郭靖寻师不着却遭杨康暗算，杨康对他积怨已深，欲就此取郭靖的性命，却还是下不去手。丘处机救下郭靖，怒斥杨康劣行，杨康不以为然，跟随欧阳锋而去。柯镇恶虽对黄蓉恶恨难平，却一再被她相救，他提出恩怨勾销，黄蓉却偏要他承她的情，为他治伤，一路关照。铁枪庙，柯镇恶故地重游，想起惨死的结义兄弟，欲杀黄蓉。正当恩怨两难之际，欧阳锋与完颜父子来到，杨康如愿拜欧阳锋为师。从傻姑与杨康的对话中黄蓉听出蹊跷，从藏身出来欲弄清原委。一番智斗，不仅桃花岛血案真相昭然，连当日欧阳克乃杨康所杀的隐秘也被揭露。杨康惧极恨极，突袭黄蓉却中了软猥甲上的剧毒。

完颜洪烈求来穆念慈见杨康最后一面，杨康死在穆念慈怀里。黄蓉以《九阴真经》相胁，本已从欧阳锋手里脱身，为救柯镇恶，她只好留在欧阳锋身边。柯镇恶找到郭靖说明自己师徒冤枉黄蓉之事，恨不得自杀谢罪。大半年过去，郭靖四处寻黄蓉不得却巧遇拖雷。郭靖随他回到蒙古拜见成吉思汗和母亲。成吉思汗当夜就为郭靖和华筝定下婚日。郭靖告诉华筝，决意去找黄蓉，若她安然，便如约与华筝成婚，若她遇不测，便终身不娶。华筝难过之极却仍表示永远等他。时值大汗点兵，成吉思汗命郭靖随他出征。

郭靖被封将军，鲁有脚等长老来投。连丐帮都没有黄蓉的消息，郭靖甚是忧急。欧阳锋突然出现，说是黄蓉早已逃脱，他一路追赶她来到此处，要郭靖交出人来。黄蓉无恙，郭靖大喜，他以三次饶欧阳锋不死为条件，要欧阳锋今后不得加害黄蓉。其实黄蓉早已来到军中暗中襄助，郭靖不通兵法，却能布阵阻止不和的蒙古王子争斗，两次"饶欧阳锋不死"，每次从鲁有脚处得来的奇招妙计都是出自黄蓉，他却浑然不知。雪山顶上，郭靖终于得见黄蓉，大喜过望。黄蓉利用欧阳锋学《九阴真经》心切，将之困在山顶。黄蓉再出奇兵，助郭靖攻下城池并活捉完颜洪烈，希望凭此大功请成吉思汗解除郭靖与华筝的婚约。

完颜洪烈不甘受辱，自杀身亡。成吉思汗下令屠城，郭靖却求他放生，以此算是自己向大汗要的奖赏，激怒成吉思汗。黄蓉得信来救郭靖，却见郭靖与华筝神态亲密，大怒而去。欧阳锋称黄蓉已溺死在沼泽地，郭靖大恸。他欲置欧阳锋于死地，反被欧阳锋挟持。欧阳锋为求能从郭靖处学到真经上的功夫，不惜屈尊忍气。老顽童"受人之托"上铁掌峰寻裘千仞的晦气，把他弄得狼狈不堪，求死不得。老顽童玩闹之间助郭靖逃脱。郭靖回到蒙古包，万念俱灰。大汗重赏郭靖母子，并重用郭靖攻打金国。郭靖母子发现大汗灭金之后便是要郭靖攻打大宋，连夜南归，但很快就被捉回。郭靖宁死也不攻宋，成吉思汗以李萍的性命相要挟。

李萍为使儿子了去后顾之忧，拔剑自尽。郭靖痛不欲生，抱起母亲的尸体一路狂奔，身后大汗的追兵不计其数，郭靖早已将自己的生死置之度外，为埋葬母亲，郭靖落入哲别师傅之手，不料哲别冒死相救，跟随哲别的士兵也同样是以往跟随郭靖出生入死的将士，他们哪里会活捉郭靖，全部跪送郭靖南归，令郭靖甚为感动，此时，托雷赶到，将小红马还与郭靖并与他道别，一片深情中郭靖踏上南归之路。身穿蒙服的郭靖遭大宋平民殴打，却始终不与还手，幸得丘处机相救。在山洞内郭靖与黄蓉不期而遇，听得黄蓉一番埋怨后，两人终于和好。裘千仞作恶多端，却妄想夺得天下第一高手的称号，洪七公拿原铁掌帮帮主上官剑南相击，裘千仞自觉无颜再活在人世欲自杀，一灯大师舍身相救，令裘千仞折服，拜一灯为师，从此一心向佛。

一灯携裘千仞飘然而去，老顽童终于还是被瑛姑追上。欧阳锋练"九阴真经"已近疯魔，仍将洪七公，郭靖，黄药师父女尽败，为将其逼走，黄蓉出言刺激，竟使这当世第一高手彻底疯狂。华筝千里传讯，蒙古大军即刻压境，郭靖黄蓉奔赴襄阳示警。途中巧遇穆念慈，郭靖为杨康之子取名杨过。郭黄两人在襄阳助宋军抗敌，蒙古首领即是拖雷。郭靖为全民族大义，潜入蒙古大军欲刺杀义弟。成吉思汗命在旦夕的消息传来，郭靖当即与拖雷同返蒙古。成吉思汗一生东征西讨建立起空前广阔的帝国，郭靖却直指其算不得英雄，成吉思汗空有天下财富，却换不回将逝的生命。英雄故去。无边草原，郭靖黄蓉无限感慨。