燕王包围了皇宫以后，却不敢擅自闯宫，他令部下严守皇城，不准任何人出入，打算在天明后才入乾清宫。 趁着夜色，建文帝和徐妙云化装成一僧一尼，从地道里爬出了皇宫。 奉天殿内，马皇后悲壮地穿着龙袍皇冠，代替建文帝在朱元璋的神像前自焚了。 奉天殿一着火，朱棣立即以救火为名闯入宫内，他首先来到毓秀宫，又来到坤宁宫，但都没有找到徐妙云，他万分失望。 金殿外，文武百官对燕王朱棣的到来十分冷淡，抵触情绪严重，御史连根欲刺杀燕王，未成而被燕王所杀。 众大臣皆一口咬定皇上已自焚殉国，燕王将信将疑，而道衍在奉先殿发现一缕青丝，再经过对太监王钦的询问，怀疑建文帝和徐妙云尚在人世。

燕王通过一只一直为他和徐妙云之间互递信息的信鸽，找到了建文帝和徐妙云出宫的地道，地道外面碰上正在追随皇上而去的内务总管王钦，王钦不肯说出皇上的去向，彼燕王杀死。 建文帝不知所终，燕王将计就计，布告天下，帝后以身殉国，普天同哀，着以天子礼厚葬。 承天门外，身披重孝的方孝儒率领文武百官前来送丧，当送殡队伍到来时，方孝儒张臂挡住灵枢，大喊：建文受冤而死，冤魂不入孝陵啊！ 在方孝儒的带领下，邹瑾、魏冕等群情激愤，痛斥燕王谋逆之罪，终于激怒朱棣，下令拘捕方孝儒，强行出殡。 道衍再次劝告朱棣善待方孝儒，朱棣亲到狱中看望方孝儒，方毫不领情。 建文帝和徐妙云在逃生途中，亲眼目睹黄子澄、齐泰被燕王部下追捕，提心吊胆，历尽艰辛，终于来到紫云观安身。

朝中无主，有人提出册立谷王为新君。朱棣得知，剖齐泰、黄子澄之心派人送给谷王，谷王大惊，便出面呈请燕王继位。 燕王要登基了，他到狱中请方孝儒写一篇登基之诏，方孝孺当着燕王之面写下“燕贼篡位”四个字，掷笔等死。 朱橡终于大怒，他忘了道衍对他的告诫，下令灭方孝孺十族，一个不留，全部杀尽！ 燕王朱棣终于登基了，改帝号为永乐。 徐王妃和朱高炽、朱高隧从北平赶来会合，祭拜孝陵后，朱高煦把朱高炽、朱高隧带到毓秀宫住下，让红杏服侍着。他自己却住到了东宫，做起了当太子的美梦。 刚刚成为皇后的徐王妃因一路劳顿，卧病在床。永乐来看她，她向永乐谈了立太子的看法，她认为次子高煦从小骄纵，不知礼法，不能委以重任，而永乐却不以为然。

立谁当太子朝中多有分歧，永乐委决不下，而朱高煦却沉不住气了，为了向朱高炽泼污水，他设计将红杏灌醉，奸污了她，又谎称若红杏肯帮助他当了太子，他将来必娶红杏，让她当皇后。然后他要红杏去勾引朱高炽，把他搞丑。红杏酒醒后觉得对不住来高炽，遂把朱高煦的阴谋全盘告知徐皇后。 当永乐了解朱高煦的阴谋后，勃然大怒，立即派上己策马北去的朱高炽，册封他为皇太子。 建文帝和徐妙云在紫云观落脚。不久，徐妙云发现自己已有孕在身。建文帝知道自己将要做父亲了，欣喜若狂，但徐妙云却很惶恐，因为据她推算，这孩子很有可能是燕王朱棣的种。 永乐帝日夜思念着徐妙云，而不知下落的建文帝也一直是他的心病。于是他密令道衍派人四处寻访，务必找到建文帝和徐妙云的下落。

道衍终于在紫云观找到建文帝和徐妙云，可他明白永乐不会让建文帝活着的，故用计使建文帝和徐妙云分开，巧妙地保护了建文帝。 就在徐妙云快要抓住时，突然出现了朱高熙，原来永乐早就知道道衍不会杀建文，就派高熙暗中相跟，务必要杀死建文。 道衍把徐妙云带到乾清宫，永乐大喜过望，不料徐妙云心如死水，只得把她送到毓秀宫。 建文帝一直是永乐的一块心病，派朱高熙四处搜捕，而此时的建文帝己沦为乞丐，使高熙对面相逢不相识。

道衍为了保护建文帝不被杀害，慌称他己逃往海外。永乐则令郑和出海，希望在海外找到建文帝下落。 徐妙云在毓秀宫弹琴吟唱：不问红颜老，但听夜半钟，一夜雨丝断，花魂在何方…… 永乐在树影里驻足倾听，百感交集。他把一块玉佩放在盘子上，要宫女带给徐妙云。宫女刚要入宫，突然碰到朱高熙，黑暗中朱高熙用一把玉刀换走了王佩。 徐妙云看到皇上赐她玉刀，以为朱校是要她自裁了。她万念俱灰，正要自尽，被贴身宫女红云一把抢过玉刀，吞进了自己的肚子。 沦为乞丐的建文帝在承天门外大骂燕王朱棣，向他讨回徐妙云，守城官兵皆把他当成疯子，幸道衍及时出现，带走了建文帝。 道衍把建文帝带到街头茶棚，正好为红云出殡的棺材抬过，道衍对他说：妙云为你而死！建文帝这才万念俱灰，真心削发为僧了。