发高烧的喵喵被清美救起，因而对清美一见钟情，想施恩于清美制造机会留下来当店门口的招财猫。可是清美的神奇宝贝派拉斯却是个胆小鬼，战斗意志太弱，怎么也无法进化成派拉斯特．．．．

小智等人来到霓虹镇。镇上的人因为睡觉太少，连君莎在内都变得脾气火爆。受不了镇上的吵杂，来到森林的小霞遇到一只不能唱歌的胖丁，经过一番努力，胖丁终于唱歌了，可是听众全部睡着……。

小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败，与火箭队等人一起掉进古代神奇宝贝沉睡的洞窟。一阵混乱之后，化石翼龙飞出洞窟咬走小智，火恐龙为了救小智，进化成喷火龙与化石翼龙决斗.

皮卡丘吃果实卡住无法呼吸，小智急着抱它求救。杜医生才刚治好皮卡丘，又有许多神奇宝贝因车祸受伤需要治疗。医院人手不足，在场的小智等人就被找来当助手了．．．．。

小次郎的父母假死引离家出走的小次郎出面继承遗产。小次郎一直顽抗，而武藏与喵喵见钱眼开，强迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁美嘉是怪人.

小霞跟火箭队的宝贝球都被带着大葱鸭的圭太给骗走。后来可达鸭自己逃出，在可达鸭带领下，小智，小刚，小霞带着君莎去逮捕圭太。为了教训圭太，小智要求做神奇宝贝比赛。大葱鸭出人意料的打败妙蛙种子.