为追求蕴藏着强大力量的『贤者之石』，而持续旅行的爱力克兄弟。哥哥爱德华，是史上最年少获得国家炼金术师资格的天才炼金术师。弟弟阿尔冯斯，虽然外表是壮硕盔甲姿态，事实上是个非常温柔体贴的少年。来到东方边境的小镇．里欧尔的两人，在那里他们目击了自称为太阳神雷特代理人，柯奈洛教主的『奇迹之术』。

因事关『贤者之石』，爱力克兄弟在里欧尔教会的秘密地下室与柯奈洛教主对决。但是，却遭到察觉教主有危机的雷特教信徒们打断。虽然两人逃到街上，但却被信仰深厚的里欧尔镇民发现并包围。因『奇迹之术』而动起来的雷特神像，致使阿尔被破坏、爱德被逮捕，并且被拖往柯奈洛的面前。

在旅途中顺路绕进的街角旧书店里，找到了炼金术入门书的爱德和阿尔。回想起了阅读这本书学习时的往事。那是二人还很幼小，在故乡利赛布尔村生活时的事。他们想看到母亲开心的笑容，为了这个单纯的心愿，两人开始争相学习炼金术…

为了成为国家炼金术师，爱力克兄弟离开故乡利赛布尔出外旅行。途中听到炼金术师马吉哈鲁的传闻，而前往造访其居住的村庄。但那个村子却传出死人复活陆续攻击活人的不祥谣言。

为了成为国家炼金术师，爱德华与阿尔朝向中央市前进。当打电话向马斯坦古中校报告自己即将到达的消息时，出乎意料的被命令搭上下一班列车。于是两人遂急忙跳上指定的火车。没想到，与家人出来旅行的哈克洛将军正好也在列车上…。

为了通过『国家炼金术师资格考试』。爱德和阿尔经玛斯塔的介绍暂住在被称为生物体炼成第一人的『缀命之炼金术师』休.塔卡的家里。在塔卡的女儿妮娜及其爱犬亚历山大的鼓励下，两人日夜埋头苦干。终于到了考试的当天，挑战考试的爱德和阿尔…