在实战演习中，虽然杨灿的行为解救了人质，但由于他私自行动，违反了纪律，常健安还是给杨灿记了一个处分。
黑日组织的一号头目山猫在摄像机面前，残忍地杀害了一名国际刑警。由于反恐特战队的参与，化工厂爆炸计划和军火交易行动均遭失败，这激怒了山猫。他决心亲自带领七十多个在基地秘密受训的雇佣军，入境制造一起恐怖事件。
陆长风亲自把“神鹰特战队”的旗帜交给那敏，让她当代理队长。队员们都在议论，以后谁会是队长。
常健安收到在黑日组织的卧底飓风的情报，设计了代号为龙卷风的作战方案。雪狼特战队负责拦截恐怖组织车辆，新成立的神鹰特战队负责实施空中打击，支援雪狼特战队。
山猫在快入境时，突然决定改变路线，转向045号入境口。由于地形复杂，雪狼特战队只得徒步前往目地的，拦截恐怖组织车辆的任务就只有交给神鹰特战队。
山猫带领的车队刚入境，就发现中了反恐特战队的埋伏，他发现坐在身边的飓风是特战队的卧底，在打斗中，飓风受伤晕了过去。双方发生了激烈的枪战，山猫见形势不对，命属下开车逃回边境。杨灿见山猫要逃走，不听那敏的命令，果断地架驶飞机，冒着危险追踪山猫的车辆。这时雪狼特战队赶到，那敏把围剿剩余恐怖分子的任务交给塔西，也开车去追捕山猫。
在一座废弃的房子里，山猫用枪顶着代号飓风——特战队员厉剑峰的头，要杨灿和那敏放下枪。厉剑峰用队长的口吻，要那敏和杨灿服从命令开枪。杨灿却向那敏施暗号，要那敏一起把枪放下。山猫准备带厉剑峰逃走时，发现杨灿手中拿着炸弹的遥控器。原来，杨灿在进来之间，在门口布置了炸药。杨灿问山猫是想同归于尽还是自首，在山猫犹豫的瞬间，杨灿夺下了山猫手中的枪。
黑日组织一号人物山猫被捕，二号人物格尔特暴怒不止，发誓要报仇。他得知出卖山猫的人是特战队成员厉剑峰，三年前伪装成被中国政府通辑的逃犯进入基地的。
那敏和厉剑峰两位曾经的恋人分别多年后，以这样的方式重逢，那敏心中的疑问这才解开，眼泪忍不住流了下来。
在龙卷风行动中成功抓捕了山猫，常健安给神鹰特战队颁布集体二等功。杨灿临危不乱，救出卧底人员，抓捕山猫，获得个人二等功一次。但他擅自离队行动，又记一次大过，功过相抵。杨灿不同意功过相抵，要求分开算，向常健安讨要功章。