杨过答应给郭襄三个愿望，郭襄欣然接受。

郭芙问郭襄是否有见到神雕侠，郭襄否认。郭芙告知黄蓉郭靖关于郭襄私自外出的事，黄蓉郭靖知道郭襄和西山一窟鬼外出时，十分生气，并关了郭襄的禁闭。

丐帮的鲁帮主在庙里遭到霍都的暗算，郭襄伤心欲绝。黄蓉郭靖决定要找霍都报仇，还安排安葬了鲁有脚。

郭襄祭奠鲁有脚，郭芙前来劝她回去。郭襄和郭芙斗嘴，郭襄表达了自己对杨过的崇拜和爱慕。郭芙提到最近丐帮准备在英雄大会上推举下一届丐帮帮主。郭襄得知英雄大会的时日就是自己的生日，那天正好是杨过和郭襄约好的相见之日。

郭襄和郭芙因为杨过的事吵了起来，此时尼摩星赶到准备暗算郭芙郭襄。谁知道杨过出现救了郭襄二人，郭芙询问郭襄是谁出手相救，郭襄怀疑是杨过。

黄蓉郭靖再次询问郭襄，郭襄矢口否认。英雄大会召开在即，郭襄在自己房间招呼客人。黄蓉得知此事之后，吩咐郭芙将郭襄的客人请出门外。

郭襄在自己房间里过生日，众人都纷纷送了她礼物。黄蓉得知郭襄竟然和江湖上亦正亦邪的人结为好友之后，十分生气。

黄蓉对这些不速之客十分不解，好奇究竟是谁在背后指使这些人。黄蓉询问郭芙那日郭襄和西山一窟鬼的经历，黄蓉怀疑神雕侠就是杨过。

黄蓉郭靖为丐帮甄选新帮主，比武赢者便能得到帮主之位。黄蓉没见到郭襄，便前去看望她。黄蓉担心郭襄对杨过用情太深，不能自拔。杨过给郭襄准备生日礼物，黄蓉心存疑虑。

耶律齐力压群雄，成为了丐帮的新任帮主。此时有人来报，蒙古大军压境襄阳，但是却莫名其妙被人歼灭，黄蓉和郭靖都好奇不已。

郭襄生日当天，西山一窟鬼和史家兄弟受杨过嘱托给她庆生。他们先灭了蒙古的先锋部队，并且在杨过的巧妙算计之下，众人成功灭掉了蒙古大军的粮草。

黄蓉和郭靖对杨过感激不已，便立马安排丐帮帮主继任大典。丐帮有一人不服，希望能够先替鲁有脚报了仇再立帮主。此人就是霍都假扮的何师兄。郭芙急于维护耶律齐，被黄蓉斥责。

霍都假扮何师兄，企图篡夺丐帮帮主之位。他出手和耶律齐过招，并且重伤了耶律齐。正在霍都宣称要争夺帮主之位时，杨过命人送来达尔巴，达尔巴对霍都恨之入骨，希望立马能够替金轮国师报仇。

达尔巴杀掉了霍都，霍都装死。郭芙前去看霍都， 霍都企图抓住她，此时黄药师出现，救了郭芙一命。黄药师把杨过叫出来， 郭靖激动不已。

杨过讲起自己和霍都的渊源，种种原因杨过识破了霍都的诡计。郭靖希望杨过能够担当丐帮的帮主之位，但是杨过有要事在身，极力推荐耶律齐为帮主。

郭靖希望杨过能够留下在襄阳呆上几日，但是杨过直言有要事在身，不便久留。黄药师也跟随杨过而去。

黄药师和杨过在酒楼相聚，两人正相聊甚欢时，见到碰巧经过的蒙古高手。杨过为了一雪前耻，打得两人落荒而逃。

杨过询问黄药师关于南海神尼，黄药师直言自己从未听说过南海神尼，杨过知道真相之后伤心欲绝。杨过得知小龙女并未和所谓的南海神尼同往南海之后借酒消愁，黄药师看在眼里觉得莫名其妙。

黄蓉和郭襄说起杨过和小龙女的事，郭襄坚信杨过和小龙女会有日再见。黄蓉提到当时杨过和小龙女都身受重伤，黄蓉为了能够让杨过宽心才编造出南海神尼来安慰他。郭襄得知小龙女和杨过可能再无缘相见，心里也好生惋惜。

黄蓉意识到杨过可能已经知道事情的真相，十分担心他的安危。郭襄也担心杨过因此想不通，便决定要请求杨过不要一意孤行。

杨过自我放逐，想起和小龙女的过往种种心乱如麻。郭襄在集市吃饭时被金轮国师撞见，他意识到郭襄在找杨过之时，便骗她自己和杨过有过一面之缘。金轮国师询问郭襄是否认识郭靖，郭襄以免生是非，便否认是郭襄的女儿。

金轮国师骗郭襄承认自己是郭靖的女儿，郭襄还被蒙在鼓里。郭襄询问杨过的下落，金轮国师便骗她与自己同行。

杨过乘船到了嘉兴，便决定要去寻找杨康的尸骨。金轮国师带着郭襄正好被西山一窟鬼碰见，西山一窟鬼揭穿了金轮国师，金轮国师立马出手解决了二人。

郭襄被金轮国师带走。杨过来到杨康当时葬身之地，发现了丘处机给杨康立的墓碑。突然间柯镇恶出现在庙中，杨过从柯镇恶口中得知关于杨康的种种。

杨过从柯镇恶口中得知杨康是卑鄙小人，但是他也接受了这个事实，和柯镇恶和好。杨过从柯镇恶口中得知郭襄被蒙古人抓走，便决定要前去军营打探郭襄的下落。

杨过临走前拜托柯镇恶为杨康另立一块墓碑，柯镇恶立马答应。 

柯镇恶也将郭襄的消息告诉了程英陆无双，杨过来到蒙古军营，发现郭襄并不在军营。金轮国师软禁了郭襄，郭襄试图逃跑，但是却被金轮国师发现。

金轮国师见郭襄资质聪颖，便想要收她为徒弟，但是郭襄并不愿意。郭襄和金轮国师吵了起来，她提起当日达尔巴和霍都在丐帮被杨过收拾的事，金轮国师颜面尽失。

郭襄激怒金轮国师两个月之后前往绝情谷和杨过决斗，金轮国师答应，郭襄十分开心。

程英和陆无双也前往军营找寻郭襄的下落，发现她并不在军营。黄蓉知道郭襄落在金轮国师的手上，便决定要去寻找，同时还打算去百花谷找周伯通帮忙。

郭襄和金轮国师一同回到蒙古军营，郭襄拜金轮国师为师父，并学习金轮国师的武功。金轮国师和郭襄敞开心扉，提及自己的无奈。金轮国师提醒郭襄不要再暗恋杨过，因为他的心里只有小龙女一人，但是郭襄并不愿意忘掉杨过。

黄蓉来到百花谷找到周伯通，希望他能够助自己一臂之力，周伯通立马答应，一灯大师也欣然一同前往。周伯通将自己养的蜜蜂给黄蓉看，黄蓉发现了在“绝情谷底”的消息。

杨过来到断肠崖，看着石碑上小龙女留下的字迹，心里想着小龙女。到了约好想见的日子，杨过在断肠崖前久等小龙女不来。

郭襄带着金轮国师赶往断肠崖，杨过心里明白小龙女很可能已经不在人世了，便决定跳下断肠崖自杀。

郭襄看到杨过要寻短见，心想着要劝服她，但是杨过心意已决，跳下了断肠崖，郭襄也紧跟着跳了下去。杨过看见郭襄，便设法将她救出了潭水，杨过对郭襄跟随自己表示很生气，郭襄说服杨过。

金轮国师眼见郭襄调下悬崖，心里十分难过。此时黄蓉一行人赶到断肠崖，金轮国师将郭襄的消息告知黄蓉，她心里难过不已。黄蓉出手和金轮国师打斗，瑛姑也加入其中，一灯大师觉察到郭襄可能并非是金轮国师推下悬崖的。周伯通和一灯大师联手对付金轮国师，杨过和郭襄在断肠崖底找寻小龙女，此时雕儿出现。

金轮国师眼见郭襄跳崖，便想要寻自尽，但是被周伯通制止。郭襄来到断肠崖上，乞求黄蓉下断肠崖救他。

杨过在断肠崖底发现蜂巢，希望小龙女就在此居住。杨过立马沉下寒潭，试图寻找小龙女。黄蓉率领众人下断肠崖找杨过，郭襄和金轮国师留在崖上。

经过商量，黄蓉也沉下寒潭找寻杨过。

金轮国师被周伯通点了穴道，他便请求郭襄将他解救。郭襄眼见金轮国师难受不已，她便出手放了金轮国师。

黄蓉潜上寒潭，众人纷纷询问潭底情况，黄蓉如实以告。黄蓉一行人来到断肠崖上，却发现金轮国师和郭襄都已经离开。

杨过在潭底发现了小龙女栽种的龙女花，发现小龙女原来就在此地。

杨过和小龙女两人聚首，相聊甚欢。

黄蓉因为十分担心郭襄，在饭馆里难以下咽。黄蓉回到襄阳，终于见到郭靖。黄药师询问郭靖关于蒙古军的情况，郭靖直言情况不容客观。

郭靖十分担心杨过的安危，此时蒙古使者来报，拿郭襄的性命威胁郭靖投降。但是郭靖大义在先，并不愿意投降。

黄蓉因为担心郭襄而落泪，郭靖看在眼里也十分无奈。金轮国师声称要放火烧死郭襄，以此威胁郭靖投降。

郭靖并不愿意投降，黄蓉哽咽落泪。金轮国师让郭襄劝郭靖投降，但是郭襄并不顺从。

郭靖坚决不投降，郭襄也大义凛然，准备慷慨就义之时，杨过小龙女赶到营救郭襄。杨过和金轮国师大打出手，金轮国师武力高强，杨过差点中招。

金轮国师出手救了郭襄，郭芙请求杨过救被敌人围困的耶律齐，杨过答应，郭芙向杨过为自己之前的不懂事道歉。杨过帮助郭靖杀了蒙古大汗，郭靖感激不已。蒙古大军撤退，郭靖去往华山祭拜洪七公。

洪七公和欧阳锋都葬在华山，杨过和小龙女祭拜欧阳锋。众人商量之下，重新定义了江湖五绝，杨过小龙女都名列其中。

但是杨过和小龙女根本就不在乎这些名利，只想要相伴到老。郭靖一行人要回襄阳，杨过和小龙女决定不回襄阳，而是携手共闯江湖。杨过和小龙女乘着神雕离去，郭襄心中万分不舍。

大结局。