小智等人来到一个码头都市，在那里遇见与金婆婆长相一模一样的银婆婆。她矢志要让这小地方成为超越蓝普尔其的渡假地，在海上大兴土木，而引来玛瑙水母和毒刺水母的反击。

小智等人来到一个港都，那里正在举办夏天庙会。小刚一到那里就感受到少女的呼唤。火箭队的小次郎也是同样经验。两人为了少女而失魂落魄，原来那少女是两千年前的亡魂。神奇宝贝鬼斯与她陪伴，搞得大伙吓得魂都飞了。

小智等人来到海边，遇到一群渡海的巴大蝴。巴大蝴正迎接恋爱的季节，连小智的巴大蝴也找到可爱的女朋友高兴得要命。但是火箭队的人居然又出现了，想捉走巴大蝴去卖，巴大蝴去英雄救美吧。

金黄市的道馆训练家是娜姿，她的神奇宝贝卡西会用超能力，把皮卡丘耍得团团转。惨败的小智等人还差点被变成娃娃囚禁起来，幸亏被一个老人救起，那个人指点小智获胜的方法。

为了打败娜姿的超能力神奇宝贝，小智按照老人指示来到耸立在雾中的神奇宝贝塔，想收服这里的幽灵神奇宝贝。最后虽然没收服成功，但是离开时有只鬼斯通自愿跟上来，也算是小有收获吧。

小智有了鬼斯通跟踪，又壮起胆子去向娜姿挑战。可是临阵时鬼斯通又不见影，跟在一旁的小刚与小霞成了代替小智受罚的倒霉鬼，被变成娃娃，小智忍无可忍，再度挑战．．．