命运之子 日本年表寿永三年（公元1184年）二月七日，地点是在播磨一之谷。日本一代传奇人物源义经（泷泽秀明饰）就站立在这里的一处悬崖峭壁之上，他率领的大军成功围困住了平家军。率领平家军的，是平家大将平宗盛（鹤见辰吾饰）、其弟平知盛（阿部宽饰）和平重衡（细川茂树饰）。看着眼前黑压压的敌人，义经不禁感慨万千，小时候，义经和宗盛也是如同亲兄弟的好朋友啊…… 时间退回到25年前，在平治之乱中，源家军被平家大败，源义朝（加藤雅也饰）的爱妻常盘（稻森泉饰），抱着尚在襁褓中的儿子牛若丸（义经的乳名）趁大雪逃亡。 另一方面，源家长子赖朝（池松壮亮饰）被平家俘虏。平清盛（渡哲也饰）的继母池禅尼（南风洋子饰）为其求情。

我的父亲是清盛 在危险中救了平清盛的命， 和母亲常盘一起住在京都的小牛若丸（神木隆之介饰），跟本应该是敌人的平家的孩子们，一起度过了一段如同兄弟般的美好少年时光。结果被平重盛（腾村政信饰）看到了，向清盛进言，认为牛若丸毕竟是源家的余孽，不应该如此善待反而应该杀了他。另外，清盛的妻子时子（松坂庆子饰）则非常讨厌常盘。 有一天，清盛故意在常盘面前描述自己的梦，并暗示牛若丸会打破一切，创造新的国家。时子对丈夫和常盘的关系非常烦恼，把自己的想法传达给了清盛。于是清盛决定做主把常盘嫁给一条成长（蛭子能收饰）。此时常盘恳求清盛，答应让她和儿子牛若丸搬出平家，拗不过常盘的再三恳求，清盛终于同意，并允许常盘带上牛若丸。于是常盘母子搬到了一条成长家。

源家的御曹司 从此被勒令禁止出入平家的牛若丸，再也不能和平家的孩子们一起玩耍了，于是他每天和当地的孤儿们一起玩耍。眼看日渐成长的牛若丸，平重盛深恐牛若丸将来集结源氏一族来声讨平家，于是再次向平家掌大权的平清盛进言要求惩治牛若丸。终于答应的平清盛向常盘表示，如果不答应让牛若丸出家，那就把他送到遥远的西方国度去。无可奈何的常盘把牛若丸送进了鞍马寺，不过她告诉小牛若丸，他现在的遭遇都是因为平清盛的指示。于是牛若丸打算带着母亲一起逃走，却被发现不得不返回寺院。 不久牛若丸得遇觉日律师（盐见三省饰）和阴阳师鬼一法眼（美轮明宏饰），学到了高强的武功。觉日律师发现牛若丸将来绝非池中之物，于是为他命名“遮那王”。某天一个名叫新宫十郎义盛（大杉涟饰）的男子造访牛若丸，并告诉牛若丸他其实是源义朝的儿子，而看起来对牛若丸非常温柔亲切的平家人其实是迫害他父亲的元凶，牛若丸视如父亲的平清盛更是罪魁祸首，第一次知道真相，让牛若丸陷入了烦恼之中。

鞍马的遮那王 已经长大的遮那王（泷泽秀明饰），现在知道自己敬爱如亲生父亲的平清盛实际上是自己家族的仇敌，而母亲常盘竟然成了他的爱妾，这让遮那王非常难过。 有一天阿茜（万田久子饰）告诉遮那王，平清盛病了，但此时遮那王已经知道清盛是自己的仇敌，非常恨清盛，并深信自己会成为光复源家的人，可以为家族报仇雪恨，于是他听从新宫十郎义盛的话，前往洛中。途中从一个邪恶的僧人手中救出一个名叫空惠（上户彩饰）的少女。回到鞍马寺之后，遮那王开始向鬼一法眼学习用兵的兵法。 此时有一些寺院僧人集结起来反抗平家的统治，被平家军以武力镇压。带头的僧人牟庆（松平健饰）被以祸首问罪流放山野。因此对平家起了深刻仇恨，于是经常趁夜到平家府宅捣乱，并抢走了他们引以为傲的大刀。

五条大桥 装扮成少女的遮那王在返回鞍马寺的途中经过五条大桥，在桥上遇到了手持大刀的凶和尚牟庆。牟庆误以为遮那王是平家的人，并看出他是个男子而非少女，于是展开攻击。原本一直避让的遮那王，发现牟庆攻击自己的时候，让母亲常盘给的，对他而言最重要的短笛掉进了河里，于是愤怒的遮那王开始反击，并最终击败并打伤了牟庆。 有一天曾被遮那王相救的少女空惠来访，此时的空惠已经成长为一名妙龄少女，并由于受过不少苦变得非常坚强，她这种样子给遮那王留下了深刻的印象。陪空惠在寺中玩过之后，遮那王送她回家，途中遇到一群正在逞凶的凶徒，于是遮那王把他们打跑并展开了追击，结果撞上时子的牛车车阵，和负责护卫的武士起了冲突。此时方得知“遮那王”之名的时子，尚是首次看到长大成人的“牛若丸”，让本来就对源氏余孽心有余悸的她心惊胆战。

我的哥哥赖朝 平家开始对遮那王加强戒备和监视，此时遮那王受到空惠的哥哥及其手下喜三太（伊藤淳史）的袭击，结果遮那王擒下了喜三太，从他口中得知平家想杀了自己。几天后，觉日律师告诉遮那王，平家在对自己施压，要让遮那王尽快正式出家。而遮那王对平清盛仍然怀有深刻的仇恨，于是拜访阿德（白石加代子饰），要求再见清盛一次。不过关心遮那王的小商人吉次（市川左团次饰）却劝遮那王，赶快离开京都逃往奥州平泉，同时，遮那王于此时才知道自己有个叫源赖朝（中井贵一饰）的哥哥。 另一方面，人在伊豆的原赖朝每天都在关注京都方面的动向，某次偶然遇到了狩猎途中的北条政子（财前直见饰），结果因赖朝阻碍道路愤怒不已。回家之后，政子要求其父北条时政（小林稔侍饰）杀了赖朝。