小智受到小霞刺激，去接受神奇宝贝检定考。火箭队的武藏与小次郎也到考场考试。这两人由于成绩不佳，脑羞成怒，竟动了向考场报仇的念头。他们闯入考场与小智和教官一片大乱斗，最后当然又被打跑了…。

火箭队的亚马多与小三郎开设抚养家，利用替人照顾神奇宝贝的机会，搜集优秀的神奇宝贝。小智与火箭队的人不巧在那仓库碰面，而且被亚马多发现，两队人马都被送到警局。幸亏及时逃出的小霞找到阿彻拍的证据照片，才证明小智等人的清白。

为了获得第七个徽章，小智等人来到了红莲岛。但是那地方已经成为观光胜地，到处都没看到道馆。但是解开一个怪叔叔提出的谜题后，小智终于找到了红莲道馆！原来那怪叔叔就是夏伯，道馆的训练家啊!

火箭队为了得到鸭嘴火龙在红莲道馆乱发射冰冻炮，害得岩石裂开，岩浆流出，眼看就要形成一场大灾难。夏伯命令鸭嘴火龙，小智等人也拿出自己的神奇宝贝来帮忙阻止岩浆流出。危机解除后，夏伯再给小智一次挑战机会，喷火龙与鸭嘴火龙便展开大对决…

小智等人遇到求救的卡咪龟，来到海中不知名的龟神奇宝贝王国。岛上的众龟全部不明原因昏睡，火箭队趁机来抢走龟王水箭龟…火箭队与乌龟群的大战就此展开…最后还查出了大伙昏睡原因是胖丁的歌声!

小智等人来到华蓝道馆，小霞被抓去表演水中芭蕾人鱼公主。火箭队也闯来捣乱，想抢走水系神奇宝贝，但是被进化的白海狮打败。虽然如此，表演还是大受欢迎！