虬髯客、红拂和李靖被称为"风尘三侠",瓦岗军日益壮大.李靖的赤子之心令红拂动容和担忧,而虬髯客也担心李靖的妇人之心会让他面临危险.程咬金独思平阳之际,突然,一个蒙面人闪过,咬金不敌黑衣人.虬髯客认出咬金的伤是李密的火阴爪,原来李密同李建成定下夺取瓦岗寨,以陷害李世民.

平阳认为李唐不该用李密这种小人.李建成为陷害李世民,让世民攻打瓦岗.平阳私自欲调兵支援李世民.李密为讨好平阳,拨出一队士兵跟平阳去瓦岗寨.李建成手下尉迟恭想陷害世民,却不忍下手.李靖帮世民抵抗尉迟恭.刘文军被瓦岗军所抓,而平阳躲过此劫.李密偷袭瓦岗寨,再此挟持花夫人.李密点破虬蚺客对红拂有私情,花夫人半信半疑.

李靖和李世民返回瓦岗寨,途中却被王世充的大将秦琼所俘.独孤城将体内的牛毛针逼出,离开地宫去找红拂.独孤城决定用生命仅剩的7天时间,带给红拂新的人生.花夫人看出虬蚺客与红拂绝非兄妹之情.红拂告诉虬蚺客两人只有兄妹之情.王世充要杀李靖和李世民,被手下谋臣魏征劝阻.李靖和李世民建立了生死交情.红拂不告而别,却在三山下和独孤城相遇.被其虏走.李密强暴了平阳.

见妹妹受到如此的侮辱,李世民发誓定要夺得权利.红拂的离开使虬蚺客清醒了.他率兵营救李靖,杀死王世充.花夫人为救虬蚺客,死去.牢观之役损失惨重,唯一的收获是使得李靖 虬蚺客李世民三人成为并肩战友.世民邀李靖协助自己打天下,而李靖要先去找红拂.魏征和秦琼投奔世民门下.花夫人的死令虬蚺客万念俱灰,将瓦岗军中事务交给李靖处理,致使军中事务一团乱.程咬金催促虬蚺客出面给三十六路烟尘一个交代.

独孤城给红拂吃了一中药物,使其记忆回到天真无邪的童年.红拂失忆,跟随独孤城返回家乡.独孤城向红拂讲述自己的过往.天真的红拂认为独孤城是自己的爱人.李靖思念红拂,夜不能寐.三十六路烟尘与个路好汉齐集瓦岗寨.在众人的拥护下,虬蚺客硬着头皮接受了盟主之职.虬蚺客将瓦岗军的大权交给李靖,打算带着花夫人的遗体,返回故乡安葬.

三十六路烟尘打算拥戴虬蚺客称帝,未果.李靖对义军绝望.虬蚺客也看出李靖无法在瓦岗施展抱负,让他投奔李世民.李靖点头.红拂越来越依赖独孤城.而时日不多的独孤城开始担心红拂的未来该怎么办.虬蚺客执意退隐江湖,临走前将一张藏宝图交给李靖,并让李靖转告李世民,他会杀了杨素,助世民平定天下.李密施计重新夺权.李靖和程咬金性命危机,李靖和程咬金逃出瓦岗后,与平阳不期而遇.