爱德华以１２岁的年纪通过「国家炼金术师资格考试」的考验，改写了史上最年少合格者的纪录。并从马斯坦古手中接下国家炼金术师的证明银怀表。然后塔卡家举办了庆祝派对，妮娜与亚历山大玩得不亦乐乎。但塔卡此时却为了审定的日子将至，正被逼入绝境…。

爱德华没能解救妮娜，内心备受后悔与无力感煎熬。马斯坦古却命令这样的爱德华去分析塔卡留下的研究。爱德华对此「冷酷」的命令感到愤怒，一个人独自开始搜索杀害妮娜的犯人。

感受到自己的渺小与无力，为了要达成目的，爱德华决意成为国家炼金术师。在得到种种特权的同时，也意味着成为”军方的走狗”。之后，爱德华接到了马斯坦古所下达的身为国家炼金术师的第一个任务。

在去和玛斯塔上校报告的途中，爱德和阿尔经过了水之都市—阿库罗伊阿。阿库罗伊阿是个以观光地而闻名的城镇。最近却有个叫赛伊雷恩的身份不明的怪盗出没。而唯一的线索便是她会使用炼金术。爱德和阿尔从城镇刑警那被委任协力搜索…

听到『贤者之石』的谣言，爱德华与阿尔来到了黄金的产地．杰诺塔姆。这里曾经是繁极一时的城镇，不知从何时开始渐渐没落下来，于是镇民们便把最后的希望寄托在马古瓦尔所研究的『贤者之石』之上。而爱德华与阿尔在那里得知了冒牌爱力克兄弟的存在。

拉瑟尔和弗雷查打着爱力克兄弟的名号，继续从事着『贤者之石』的研究。为了从「红水」中精制出「贤者之石」，拉瑟尔依照马古瓦尔的指示实行了某个方法。但由于他们无法狠下心来实行，遂被逮捕到地下牢…。