头山满打电话约见农初民，农初民身绑炸弹赴约；头山满希望和蓝衣社暂时合作扳倒木下。傅约翰和萌萌前往钟楼查看化物原料藏货地点，这时仓库爆炸两人被困；树林中染野和童虎比武，染野讽刺童虎胆小、是个懦夫。童虎为证自己不是懦夫拼死一搏。凛子设计童虎和杏子独处，并在酒里下了药，两人完全不知情。

童虎不知酒有问题，把杏子当成牧兰将她强暴；杏子想着傅约翰一巴掌将童虎打醒。头山满非常生气杏子违抗命令，杏子欲切腹自尽，此时在门口偷听的佐佐木冲进屋里拦下。

眼看改造童虎的计划即将成功，染野四处抓人，为童虎准备了人质供他“磨练”。最后的一招孤月剑法，童虎杀死了染野。

头山满知道童虎叛变，任命柳生刚为防卫队队长追杀叛徒童虎。凛子领命前去堵截，但是凛子面对自己的儿子不忍下手，放走童虎。街上王俊武遇到童虎，两人正面交锋想要杀他报血海深仇被后赶来的牧兰拦下。王俊武要为师傅报仇枪杀童虎，傅约翰为救童虎说服徐安妮把童虎留下暂时保他平安，第二天再交由日本人处理。

凛子恳请杏子背叛一次头山满，帮她救出童虎，因为头山满一定会为了日本的利益而牺牲自己的子女；凛子又告诉她一个残酷的事实，头山满是她的杀父仇人，杏子透彻心扉。头山满拒绝用化武基地的情报与农先生交换童虎。傅约翰、王俊武等人带着童虎来到公园，杏子和凛子舍命营救，陷入蓝衣社包围，混战中，傅约翰感情用事放跑了杏子，凛子被抓。

为了加紧建设化武基地，头山满的手下北一辉试图绑架制造芥子气催化剂的专家戴维夫妇，傅约翰得到消息后于危险中救走戴维。头山满以戴维妻的性命威胁蓝衣社交出凛子、童虎和戴维，农先生说服安妮同意这个交换，因为这也是寻找化武基地的有效手段。凛子为了儿子的幸福，劝童虎留在蓝衣社，并承认了牧兰这个儿媳妇，牧兰很是高兴。傅约翰在戴维的鞋子里装上追踪器，戴维被日本人带走后，农先生推测出日本人的化武基地就藏在海中的某个岛上。凛子因擅作主张营救童虎，要剖腹谢罪，但恳求头山满能放过杏子。

傅约翰下定决心买戒指向萌萌求婚。珠宝行里，杏子偶遇傅约翰，旧爱相见，各自心中五味杂陈，佐佐木找准机会要杀傅约翰，被杏子救走。

头山满是杀父仇人的事实，让杏子心灰意冷，她希望傅约翰能和她远走高飞。几天后，傅约翰收到了杏子给的船票，将此事告知童虎，不想被安妮窃听到。

傅约翰来到码头送别杏子，安妮突然带人包围，佐佐木替杏子挡住子弹，一命呜呼，杏子恨极了傅约翰竟然出卖她。萌萌得知傅约翰与杏子准备“私奔”，难过不已，傅约翰拿出戒指，正式求婚。蓝衣社始终找不到化武基地的线索，遂命童虎约见母亲凛子，要她说出化武基地的位置，凛子只说出戴维妻还安全在上海。

被抓到化武基地的戴维，将追踪器放到药箱里，随日本人的车子进入市区，萌萌的包里响起信号声，让蓝衣社重又发现线索，任务布置下去，傅约翰、童虎等人分头跟踪目标，逐步有了头绪。

童虎因为和自己的父母站到了对立面，成天痛苦不已，牧兰通过广播深情地安慰他，童虎感动泪流。头山满认为木下阻碍他独掌化武基地的野心，便筹划了一个借刀杀人的计划，故意将木下的行踪泄露给蓝衣社，安妮将刺杀任务交给童虎，在路上炸死了木下，头山满阴谋得逞，天皇正式任命他为化武基地指挥官，并派下复仇的命令。

萌萌刚离开傅约翰，突然被杏子派人抓走。杏子逼约翰引农先生进入圈套。傅约翰通知童虎分头行动，让他设法营救徐萌萌，童虎大闹居酒屋，恳求凛子告诉他萌萌在哪。傅约翰故意在街上闹事，拖延农先生去码头的速度，这时杏子来电，威胁他十五分钟内务必赶到码头，否则等着收萌萌的尸！

傅约翰赶到码头，将农先生保护起来，向杏子要求见到萌萌，杏子妒火攻心地对傅约翰说，如果她死了，希望他会拿玫瑰花去教堂为他祈祷。蓝衣社根据美国冒险家失踪事件，得知“幽灵岛”这个地方，确定了化武基地的位置。正当头山满带着凛子在化武基地准备大展宏图的时候，农先生、傅约翰、童虎等人带着蓝衣社和精武门的人马冲杀了进来。柳生刚用凛子要挟童虎，眼看着凛子死在柳生刚的枪口下，童虎悲痛欲绝，把柳生刚打成马蜂窝，而童虎却死在自己的父亲头山满的手中。杏子为了报杀父之仇，将头山满击毙，随即自杀。死前留给傅约翰一封信，告诉他萌萌在哪里，傅约翰感慨万千，很快将萌萌解救出来，追随农先生一起走上抗日救国的道路。