为了身为国家炼金术师所必须提出的调查报告，爱德华与阿尔冯斯来到了军方的东方司令部。当爱德华寻问马斯坦古自己在杰诺塔姆所听到的关于马可医生谣言时，却被巧妙地避开话题。于是爱德华心生一计，决定以马可的情报为赌注，向马斯坦古提出模拟战斗的要求。

过去在伊修瓦尔内战中从军方脱逃的前国家炼金术师马可医生。兄弟二人拜访这位「贤者之石」的研究者，来到了海德村。爱德华要求马可让自己看当初从军方带走的『贤者之石』的研究资料。

遭到斯卡追杀的爱德华与阿尔，在千钧一发之际被阿姆斯特朗解救，并带着马可一起逃命。当马可知道斯卡是伊修瓦尔人之后，便开始谈起过去发生的那场战争…。伊修瓦尔内乱凄惨的事实真相。

为了修理被斯卡破坏的机械铠，爱德华与阿尔和随身保护他们的阿姆斯特朗一同前往利赛布尔。马可秘密给予的纸条中，记载着『贤者之石』相关研究资料的藏匿处。那个地方就是中央图书馆第一分馆。为了好不容易掌握到的『贤者之石』线索，两人又再度出发。

为了修理机械铠，爱德华、阿尔与阿姆斯特朗造访了利赛布尔。自从放火烧掉自己的家，开始旅行寻找『贤者之石』的那一天起，这是四年来第一次返乡。比拿可与温莉虽然讲话刻薄，但还是很温馨地迎接二人回来。

为了得到马可留下的『贤者之石』研究资料，爱德华与阿尔再度造访中央市。然而数据的保管地点中央图书馆第一分馆已因火灾而焚毁。根据目击者的证言推测，犯人是……