，杨康决定独自去救他。蒙面高人乃是黄药师，他目睹了程瑶迦挺身相救陆冠英，深知此女必是对徒孙一见钟情，便做媒撮合了两人的好事。深夜黄药师思女心切，忧怨的箫声使得黄蓉心潮澎湃，郭靖性命危在旦夕。身置野店中的欧阳克听到密室中传出黄蓉的声音，断定黄蓉必在此地。次日，欧阳克封住了程瑶迦的穴道，恰巧穆念慈带着父母的棺材也来到此处，谁知不但没能救出程姑娘，自己也落到了欧阳克手里。正值欧阳克左拥右抱之时，杨康走进野店杀死了欧阳克。梅超风为寻师父来到野店不巧遇上了全真七子，七子与梅超风大打出手，恰恰黄药师与欧阳锋一同来到。三方打成一团，不料欧阳锋趁乱猛击黄药师，不想被梅超风拦住为救恩师梅超风丧命。江南六侠前来找寻郭靖，黄药师知道此六人乃是爱徒仇家，为替爱徒报仇黄药师对六侠出招，打斗中密室的墙被震塌，六侠与黄药师看到了正在集中心志疗伤的郭、黄二人。在黄药师的帮助下郭靖得以痊愈。大家一同埋葬了梅超风的尸首。

黄药师与六侠尽释前嫌，看到爱女还活在世间更是喜出望外，也就不再反对黄蓉与郭靖的婚事。黄药师决定将傻姑带在身边，回桃花岛悉心调教。此时，天空白雕嘶鸣，原来欧阳克和裘千仞抓了拖雷、华筝等人，幸好遇到郭靖，因此也让黄蓉得知郭靖原来已是蒙古的金刀驸马，黄药师一气之下要杀华筝被黄蓉拦下。黄蓉看着郭靖与华筝别过，倍受委屈的她在郭靖怀中失声痛哭。郭、黄两人重归于好。