卢定军接到了军统戴局长的命令，要其好好保证沈冰的安全。于是，卢定军不得不暂缓对沈冰的捕杀。高飞带封格格来到了他和金小班的藏身之地道出了刘远还在沈冰手里的猜测。而卢定军正命令鬼影派快刀门追杀高飞，鬼影拒绝了卢定军，因为高飞曾经救过鬼影的命。

高飞和贺敏出来打探消息，不料在酒馆里遇到了被人派来找茬的一个洋人，二人大打出手，危急时刻，贺敏替高飞挡子弹，幸亏是虚惊一场，但高飞去记住了贺敏的这个人情。随后高飞和贺敏出门又遇到了袭击，二人配合默契打跑了敌人。高兴之余，二人去找在另一边打探消息的金小班，却不料中了敌人的调虎离山之计。高飞刚见到金晓班就被一伙人纠缠，而此时在巷子等待高飞的贺敏早已被掳走。随后，高飞和金小班拿着巷子里捡到的一个骰子来到云雨轩，封格格刚猜出了此物出自大通赌坊，便发现了暗中的狙击手，为救高飞，封格格被一枪击中，身负重伤。高飞来不及关心封格格便孤身一人来到大通赌坊，他将假钥匙交给了赌坊老板，顺利救出了贺敏。

暗中监视一切的卢定军和高飞都猜到了刘远还在沈冰手里。封格格和贺光辉街头告之高飞在等卢定军先出手，果不其然，卢定军随后便命鬼影追捕刘远，进行下一步计划。

贺敏将她和小班在照片墙发现的新线索告知高飞，高飞看着照片墙上琢磨着，此时封格格来到的高飞的住所，她注意到了照片墙上的一个女人，高飞却对她说他要主动找的是另一个女人——沈冰，因为他手里有她需要的东西。

沈冰在密室再次拷问刘远，刘远告知破解编码的关键是秋田真吉的一本手抄《周易》。而此时，卢定军已经拿到了这本《周易》，却毫无用处。沈冰正琢磨着刘远话的真假之时，刘远已在密室里打倒看守，逃了出去。而高飞和鬼影也都开始了行动。

沈冰发现刘远失踪时，高飞和鬼影已经来到了沈冰住所。蒙面的鬼影原本想劫持刘远，却不料刘远已逃出了狱，二人大打出手。正当刘远逃到大院之时，高飞挡住了他的去路，沈冰也赶来过来，突然一伙白脸人将高飞、沈冰，刘远三人包围。刘远手持炸弹开车逃跑却不料中了另一伙人的圈套。

高飞和沈冰被逼得躲进火药房里，性命攸关之际，高飞和沈冰紧紧相拥等待死亡，幸好，金小班和蒙面的封格格前来营救。沈冰不仅不感谢封格格的救命之恩，还要枪杀封格格，幸亏被高飞拦下。沈冰醋意大发，追问高飞封格格与他的关系，高飞并没有给她一个满意的答案。

顾明告知卢定军刘远跑了的消息，而卢定军却反映异常，十分淡定。地下党方面，因为刘远的失踪，而导致老宋对高飞提出了质疑。此时的高飞正带沈冰来到了自己的藏身之地，沈冰看到满屋子的如意摆，又想起了当年她与高飞的甜蜜过往和情丝万缕，原来高飞如今还爱着她，可是两个相爱的人却因不同的政治信仰而注定不能同路。

少洪波向卢定军打探刘远的消息，卢定军却有意隐瞒。老宋在贺光辉的陪同下正在破译编码；高飞、沈冰、贺敏和金晓班四个人共进晚餐，温馨而欢乐，不料此时，卢定军正拿起电话通知鬼影把刘远调到司令部，同时准备去会他的情人鬼影沈燕茹。

卢定军来到沈燕茹的住所，原来二人早已相恋多年。次日，卢定军告别沈燕茹去审问刘远，同时他察觉顾明和少洪波中有一个人格很有可能是共党。所以，当他发现顾明正在对刘远用刑拷问时，卢定军一反常态骂跑了顾明。事后，顾明跟少洪波提出卢定军正在防着他们，少洪波表面宽慰顾明，心里却另有打算。

封格格将少洪波传来的消息报告给贺光辉，说起高飞正跟沈冰在一起的事，封格格不禁有些许失落。高飞收到消息，刘远在卢定军手里，于是他跟沈冰等人商量计策。衡量再三，沈冰决定单枪匹马去司令部打探消息。

沈冰以特派员的身份大张旗鼓地拜访司令部，卢定军只得顺势列队迎接。沈冰与卢定军开门见山，兵戈相见，卢定军等人被沈冰的胆识魄力所震慑，无奈只能答应沈冰让她在司令部随意查看。就在卢定军和顾明担心沈冰察觉什么之时，他们收到了龙城商会的请柬。

卢定军派人将刘远怀有身孕的妻子带到了牢房与刘远相见，刘远被逼无奈只能退让。日军方面得知刘远不可靠的消息，决定找人干掉刘远。此时的高飞、沈冰、贺敏和金小班四人正研究着如何寻找军火的下落。而刘远却已经将寻找军火的途径都告诉了卢定军。

高飞等人备好枪械弹药，骑上机车去营救刘远，却不料卢定军一方早就派队伍暗中设下埋伏。在龙城商会宴席少洪波在贺光辉的掩饰下脱身，与封格格街头，封格格发现卢定军没来才意识到司令部很可能是个陷阱。

封格格跑到高飞住所通知高飞司令部是个陷阱，却来晚了一步。幸好高飞识破了卢定军的诡计，带着沈冰离开了司令部。封格格赶去救高飞的路上遇到了返回住所的高飞带着沈冰，她不禁地心生失落。

沈冰将刘远被卢定军关押刘远的消息报告给上司戴局长，于是军统立即下令叫卢定军将刘远以火车运往重庆。而灵儿收到了铁面人的命令叫沈冰劫持刘远。高飞和沈冰等人拦截运送刘远的汽车，双方展开交战，沈冰带着蒙着头的犯人刘远逃跑，为了完成任务她誓与高飞决裂。高飞放走了沈冰等人，因为他早已料到蒙着头的并不是真刘远。果真，他收到了封格格的消息，立马赶往顺清王府去找真刘远。

卢定军和沈燕茹等人在顺清王府遭遇埋伏，高飞和封格格等人赶去时，卢定军等人早已撤离，空无一人。高飞根据现场碑文分析得出结论，刘远留下的线索并不是什么密码而是九宫图。终于，高飞发现了一个神秘的地下密道。

高飞等人走进密道，与早已埋伏着的一伙黑衣人交战周旋。此时，真的刘远和他的妻子却被铁面人关在了地牢里。铁面人自称军统局站长要刘远交代军火的所在地。

刘远向铁面人交代了军火库的秘密是特洛伊计划——利用细菌武器毁灭整个龙城，而打开军火库的两把钥匙，分别的秋田真吉和高飞手里。高飞经过一番推理终于发现了打开军火大门的钥匙孔。而此时刘远刚道出打开大门需两把钥匙共同打开，否者后果不堪设想，不知真相的高飞，却正把他手里的那把钥匙放进了钥匙孔里。

高飞和金小班及时发现了大门的玄机，躲过一劫。众人逃出密道后，封格格突然晕倒，高飞抱起封格格和小班、贺敏离开，却被在高处埋伏的沈冰发现，沈冰心生醋意，但还是为高飞等人一路护航，射杀埋伏在地下的黑衣杀手，高飞等人顺利逃生。

沈燕茹受伤面临昏迷或瘫痪的危险，卢定军紧张又担心。此时，高飞正和金小班、贺敏计划着找到另一把钥匙。而铁面人却命令沈冰杀掉高飞拿到他身上的那把钥匙。

卢定军在病床前伤心落泪，终于等到了爱人沈燕茹的苏醒，同时命人打探劫走刘远的人是什么身份。而军统站长正暗中派人找解锁工匠打开军火库大门。

沈冰孤身来到高飞的住所，她告知高飞刘远死了的消息，并却说高飞退出，高飞断然拒绝，二人不欢而散。

龙城站长告知军统上级特洛伊计划，随后，卢定军便收到了重庆方面的电文。卢定军立马致电张光墨准备下一步计划。而此时，高飞正根据卢定军接手龙城前后的地图推断出关键人物张光墨。为得到更多资料，高飞在封格格的帮助下与贺光辉见面，果然，日本军事基地的所有资料都在张光墨师部的机要室里。

沈冰正和灵儿偷偷查探刘远的下落，却无意间发现刘远却被突然冒出的一伙人射杀。军统站长收到了刘远和解锁专家被被忍者射杀的消息。沈冰跟上级提出启用高飞协助她完成任务的建议。

高飞和金小班准备夜探机要室，而张光墨正交代下属加紧防备。贺敏发现封格格发烧，出门去买退烧药遇到了父亲贺光辉。就在此时，高飞刚要打开机要室的大门，警报突然响起。

高飞正与敌军发生激烈的枪战，另一边，贺光辉交代女儿贺敏要好好监视高飞，不要参杂个人感情。高飞在金小班的接应下，终于安全回到住所，贺敏却因高飞关心封格格而吃醋。

龙城站长一方面派人抢夺高飞手中的钥匙，另一方面查找秋田的下落。此时，封格格收到情报重庆方面又派了一个巡查专员来龙城。张光墨加强警戒，高飞无从下手，只能等待时机。

军统特工查探秋田消息未果，捕杀高飞也未能成功。龙城军统站长大怒，但又因发现高飞有打开军火库的能力和钥匙，于是军统决定利用沈冰控制住高飞。

封格格去药店抓药遇上土匪调戏，有病在身的格格无力还击，幸亏高飞及时赶到救她离去。封格格告知高飞重庆专员即将到来的消息，于是高飞为治好封格格的病，决定和金小班利用这个机会去军方偷“奎宁”。

卢定军收到了重庆会派一个周专员来龙城新风车站的消息，决定派顾明埋伏抓捕。却不料高飞假扮卢定军的副官抢先把周专员劫持走。随后，高飞假扮周专员与封格格等人来到了张光墨的师部巡查。在车站守候的卢定军见专员迟迟不到，突然想起清剿日军基地时日军留下的重要资料，决定去机要室查看。

张光墨想通知卢定军重庆专员的到来，却发现卢定军不在。张光墨专门为专员高飞摆起了接风宴，席间，他端起酒杯敬酒，却被高飞断然拒绝。