哈博克少尉奉军内务课之命对马斯坦古上校进行监视。他和普雷达、法尔曼、菲利一起秘密写下「马斯坦古观察日记」。陆续被揭开的马斯坦古上校的鲜为人知的日常生活是？

在前往伊修瓦尔的旅行途中，爱德与阿尔为了是要以阻止斯卡为优先，还是恢复自己的身体为优先而意见不合。另一方，在休斯的坟前，榭丝卡和温莉偶然相遇。独自调查休斯事件的榭丝卡，终于归纳出了一个假设…

旅途中，马塔尔对爱德和阿尔讲述了她过去在特殊部队时发生的事情。从那话中了解到了伊休巴鲁内战发生的真实原因。当时，为了镇压反抗势力，阿切尔率领的军队到达里奥尔。

出卖了葛立德和伙伴们回到军部的金布里。憎恨金布里的马塔尔摆脱了制止她的阿尔，一口气袭击了金布里。另一方面，在利奥鲁，爱德和斯卡终于见面了。

失去了领导者处于混乱状态的利奥鲁，军部计划趁着这混乱军事镇压利奥鲁。终于镇压部队向市区进军。于是，斯卡利用利奥鲁内乱要完成『贤哲之石』…

追求贤哲之石的人一定会毁灭。现在新的传说随着叫利奥鲁一个城市的牺牲产生了。接受大总统的特命金布里率领的奇美拉部队攻入利奥鲁。但是，在那之前被要报伊休巴鲁的仇的斯卡阻住了去路。