金小班、贺敏和灵儿三人抓住蓝和尚，命其带路找解药，此时，卢定军派来的队伍已经来到了卧龙山上。高飞和沈冰二人在湖边谈心，沈冰心中突然对自己当初的选择感到迷茫，高飞劝沈冰重新选择，而沈冰却有不能回头的苦衷。

蓝和尚带金小班等人走进了他们早已设下的圈套，将其三人捕获，并向秋田发出信号。此时，封格格正在山上为高飞寻找解药；蓝和尚去树林方便，金小班等人成功自救将看管他们的土匪射杀，蓝和尚回来发现大事不妙，打算逃跑，却被金小班等人逮个正着。蓝和尚无奈只能跟金小班等人交代日本人存放解药的地方在燕子坞。金小班担心蓝和尚再使诡计，于是在他身上绑了特制的炸弹。

沈冰从龙九口中得知配置高飞解药的危险性，充满担忧。此时，蓝和尚带着贺敏和灵儿已经来到了燕子坞。贺敏和灵儿主动要求跟蓝和尚混进燕子坞偷解药，金小班一人在山上埋伏窥视着燕子坞的情况。蓝和尚因为偷酒喝被日本特务发现，无奈他只能谎称发现高飞，故意拖延时间。贺敏和灵儿终于找到了解药，却不料被看守发现。蓝和尚意外中枪，燕子坞的特务们发现有人闯入，带着队伍追杀金小班等人，金小班等人以为顺利逃脱，却不料被日本特务包围。跑去给高飞送解药的贺敏被日本特务追杀，幸好被半路遇到了采药回去的封格格所救。封格格前去营救金小班和灵儿，同时告诫贺敏一定要保证高飞喝下解药才能告诉他实情。

高飞端着龙九新熬的药准备试试运气，此时，贺敏带着解药赶来。贺敏强忍住焦急的情绪，待高飞喝下解药，终于说出了金小班和灵儿被包围的消息。

高飞和沈冰等人决定去日军的零号仓库去救人，此时，顾明带着一队人马闯入了龙九的住所查找珠宝下落。危机时刻，龙九拿出曾经缴获的武器带着高飞、沈冰等人去了零号仓库。贺光辉等地下党人经研究决定让三娘将卢定军的那批珠宝护送出去。卢定军听说顾明仍旧空手而归，于是派麻泗水帮其调查珠宝的下落。

秋田真吉正亲自拷问金小班，而此时高飞等人已经潜入他们的仓库。秋田真吉派人对付金小班和灵儿却不料金小班和灵儿已经成功脱险。他们和高飞等人联手大战日本特务，突然，高飞等人被狡猾的秋田困在了一个密室里，周围布满炸药，高飞等人命悬一线。幸亏，此时封格格及时赶到将高飞等人救出。

高飞等人成功炸毁了在仓库里遗留的细菌武器，但他清楚秋田一定不会空手撤离，最可怕的东西一定被他带走了。果然，秋田决定联系一个叫夜鹰的人，启动下一步计划。

贺光辉计划通过三娘将珠宝在城里兑换成金条，而封格格告知贺光辉高飞已经把钥匙交给了她。沈冰期盼着战争的结束，早日与她的女儿团聚，却不知，敌人已经在打她女儿的注意。

金小班与贺敏、灵儿逛街时突然遇到日本特务与夜鹰街头，金小班跟踪夜鹰误入女浴室反被整蛊。此时，沈冰带高飞来到凉亭为一个人过生日，而这个人是他们分开以后有在她生命中很重要的人。

沈冰拜托高飞如果她出意外，一定要他照顾她生命中最重要的人。高飞明知道沈冰说的这个重要的人是他们的亲生女儿，但他却始终不点破。高飞得知秋田的人在城里接头开始部署逮捕计划。特务夜鹰去军统偷资料意外得知沈冰的八号联络点。

白少楼将珠宝交给三娘在黑市兑换成金条。铁面人以沈冰的女儿要挟沈冰听从他的安排。龙九告知沈燕茹日本人的地下基地已被他和高飞捣毁，并警告她和卢令军不要跟日本人扯上关系，否则他将清理门户。而卢定军得知秋田已经被有了筹码于是决定重新跟他谈谈新的条件。

在一番精心部署下，高飞终于获得了秋田的线索，于是将目标锁定在德宏旅社。而此时，沈艳如带着一队人马闯入秋田的据点索要打开军火库的钥匙。秋田见卢定军方面也开始落井下石，于是他派夜鹰展开行动。

沈冰收到消息赶到八号联络点，才发现中了秋田的计。沈冰被秋田绑架到密室谈条件，她假意答应秋田与其合作，趁机挟持秋田准备逃出密室，却不料真秋田带着面罩现身将替身打死。沈冰陷入危难之中，而这时，灵儿发现沈冰失踪，跑去警局通知高飞。高飞致电试探卢定军沈冰的下落，却不料卢定军推测出沈冰已在秋田手里，于是他通知沈燕茹利用沈冰要挟高飞拿回他的珠宝，并控制住秋田真吉拿到打开军火库的钥匙。此时，高飞正带着一队人马准备在德宏旅馆展开行动。

秋田正丧心病狂地给沈冰连打毒针逼沈冰说出高飞的弱点，沈冰宁死不说，秋田却才意识到高飞的弱点正是沈冰。高飞和金小班等人在德宏旅社搜查秋田的踪迹，抓到秋田的手下带回警局。高飞根据秋田手下的鞋底和表情分析出秋田在惠丰粮仓，但来到粮仓却发现空无一人。秋田设下圈套约高飞孤身前往燕子坞，并通知沈燕茹派兵协助他们抓捕高飞。

高飞来到燕子坞，按照秋田的指示蒙头骑马被带到他们的据点。而此时金小班和贺敏正急速赶往燕子坞寻找高飞。高飞略施小计将秋田等人打倒在地，准备带着沈冰离开时，却被沈燕茹带来的队伍包围了，危急时刻，龙九赶来清理门户，将沈燕茹等人赶跑，高飞和沈冰终于得救。

沈冰已脱离了军统，答应跟高飞在一起，永不分开，这对纠结的虐恋情人终于和好如初。而卢定军收到麻泗水的消息，推断高飞很可能跟共党有关系，而那批珠宝很可能会出现在黑市交易里。麻泗水逼黑市的赖八爷供出了倒卖珠宝的实情，并带队逼死了三娘，逮捕白少楼进行严刑逼问关于地向党人的情报。

少洪波请求卢定军审问白少楼遭拒绝，而麻泗水见逼供无效便故意将白少楼押送青山监狱，并散播押送路线，引共党上钩。地下党员们全力营救白少楼，却不料被事先埋伏好的官兵伏击。白少楼被送到青山监狱，麻泗水借机使用离间计令白少楼供出了少洪波是共党，并且珠宝已被运出龙城的重要情报。

卢定军将白少楼杀死以蒙蔽共党他已得到情报的事实。随后，他逼秋田交出手中的钥匙想要将其杀之，却得知只有得到两把钥匙才能打开地下军火库，而只有秋田知道打开军火库的方法，于是卢定军不得不答应秋田护送其出城。

少洪波意识到白少楼已经招供，于是他一方面通知高飞等人去火车上抓捕秋田真吉，另一方面做好了为党捐躯的准备。沈冰收到铁面人的指示，令其拿到钥匙后杀掉高飞，并以沈冰女儿的性命做要挟，面对这两难的抉择，沈冰痛不欲生。

高飞和沈冰等人混进火车上抓秋田真吉，却不料中了卢定军的圈套。卢定军逼高飞交出钥匙，并以封格格的性命要挟。危急时刻，高飞打死了秋田真吉并告知钥匙在封格格身上，并且她知道怎样打开军火库。于是卢定军挟持封格格去了顺请王府碑林——地下军火库。

与此同时，高飞和沈冰等人、地下党员们、麻泗水挟持着少洪波纷纷前往顺清王府碑林，一场决战就此拉开序幕。

狡猾的卢定军以少洪波的性命做要挟，逼封格格帮他打开了地下军火库的大门。不料，刚走进地下密道，卢定军就杀了麻泗水，因为他早就知道了麻泗水的甲先生身份。封格格被逼着带卢定军一步步地走近军火库。此时，高飞在顺清王府外正带着地下党人们与官兵们交战，拼力营救她。

封格格趁机逃跑，少洪波被杀，卢定军等人困在机关里。幸得顾明找到了生门，卢定军和沈燕茹才得以逃出机关。而此时，被卢定军射杀的麻泗水突然睁开了眼睛。

卢定军、沈燕茹和顾明三人终于找到了军火库的大门。卢定军打开大门，发现军火库的大批细菌武器和金银珠宝，大喜过望。他命顾明将这些东西装载到运输车上，而顾明却利用这个机会偷偷在车上安装了定时炸弹，企图释放病毒。

麻泗水赶到据点指挥着军统特工们开始行动。卢定军发现了顾明的真实身份，将其一枪毙命，准备离开之际才发现顾明在两辆车上都装了炸弹。此时，麻泗水带着军统特工们和高飞等人齐齐包围卢定军等人，并对其开火射杀，不料，卢定军以炸药逼迫开车逃走。军统和共党双方试图抢夺卢定军留下的病毒和珠宝，却得知车上都被装了定时炸弹。军统发现拆弹不成，带队撤离。炸弹很快会引爆运输车，为了龙车百姓的安慰，老宋和贺敏驾车离开，金小班急忙跳上了贺敏的车。

卢定军带着珠宝和沈燕茹坐上了逃亡的火车，却不料高飞和沈冰追来。双方展开了生死之战，一番殊死搏斗后，沈燕茹被沈冰杀死，卢定军被高飞打倒。此时，金小班成功将运输车开到郊外引爆，危机化解，贺敏得救，老宋壮烈牺牲。

高飞回到车厢内准备带沈冰离开，却不料此时火车开到了断崖，而沈冰被卢定军用手铐铐住，无法逃脱，危难之际，沈冰将高飞甩下火车，并嘱托高飞一定要救他们的孩子。火车冲下了断崖，高飞摊倒在地。

金小班抓了麻泗水逼他供出了高飞女儿的所在，高飞孤身前往救出了女儿高小飞，临出门之际，他们突然遭遇袭击，一个形似沈冰的女人救了他们一命，高飞告诉女儿她妈妈回来了。

此时，贺光辉收到了一份电报，上级祝贺特工003与他们顺利合作完成任务。