想成为神奇宝贝大师的小智，以及与小智共同旅行的小霞和小刚。三人经过一个美丽的森林，入内小憩一会儿。在大伙休息得正舒服时，皮卡丘注意到草丛中的影子。那双注视着他们的，原来是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深处追去，不顾小智的呼喊……。