小智带着受了重伤的「皮卡丘」来到常盘市治疗中心，却遇到了专门绑架神奇宝贝的火箭队─武藏与小次郎，以及他们的神奇宝贝─阿柏蛇及瓦斯弹，外加一只「喵喵」；但是小智及小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用脚踏车发电的「皮卡丘」终于恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水．．．