向兄长抗议 义经仍沉浸在清盛去世的悲痛中，又得知非常要好的朋友五足去世，接踵而来的噩耗让义经差点崩溃，于是他决定束发为两人守丧。其间义经遇到了另一个哥哥源范赖（石原良纯饰），和赖朝性格截然不同的范赖，温和可亲，让义经再次感受到了家庭般的温暖。 没有了平清盛的平家开始败落，后白河法皇于是下旨，要求赖朝领源家军攻打平家，以此表示自己并无谋反之心。 此时义经的家臣佐藤纪信（宫内敦士饰）和忠信（海东健饰）两兄弟，突然向义经辞行。但此时平宗盛正在扩充自己的军队，于是有人认为佐藤兄弟此时离开非常可疑，甚至直接怀疑到义经头上。

镰仓的人质 得知平家大军将出发的源赖朝，任命和田义盛（高杉亘饰）为总令大将率军西行。但却不肯答应义经的请命，牟庆等人内心相当不满，但又不愿表现出来，表面上努力假装平静，眼看部下如此的义经，内心的不安逐渐扩大。 源行家认为比赖朝先入京的义经才应该是源家的掌权人，听到这些话的赖朝很不高兴，于是亲自带兵前往信浓。结果因敌方兵力过于强大，赖朝终于醒悟应该和义经联手，并对义经表示自己对义经从来没有过敌意，但义经意识到赖朝明明还有很多可以动用的家臣，却来拜托自己，会让家臣们对赖朝丧失信赖，认为这样必败无疑，于是拒绝了赖朝的邀请。从义经恳切的言词以及完全为赖朝着想的情深意重中，深受感动的赖朝撤回了对义经的要求，并决定把自己的女儿大姬嫁给义仲的长子义高。实际上这是变相地要求让义高来自己身边作人质，遭到把义高当作自己亲生儿子的巴强烈反对。

出阵 义经把年纪尚幼却要离开父亲的源义高和自己重叠，于是经常和牟庆一起造访一个人来到他乡倍感寂寞的义高。 有家臣劝源赖朝杀了义高，赖朝大怒之下杀了这个家臣，他声称义高是自己的女婿，不允许有任何人胆敢侮辱他，从此没人再敢在赖朝面前对义高有任何微词。第一次看到一向对部下宽厚仁慈的赖朝对群臣采取如此严苛的态度，义经认为这样只会让他们口服心不服，但赖朝告诉义经，不应该用情义来牵绊部下，而应该用道理和武力来统治他们，并把自己对崭新的国家的理念说了出来，在赖朝激昂的言语中，义经发现赖朝所谓的“崭新的国家”另有所指，并非自己一直认为是平家倒台之后的国家的意思。那么对自己而言，“崭新的国家”是什么呢？义经为此烦恼不已。

命中注定的反京 义经在从镰仓返回京都的途中，得知平家军在北国（今北海道）不断吃败仗。带兵的将领名叫平维盛（贺集利树饰）。维盛的母亲经子（森口瑶子饰）向时子借钱，表示维盛在战败逃走的途中，平家代代相传的铠甲被强盗偷走了，希望能借钱买回来。阿德出现在时子面前，声称自己有办法夺回铠甲，但时子必须答应自己的条件，无可奈何之下时子只好答应，于是铠甲得以平安归来。 另一方面，得知义仲打算先赖朝入京的义经，命人制造“源家大军在向镰仓方向前进”的谣言，其目的是希望让义仲不要这么做，可惜结果却事与愿违，认定自己才应该是源家第一把交椅的义仲，固执地带着自己的军队不断向京都迈进。

九郎和义仲 空惠来找义经，并告诉他平家舍弃都城逃走了，义经感到事态严重，打算自己前往当地。此时后白河法皇被发觉打算从自己的地方逃走，这让坚信法皇是自己后台的平宗盛受到了严重的打击，他认为法皇背叛了自己的信任，于是平家内部的不安也逐渐扩大，然而此时却得知原来平清盛的女儿能子（后藤真希饰），实际上是义经的亲妹妹。 此时义仲和行家带领的军队入住了京都，比仍然身在镰仓的赖朝更早入京，让义仲坚信自己可以成为源家的首领，不禁欣喜若狂。义仲等人打算入宫拜见法皇。 平家在前往西国途中留宿福原，时子恍惚之间看到了清盛的幻影，结果第二天平家把自己一手建立起来的福原付之一炬，平清盛最爱的“梦之都”最终化为一片灰烬。 另一方面，得到法皇正式授予高官的义仲，和妻子巴沉溺在奢靡的生活中。义经派密探入京打探，得知义仲的军队在京都穷尽极奢，于是他不顾牟庆的劝阻，决定亲自上京劝说自己的堂兄弟义仲改过。

动乱的京都 义经来到京都后，单独亲自前往拜访义仲。但义仲根本不肯听他这些话，于是义经只好失望地离去，途中被巴袭击，实际上这是义仲默许的。 朝廷内部对义仲的不满之声日益高涨，于是后白河法皇决定利用和他有血缘关系的源行家来牵制义仲。 此时回到近江的义经意外地遇到了平赖盛（三浦浩一饰），原来赖盛认为平家之所有有今天，都是自己的母亲推波助澜所致，于是他决心和平家断绝关系。而义经则烦恼要不要向赖朝报告义仲现在的情况。 法皇命令源行家带兵围剿平家，却一瞬间就战败而逃，这让原本打算利用行家牵制义仲的法皇感到很不安，于是派自己的心腹平知康（草刘正雄饰）去服侍义仲，谁知知康却遭到义仲当众羞辱，法皇愤怒之余，秘密训练僧兵打算用以对抗义仲的军队。得知此事认为法皇背叛自己的义仲，带兵袭击在法住寺大殿的法皇，并将其软禁了起来。