右足拥有衔尾蛇纹章的少年。为了争夺此人，军方、金普利、爱力克兄弟、以及伊兹米等众人在南方司令部僵持不下。另一方面，罗伊奉大总统之命，为了逮捕斯卡，率领军队到齐修亚近郊的贫民窟。

拥有爱德华失去的右手腕与左脚的少年拉斯。他是过去伊兹米进行人体炼成后失败的结果，被创造出来的人造人。拉斯期望可以成为人类，为了抢夺剩余的身体而袭击爱德。

在伊兹米的师父的但丁之馆，阿尔遭到古利德率领的合成兽军团袭击，被强行掳走。阿尔被囚禁在他们的根据地，郊区的酒吧恶魔之巢。在那里，古利德逼问阿尔关于永远的生命的秘密。

在恶魔之巢展开了不稳份子的歼灭作战。亚伽队的士兵接二连三地射杀着古利德一派的合成兽，在混战之中，古利德遭到金普利与塔卡的背叛，又受到拉斯多、库拉多尼的袭击，渐渐被逼入绝境。

拉斯多偶然遇见了知道她的过去的青年─路琼。二年前，为了找出流行于故乡村落的原因不明的怪病，化石病的治疗法，路琼日以继夜拼命地研究炼金术。

过去伊修瓦尔曾经制造过「贤者之石」。在南部边境地带，爱德与阿尔接触了被军方护送的伊修瓦尔人，得知有位老人知道有关于贤者之石的事。爱德和阿尔，还有温莉，遂前往老人所居住的，位在齐修亚西边的贫民窟。