突来的倾盆大雨使得小智一行人不得不找地方避雨。虽然小霞满腹牢骚，小智等人还是踏入了那间建立在空旷原野上的阴森小屋。可是小霞的预感果然没错，小屋里有奇怪的动静，这该不会是鬼屋吧？害怕的小智等人其实只是来到演艺屋，百变怪的训练师伊美蒂居住的小屋。小智对百变怪深感兴趣，提出让皮卡丘与百变怪来神奇宝贝决斗。

想成为神奇宝贝大师的小智，以及与小智共同旅行的小霞和小刚。三人经过一个美丽的森林，入内小憩一会儿。在大伙休息得正舒服时，皮卡丘注意到草丛中的影子。那双注视着他们的，原来是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深处追去，不顾小智的呼喊……。

小智等人在林中小径遇见一个备有水与食物的盘子，被人用绳子绑在树干上的神奇宝贝伊布。乍看之下像遭人抛弃的野狗，可伊布脖子上却绑着〞石头镇三段１４号，太一〞刻着训练师名字与地址的金属牌。打开地图发现石头镇就在前面不远。小智等人带着伊布按照地址寻找，来到超级大豪宅。里面还传出欢迎的鼓掌声，这里面真的有伊布的训练师吗？

旅行久了是会肚子饿的。小智等人来到某个村子觅食。可是这个村子的面包店跟青菜店全都没有粮食，餐厅也是什么都没有。无计可施的小智等人因为饿得太厉害无法走动时，村子长老出现招待他们大吃一顿。小智等人在长老家中了解村子是因为遭到干旱而落此现况。为了报达这一饭之恩，小智等人决定到河川上游调查原因。

小智等人来到黑暗市，被卷入亚斯道馆跟卡兹道馆的纠纷。小智劝和不成，反遭攻击，幸好皮卡丘大展神威，制伏他们。这时候乔伊出面.

为了让大家看他表演魔术，马健使出险招，想利用椰蛋树的催眠能力，谁知火箭队埋伏在后，一番乱斗，害得椰蛋树丛失控向城市奔去.