故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得神奇宝贝训练家执照，并从神奇宝贝学家大木博士手中领取一只神奇宝贝。小智为了要成为一流的神奇宝贝大师而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其他晚了一步。好不容易从博士那里领来没人要的「皮卡丘」，谁知「皮卡丘」却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和「皮卡丘」建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但「皮卡丘」却受了重伤．．．

小智带着受了重伤的「皮卡丘」来到常盘市治疗中心，却遇到了专门绑架神奇宝贝的火箭队─武藏与小次郎，以及他们的神奇宝贝─阿柏蛇及瓦斯弹，外加一只「喵喵」；但是小智及小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用脚踏车发电的「皮卡丘」终于恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水．．．

白天更加漆黑的常盘森林，充满了许许多多的昆虫神奇宝贝，小智收服的第一只神奇宝贝─绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只神奇宝贝─比比鸟之后，火箭队为了夺取「皮卡丘」的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤；绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。

武士少年对小智提出了神奇宝贝的挑战，致使刚被比比鸟收服的独角虫逃离了，连着两次上场的比比鸟也因此而落败；铁甲蛹的坚硬赢了大甲的攻击。大针蜂的群体攻击使得小智们落荒而逃，而铁甲蛹也被大针蜂给夺走了，小智为了夺回铁甲蛹与大针蜂再次正面冲突，此时的铁甲蛹又进化了；借着巴大蝴的秘技─睡眠粉，小智一群人平安地度过了这次危机，而小智更朝着成为神奇宝贝大师的旅途继续努力。

离开常盘森林来到了尼比市，与小刚进行第一次决斗，在皮卡丘的特训之下，终于赢了大岩石，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴─小刚，一同踏上成为神奇宝贝大师之路。

神奇宝贝的研究员─李科，以及破坏捣蛋的火箭队，聚集在拥有月亮石的月见山；在一场保卫战之后，小智等人和皮皮们终于赶走了坏人，在月见山过着幸福快乐的生活。