日本平户，怀有身孕的翁子被掺扶上一艘日本商船，她要在孩子出世之前赶回中国，回到丈夫郑芝龙身边。风浪中，孩子出生了，是个男孩，4个男仆都不会接生，他们望着眼前的情景不知所措，翁子咬断孩子的脐带，孩子大哭。这时风平浪静，天空出现吉祥的彩云，落日将海天染得血红一片。

5岁的郑森被父亲在海中摔打，海盗出身的父亲郑芝龙用异乎寻常的方法训练郑森，一心想把儿子培养成像自己一样坚毅果敢的人。

16年后，21岁的郑森已是南京国子监的学生，这时的南京已是清兵压境，危机四伏。

一日，郑森的堂哥，掌管郑芝龙家族"五大商行"的郑泰来南京结款，准备顺便带郑森离开南京返回福建。闹市中，自清兵入关便闭户不出的秦淮艺妓柳圆圆竞价买身，为抗清义士黄梧筹款，一时间南京城的王孙贵族、商贾巨富争相目睹柳圆圆的芳容。

郑森为支持黄言北上抗清，不顾郑泰劝阻，以五千两黄金打动了柳圆圆，郑泰大为光火，兄弟俩发生了激烈的争吵。

当夜，郑森婉拒以身相许的柳圆圆，柳圆圆以一曲《梅花操》答谢郑森。在柳圆圆的引见下，郑森见到了抗清义士黄梧，但黄梧心胸狭隘对郑森很不友好。

仙霞关，郑森巧遇逃亡之中的唐王朱聿健，神秘莫测的唐王说郑森不是凡人，将会承担起弘复天道的重任，郑森虽然没有看见唐王的面容，但暗夜之中朱聿健头顶漂浮的彩云吸引了郑森的灵魂。

清兵包围了客栈，郑森为救唐王身陷绝境，丐帮帮主陈永华从天而降，率弟子救了郑森和唐王。

郑森感激陈永华，他见陈永华非凡俗之胎，必须成就大业，希望陈永华相助。陈永华说大明、满清都不容丐帮，只要郑森能接纳，愿以死相随共谋大业。郑森与陈永华引为知己，陈永华叮嘱郑森，必须马上回去搬救兵，因为此时只有你父亲郑芝龙能挡住清兵，一旦仙霞关被破，八闽就完了。

海边，郑森飞马赶到，三叔郑芝魁告诉他郑芝龙正在台湾与荷兰人谈判，现在风急浪高，没有郑芝龙的命令谁也不能动兵船。郑森说我已不是凡人，有没有船我都要去台湾找父亲。随即他就跳进海里，郑芝魁见状连忙就救起侄儿，给了他一艘兵船。年少的郑森一到台湾港口岸边，即被荷兰士兵团团围住。

郑芝龙此行的目的是筹集粮饷，但留守在台湾的将军郭怀一告诉他如今的台湾快要成为荷兰人的天下了。郑芝龙想灭灭荷兰人的威风，他拔箭射落荷兰国旗。

郑森刚到台湾便与荷兰军官瞄难实丁发生冲突，但却博得了卡麦长老的女儿凯茵和高山族青年阿甘的好感。

郑芝龙却因儿子将五千两黄金赠与艺妓而欲惩罚郑森，准备让镇台将军郭怀一把他在台湾关五年。郑森告诉父亲唐王欲以福建为基地抗击满清，郑芝龙盘算五千两黄金换个太师当当也是个划算的买卖。郑森请求代父与荷兰人谈判将功补过。

台湾总督助理揆一在通事何斌的陪同下参加了谈判，郑森表现出大智大勇震动了揆一也颇得了父亲的赏识，揆一向郑芝龙保证不侵犯郑家在台湾的利益并如期交纳税金。

一六四五年八月，郑芝龙在福州拥立唐王，改年号隆武。在雨夜举行的大典上，隆武帝赐封郑森为国姓爷，从此改名郑成功。与在仙霞关一样，郑成功看见的只是皇帝巨大的背影，但这一刻在大殿，霞光万道，天上又出现了绮丽的彩云。朝臣震惊。

大将军杨旭将郑成功的母亲翁氏从日本接了回来，久别的母子相间，悲欣交集。

仙霞关局势愈加危机，一日九匹快马急报求援，可郑芝龙就是拥兵不发。早朝时，老臣子沈佺期和郑芝龙急了，不惜以死相逼。大殿上，有的掩面涕泪横流，有的自尽血肉横飞，郑芝龙依然不为所动，他说江山姓朱不姓郑，朝廷也不能靠他一个人来支撑。精心策划的"死谏"破产了。阴影中的隆武帝见大势以去，长叹一声，黯然退朝。

夜晚，隆武帝让沈佺期密召郑成功进殿，吩咐郑成功前往仙霞关控制兵权，十天之后，隆武亲赴仙霞关率师北伐。隆武帝将先帝用过的宝剑赐给郑成功，郑成功激动得不能自持。

郑成功请兵仙霞关遭到郑芝龙的反对，郑芝龙想尽办法死活不给兵，郑成功手持隆武帝所赐的宝剑说自己是国姓爷，天降大任。郑芝龙见执拗不过儿子，便象征性地拨了两千兵马随他折腾。

翁氏并不希望自己的儿子去仙霞关冒险，但她也知道男儿必须成就大业，便将自己亲手绣成的红绣锦系在郑成功脖子上，洒泪送儿子出兵仙霞关。

清朝大学士叶成海奉旨秘密前往福建招降郑芝龙。

叶成海说不愿意看见一代英雄混迹荒海孤岛才说服了皇上招降的。郑芝龙狮子大开口，在纸上开出了与清廷划江而治的天价。叶成海说谈判最必须的就是现实与诚意，他有耐心等郑芝龙。

丐帮舵主陈永华赶往仙霞关将郑芝龙准备降清之事告诉郑成功，并和郑成功商议杀了叶成海，阻止太师降清。

刺杀行动中，眼看叶成海性命难保，却被郑芝龙派人暗中相救。

在台湾，荷兰人一心想锄掉郑芝龙的手下郭怀一。一天夜里，在一次强盗打劫中，将军府内的镇台之宝-西周宝印被盗。

在第二天郭怀一同西班牙人交易的货物里，汉印被查了出来，西班牙商人被瞄难实丁当场杀死，郭怀一有口难辩，郭怀一被荷兰人逮捕。

郭怀一从荷兰人的看管下逃了出来，但却遭到同胞们的误解，满怀冤屈无处诉说，郭怀一愤然投海。

叶成海逃脱一劫，郑成功心有不甘，在陈永华的帮助下，郑成功前去截营。偷袭虽然成功却并没有抓住叶成海，反而在撤退中遭到清兵包围，郑芝魁赶到救出了郑成功，但郑成功自己带去的两千兵马却全折在里边。

仙霞关出现粮荒，郑成功前往福州催粮。郑芝龙假装卧病在床，郑芝龙授意儿媳董氏写信，称郑成功生母翁氏生病为由将郑成功骗回老家安平。

当杨旭准备运送粮草前往仙霞关时，遭到了太师郑芝龙的阻止。

十日已到，隆武帝拼凑的兵马在向仙霞关进发与郑成功回合，在途中却遇见了弃关南撤的郑芝魁，无奈之中，顽强的隆武帝决心以卵击石，率500亲兵攻打南京。

郑成功正要赶往福州时，福州已经失陷，他遇见了从仙霞关撤回来的郑芝魁，郑成功怒斥郑芝魁，郑芝魁辩解说早已弹尽粮绝不得不撤，郑成功找到负责向仙霞关运送粮草的杨旭，他抽了杨旭一顿马鞭。杨旭忍辱负重，没有做丝毫辩解。

回到安平老家，郑成功发现母亲并没有生病，便动用家法打了董夫人。母亲代儿媳受过，并教诲儿子，应该打敌人而不是打妻子。郑成功向董夫人道歉，董夫人说为人之妻受点委屈不算什么。

翁子将一个小木偶交给儿媳，她说这个木偶代表了为人之妻的高尚品格，就是宽厚、谦让、识大体，应该跟随丈夫的意志，帮助丈夫成就大业。董夫人感动地泣不成声，保证让婆婆放心。

当得知隆武帝带着亲兵前去北伐，郑成功感到凶多吉少，他又一次向父亲请兵，并劝父亲不要做不忠之臣。郑芝龙怒不可遏，痛骂郑成功，郑芝龙说满清十万军队围攻福建，与其以卵击石，不如退守闽南，以保存实力。说如果国姓爷要想尽忠请便，但一兵一马也不可能带走。

郑成功得知杨旭没有向仙霞关送粮草其实也是不得已后非常内疚，他在小酒馆里找到杨旭，真诚地向杨旭道歉，并认识到自己的不成熟。

杨旭没有多言，他将郑成功带到隆武帝赐封国姓的大殿，郑成功又一次见到了绚丽的霞光云彩。仿佛又见到隆武帝。

赶走了西班牙人，清除了郭怀一，揆一开始在台湾进行文化殖民，他建教堂盖学校，还把对中国文化有浓厚兴趣的妹妹琳达从巴达维亚接来台湾。琳达对中国的古琴产生兴趣，何斌答应教她古琴。揆一告诉妹妹，对野蛮人不能单靠武力征服，而是要用西方文明对他们进行启蒙。

在揆一的策划下，瞄难实丁中校让贝德尔收买了郭怀一的副手，高山族人阿让。

郑成功决定召集军中忠义之士，北上护驾，但被郑芝龙下令禁止。

叶成海带来了洪承畴的亲笔信，并说朝廷许诺只要郑芝龙归顺朝廷，全家封官进爵，郑芝龙册封为王。虽然杨旭提醒郑芝龙前往福州接受册封会有危险，但郑芝龙根本没有把清兵放在眼里，他让水师驻扎在闽江口，自己带了四千精兵前往福州接受册封，说一旦发现清兵不老实，郑家大军就踏平福州。

郑芝龙决意要带全家去福州接受册封，他说，郑家称霸海上数十年，现在缺的就是进爵封王。郑成功说接受清廷的册封便是不忠，郑成功说自己的大明的忠臣，郑芝龙大骂儿子首先是个逆子。翁子也反对去福州，她担心清廷耍诡计。临行前，他将半条金龙交给郑泰，吩咐道日后如见另一半金龙就如见他。

郑芝龙令杨旭绑了郑成功前往福州，郑成功持刀抢出了母亲。

渡口，陈永华前来接应，郑成功正要上船时却遭到杨旭的拦截。陈永华说，太师此番进福州，吉凶未卜，要是国姓爷一齐跟去，恐怕父子都会落入满清设下的陷阱。杨旭放了郑成功。

郑成功托付陈永华将母亲送回家中与董夫人和郑经做伴，自己登上渡船北上寻找隆武帝去了。

郑芝龙无奈，只好带上小儿子郑渡去了福州。

郭怀一投海自尽被老渔民救起，他辗转来到安平，才得知郑芝龙已经去了福州接受册封。

郑芝龙虽然带了部分兵马前往福州，但却命令船队驻扎在闽江口，郑芝龙吩咐刚刚从江西回来的郑芝魁，没有他的手谕，谁也不能轻举妄动。

福建总兵李率泰一心想向朝廷立功，他甚至瞒住了叶成海，密令部将马得功暗中部署准备劫持郑芝龙前往北京。

仙霞关，郑成功找得筋疲力尽也没有得到丝毫有关隆武帝的音信，郑成功来带到了一座破庙里，里边的老和尚竟然是礼部尚书沈佺期。问起隆武帝的下落，沈佺期潸然泪下，他说隆武帝被蒙面歹徒所害。这个消息对郑成功犹如晴天霹雳一般。

沈佺期拿出隆武帝生前留下的玉玺，说隆武帝临终前下旨封郑成功为招讨大将军，统领各路兵马。

心情悲痛的郑成功告别沈佺期返回闽南，途中，他遇见了兵败南撤的黄梧和柳圆圆。

柳圆圆见到郑成功欣喜万分，黄梧却心生醋意。郑成功诚心邀请黄梧和自己回福建，等有了隆武帝的音信再做打算，黄梧讥笑郑成功，说隆武帝是个废物，还不如和自己一起拥戴鲁王。

郑成功揪着黄梧来到隆武帝站过的山上，他想让黄梧见识那片绚丽的彩云，结果却什么都没有。

黄梧不愿随郑成功南下，柳圆圆却意志坚定，她说黄梧不去自己也要去，黄梧无奈，只好跟随郑成功返回了福建。

郑成功回到老家，陈永华来见郑成功，告诉他李率泰正在密谋挟持郑芝龙上北京，郑成功说自己手中无一兵一卒，怎么救父亲？

陈永华带郑成功去桥头，陈永华一声口哨，海水中竟然齐刷刷地走上来百余个大汉。陈永华告诉郑成功，这些都是为国姓爷招募的义士。

郑成功身着银色铠甲率领大家来到文庙，他将儒装扔进火炉，陈永华和义士们纷纷效仿，烈火熊熊，群情激昂。

码头上，将要升任台湾总督的揆一正在欢迎从荷兰本土远道而来的牧师，他希望牧师将上帝的福音传遍台湾的山山水水。

揆一的妹妹琳达在外出时被蛇咬了，情急之中，高山族卡麦长老的女儿凯茵救了琳达。她为琳达吸去了毒血，琳达有些担心，凯茵说我从小和这些蛇在一起，我比它们还要毒。琳达心存感激，想与凯茵做姐妹，凯茵说，按我们高山族的风俗，我的身体有你的血，我们就是姐妹了。

琳达带凯茵来到总督府，她把自己的救命恩人凯茵介绍给马上就要正式就任总督的哥哥揆一，揆一知道凯茵是卡麦长老的女儿便格外热情。充满野性的山地姑娘凯茵使得揆一双眼为之一亮，而凯茵也对风度翩翩的揆一颇有好感。

郑成功和陈永华带着义士们赶到闽江口，郑芝魁却因为没有太师手谕不敢发兵，陈永华劝郑成功放弃营救，郑成功说誓死也要救出父亲。