丘处机将郭靖领到古墓外，对他讲起王重阳和林朝英的往事。当日王重阳因为抗金失利而不愿意接受林朝英的真情，林朝英只得和他拔剑相向。两人比试刻字，王重阳主动认输，将古墓让给了林朝英，自己则在外建了重阳宫。 

丘处机讲起小龙女和李莫愁习得了林朝英的武功，今日蒙古人就是来向小龙女求亲的。 志敬给霍都领路，霍都王子前往古墓，留下志敬一人在树林。

杨过和志敬两人在树林间追逐，碰到了前来的丘处机和郭靖。 丘处机询问蒙古人是够已经找到了古墓，杨过声称看见了。丘处机决定带着郭靖前去古墓保护小龙女，没想到蒙古人一行被玉蜂蛰得逃跑。

丘处机将杨过交给甄志丙培养，但是杨过竟然想要拜志敬为师。杨过抓住了志敬的把柄，志敬也只得乖乖听他的吩咐。杨过察觉到志敬只教授他口诀，但是并没有教授他招式。为了报复赵志敬，杨过设计在志敬房间捣乱。 

志敬和杨过两人大打出手，正在志敬出手打杨过之际，丘处机在一旁看到。丘处机立马过来责备赵志敬，赵志敬百口莫辩。赵志敬请杨过吃饭，赵志敬假装两人和好，决定从明日开始好好教授杨过武功。志敬告诫杨过千万不要去山顶，杨过道听途说山顶有奇花异草，便决定去山顶一看。没想到山顶上丘处机正在独自练功，杨过大叫扰了丘处机的清修。 丘处机责罚杨过，志敬假惺惺替杨过求情。

志敬对杨过讲起现在全真教里的内斗，说服杨过帮他。杨过听了志敬的话，夜间独自一人在后山练蛤蟆功。志敬立马将此事禀告了丘处机，丘处机命志敬将杨过带回。 

杨过知道是志敬陷害了自己后，发功击退全真教。在全真教的追逐下，杨过闯进了古墓。孙婆婆放出毒蜂赶走了全真教，杨过在孙婆婆的救治下醒了过来。

杨过初见小龙女，便被她的气质深深吸引。小龙女询问杨过为何会闯进古墓，杨过便将事情原委告知。孙婆婆乞求小龙女将杨过留在古墓，但是小龙女并不答应。孙婆婆将杨过送出古墓，碰到全真教来要解药，孙婆婆和全真教动手起来。此时丘处机赶到打败了孙婆婆，孙婆婆临死前将杨过托付给前来的小龙女。

小龙女答应照顾杨过，孙婆婆去世。 丘处机为此自责不已，小龙女出手替孙婆婆报仇。小龙女将杨过带回古墓，杨过为孙婆婆的死伤心不已。

小龙女和杨过将孙婆婆下葬后，小龙女让杨过一人独处。杨过在古墓里四处晃荡，看到古墓里的金银财宝爱不释手，不小心掉到了古墓的陷阱里。小龙女惩罚杨过，将他关在笼子里反省。 

小龙女前来释放杨过，杨过想要离开古墓，小龙女百般阻拦。在杨过离开古墓后，竟然在古墓外碰到了黑豹。正在杨过命悬一线之际，小龙女赶到救了他。 

小龙女受伤，杨过心疼不已。眼见小龙女对自己这般好，杨过立马抱住她，但是却被小龙女推开。小龙女告知杨过进了古墓就要一生一世留在古墓，杨过答应。杨过拜小龙女为师，并决定日后叫小龙女为姑姑。

小龙女带杨过到自己的石室，安排他睡在冰床上。小龙女睡在绳子上，告诉杨过寒玉床可以帮他修炼内功。

小龙女带杨过到山上练习抓蝴蝶，不一会儿杨过肚子饿。小龙女告知自从孙婆婆离开后就没人做饭，杨过立马回去给小龙女做饭。小龙女提到要去给赵志敬送玉峰浆解毒，两人来到全真教，杨过将解药给了志敬。甄志丙看见小龙女，想要上前搭话。志敬心里对杨过生气不已，出手和杨过打了起来。在小龙女的指导下，杨过一招制胜。全真教继续追杀小龙女和杨过，两人便飞离了终南山。

小龙女回到古墓继续教授杨过武功，她命令杨过回到山后抓蝴蝶。杨过功力不够，只有每天都反复练习抓蝴蝶。

时光飞逝，四年过去，杨过已经长大成人。杨过为了庆祝入门第四年，抓了很多蝴蝶回古墓。

杨过想要继续精进武功，小龙女便将他带进之前王重阳练功的石室。小龙女提到玉女心经需要两人合全真教之力才能练成，杨过将之前在赵志敬处习得的全真剑法口诀传给小龙女。后来两人齐心合力，一起习得了全真剑法。

但是练习玉女心经需要两人赤身相对，杨过便将小龙女拉到后山练功。 赵志敬陷害甄志丙，将他推到正在练功紧要关头的小龙女身边。小龙女元气大伤，杨过要杀了甄志丙。小龙女放过了甄志丙，杨过赶紧将小龙女抱回古墓疗伤。 

小龙女轻生，想要杀了杨过。杨过为了救小龙女，急忙去古墓外找草药。傻姑为了瞒着李莫愁成亲，便假装自杀。李莫愁识破了傻姑的伎俩，带着傻姑一起回赤霞庄。

杨过带着药回古墓，途中碰到了傻姑。傻姑逼迫杨过带路去终南山，杨过装疯卖傻带着傻姑到了古墓。傻姑进了古墓找小龙女要玉女心经，小龙女赶傻姑出古墓。此时李莫愁正好赶到古墓，发现杨过也在古墓里。小龙女和杨过设计困住了李莫愁和傻姑。

小龙女危在旦夕，杨过将自己的血喂给小龙女。小龙女意识到此次恐怕在劫难逃，想要牺牲自己助杨过离开。杨过想要和小龙女一同离开，但是小龙女坚持要留在古墓。 

小龙女告知李莫愁古墓的门已经永远关上，李莫愁要出手杀了小龙女，杨过替小龙女挡剑，李莫愁感动不已。小龙女和杨过互诉衷肠， 李莫愁闯进来要玉女心经，但是李莫愁不是小龙女对手。 

小龙女元气大伤，便和杨过一起睡到石棺里。两人在石棺的盖上发现王重阳留下的字迹。小龙女和杨过一同往王重阳留下的另一间密室，发现了九阴真经和古墓的出路。 

李莫愁拿杨过威胁小龙女说出古墓的出路，小龙女设法解了杨过的穴。 杨过和小龙女一同沉到水下，准备离开古墓。

杨过和小龙女离开了古墓，在古墓外面过上了二人世界。杨过和小龙女两人练成了玉女心经，杨过想要带小龙女下山，但是小龙女想要回到古墓继续修炼武功。 

杨过练成了王重阳的九阴真经，还意外发现了林朝英给王重阳的刺绣和王重阳写给她的亲笔信。王重阳为了心中的抗金热血，当初不得不拒绝林朝英的爱意。 后来王重阳为了为了见到林朝英，便借比武之名为借口。最后王重阳向林朝英道歉，但是林朝英已经不在人世了。 

杨过和小龙女两人一同修炼武功。杨过将小龙女带到山下，从来没有出过古墓的小龙女对外面的一切都感到陌生。杨过给小龙女挑衣服和饰品，但是小龙女并不喜欢。

杨过外出给小龙女买烤红薯，小龙女找不到他十分着急。小龙女和外面的世界格格不入，看到杨过对山下的生活这么留恋，便想要一直留在山上，后来小龙女意识到自己可能困住了杨过。

甄志丙练剑之时想到了小龙女，便脱了衣服下水，赵志敬偷偷换了甄志丙的衣服。赵志敬趁机在全真教煽风点火，激起大家对甄志丙的怨气。 

丘处机责问甄志丙，询问赵志敬的看法。赵志敬怂恿丘处机责罚甄志丙，但是丘处机深知甄志丙为人。丘处机突然咳血，甄志丙十分担心。赵志敬得知丘处机的病况，便赶紧劝志丙早日成家立业。

杨过心里想着下棋，小龙女担心杨过将来会抛弃自己。两人大吵一架，最后小龙女赶他离开，杨过一气之下离开了小龙女。 

小龙女救了摘桔子的老人，看见这对夫妇两人相互包容，心里惦记着杨过。小龙女四处游荡，被妓院的妈妈看中。经过的甄志丙看到小龙女被老鸨带进妓院，心急地想要进去救她，但是被同门的徒弟阻拦。 小龙女被下了迷魂药，晕倒在妓院。甄志丙不愿袖手旁观，便回到妓院救小龙女。此时赵志敬趁人之危，陷害了甄志丙。 

老鸨正在妓院里拍卖小龙女，甄志丙进来带走了小龙女。甄志丙照顾小龙女，小龙女向甄志丙诉说和杨过之间的分歧。甄志丙自告奋勇教小龙女下棋，小龙女学会之后赶忙下山找杨过。 甄志丙和小龙女在一起十分开心，杨过正在山下和人下棋。杨过反省自己立马上山找小龙女，两人和好如初。

甄志丙回到全真教，赵志敬抓住他去妓院的把柄，押住了甄志丙。甄志丙被带回终南山关了起来，甄志丙想起和小龙女今天要下棋的约定，便想要赶紧逃出去见小龙女，他的徒弟再三阻拦，他还是跑了出去。 

杨过和小龙女在山上亲亲我我，这一切被甄志丙看在眼里，甄志丙便知难而退。正好碰到前来捉拿甄志丙的赵志敬，赵志敬斥责甄志丙畏罪潜逃，要杀了他，此时欧阳锋突然出现击退了赵志敬。有人来告丘处机已经仙游，一心想着掌教位置的赵志敬立马赶回全真教。

赵志敬以为丘处机已经去世，便将自己一直以来的心里话都说了出来。谁知丘处机只是为了试探他装死，赵志敬求饶。 

丘处机惩罚赵志敬，并属意将掌教之位传给甄志丙。赵志敬为了报仇在甄志丙的酒里下了春药，赵志敬便去找小龙女。

欧阳锋找到杨过，将他拉到一边教授他蛤蟆功和九阴真经。赵志敬趁虚而入非礼了小龙女，小龙女以为是杨过。 

小龙女提出要和杨过成亲，但是杨过表示自己从未这样想过。小龙女以为杨过不想对自己负责，伤心吐血，和杨过恩断义绝。 

杨过四处寻找小龙女，途中遇到和全真教打斗的陆无双。杨过出手救了陆无双，陆无双要求杨过背她去集市。杨过缠着陆无双，两人被丐帮跟踪。

杨过和陆无双打闹，全真教道长过来打晕了陆无双。杨过救下陆无双，正好李莫愁过来找到陆无双。杨过设计带走了陆无双，从陆无双手上得到了五毒密传。

杨过带陆无双去江南，陆无双喜欢上了杨过。

杨过和陆无双来到了江南，住在客栈里，俩人假装是夫妻。全真教道士来追杀陆无双，杨过和陆无双整了他们一顿。李莫愁追来要《五毒密传》，杨过和陆无双设法躲过了李莫愁的追杀。 

为了继续躲避李莫愁的追杀，杨过和陆无双躲到了耶律府。耶律楚材收留了两人，杨过发现有人刺杀耶律楚材，原来此人是完颜萍。完颜萍为了报杀父之仇，耶律齐赶紧替父亲阻止了完颜萍。

完颜萍已经多次刺杀耶律楚材，但是最后都未得手。耶律齐提到日后完颜萍可以找自己报仇，完颜萍答应之后离开。

杨过料到完颜萍会自杀，便立马前去劝慰，并告知了完颜萍可以一招制胜耶律齐。

完颜萍使用杨过教授的招式胜了耶律齐，但是却心慈手软放过了他。杨过看到完颜萍心地善良，两人互生好感，亲了完颜萍的眼睛。

此时程英赶到，告知杨过陆无双已经被李莫愁抓走，陆无双骗李莫愁《五毒密传》在丐帮的手里。杨过和程英一行人准备营救陆无双，李莫愁约丐帮在茶楼见面。

李莫愁带着陆无双出现，正好耶律齐兄妹也在现场。杨过和李莫愁打了起来，大家纷纷加入助杨过一臂之力。正在混战之时，郭芙出现，李莫愁惧怕郭靖和黄蓉，便立马离开。 

郭芙看到杨过十分开心，大武小武吃杨过的醋，便处处刁难杨过，好在有耶律齐解围。

大武小武劝杨过回桃花岛，但是杨过并不愿意回去。杨过隔夜离开了下榻的客栈，陆无双去找他，发现他已经离开。陆无双质问大武小武，郭芙也好奇杨过的去处。