揆一让士兵装扮海盗打劫郑成功的商船队失败了，他又开始强化收税，台湾高山族百姓再也无法忍受荷兰人的欺负，到处怨声载道，郭怀一等人准备到大陆找郑成功，商讨驱逐荷夷的对策。

郑成功的水师队伍日益壮大，揆一也抓紧时间在台湾建造赤嵌城，揆一说：今后赤嵌城和热兰遮城遥遥相对，扼守住台湾西海岸的要冲，整个台湾岛是固若金汤。郑成功坚决表示，总有一天要挥师东进，驱逐荷夷。

描南实丁已经升为赤嵌城的司令了，他听说琳达在大陆，心里无比烦恼。

瞄难实丁在恼怒中率领士兵前去收租，不料却打伤了一位卡麦长老。愤怒中的阿甘率领一大群山民拿着武器冲出往赤嵌城。

红毛鬼架好火炮正要对山民轰击时，凯茵拽着何斌跑上城头，揆一也赶来了，他拦住了炮手。在郭怀一的劝阻下，山民们也撤了回去。

揆一痛骂瞄难实丁惹出了大麻烦，凯茵持刀冲进来砍伤了瞄南实丁，揆一冲上前抽了凯茵一个巴掌，大骂你这个野蛮人，凯茵捂着脸跑掉了。

揆一竟然当着卡麦的面赞扬郭怀一为平息了一场骚乱所做的贡献，在如何处置瞄难实丁的事情谈蹦后，卡麦对郭怀一心有不满。

揆一来到山寨找凯茵，他说自己不但要向凯茵道歉，还要向山民们道歉。阿甘的出现让场面又紧张起来。

郭怀一正在秘密筹划起义，他给荷兰人发来请帖，请他们在中秋节之夜光临篝火晚会。揆一说应该趁此机会，与中国人和山民加强感情的联络。郭怀一见揆一中计，便打算立即渡海去厦门，寻求郑成功的支援。

郑成功听了郭怀一的陈述，他认为此时起义时机不成熟，但郭怀一却认为已经万事具备，他说既然国姓爷有困难，那就自己干了。郭怀一冒雨赶回了台湾。

台湾城的教堂里，阿让对神甫忏悔，他说出了起义的计划。

在揆一前往山寨的路上，神甫追上了揆一。

七星大旗迎风招展，郭怀一挥舞着利剑带领大家盟誓，凯茵赶来劝阻被卡麦轰走。起义大军被打垮了，荷兰人开始了疯狂的杀戮。

凯茵亲眼看见自己的父亲惨遭不幸，她扑上去撕打揆一，瞄难实丁要向凯茵开枪，被揆一制止了。郭怀一和凯茵分别被关在了赤嵌城和热兰遮城堡。

消息传到厦门，郑成功非常难过，他感叹郭怀一为什么不听自己的话。

琳达听说台湾发生了大屠杀，她有些不相信，连夜赶回台湾。

清将马信在高坡上指挥，他见郑成功行兵布阵独特老道心中暗自折服，马信决定率兵投诚。

马信对当年自己无法阻止清将凌辱翁氏身深感愧疚，想起往事，郑成功泪如泉涌，他发誓一定要杀了李率泰、马得功为母亲报仇。

演武场，马信让正在演练郑家军，在真刀、真枪的较量中有些士兵流露出胆怯的神情，郑成功让手下打制一批铁甲，让士兵把眼睛蒙上，钻进铁甲中，用心去感受，用双手去杀敌，这将是战无不胜的铁人军。郑成功说蒙上眼睛就没有了心肝，无心无肝也就无所惧怕了。

郑成功恼怒之下竟要发兵台湾，他说不亲手杀死荷夷，怎么向天下人交代。沈全期赶来，他说不要只记得报一时之仇，却忘记了复根本之恨，在意天下的看法其实是在意自己的名声。

回到热兰遮，琳达同揆一发生了激烈的争吵，她说哥哥正从一个文明人变成了禽兽，这一切都是因为我们荷兰人霸占了别人的家园。揆一气恼地灌了一大瓶酒睡着了。

琳达偷偷地换了哥哥的衣服溜进牢房，喝的醉醺醺的狱卒以为的揆一来了连忙敬礼，琳达趁机救出了凯茵。

凯茵连琳达也不信任了，琳达说你是我妹妹，凯茵说可你哥哥是我的仇人。

凯茵坚持要救郭怀一，琳达又冒险潜入热兰遮城堡救出了郭怀一。

凯茵和郭怀一在山洞里找到了阿甘，阿甘表示愿组织山民，誓死相随。

篝火旁，凯茵宣布自己接任父亲卡麦担任女酋长，向红毛讨还血债。

跑了郭怀一，瞄难实丁觉得无法交代，何斌生出一计，让他找个和郭怀一长得相似的老囚犯宰了就是了。瞄难实丁觉得这不是个好主意，但又没有更好的办法。

揆一醒来，想去牢房里看看凯茵，却发现凯茵早已跑掉，狱卒说了总督大人自己将凯茵带跑的，揆一气恼地开枪毙了狱卒。

揆一明白了这是妹妹琳达干的。等他赶回房间去，琳达已经在逃往厦门的船上了。

琳达见到郑成功，她百感交集紧紧地抱住郑成功痛哭起来，说真对不起那些无辜的山民。郑成功有些不解，说屠杀是揆一干的，你是一个荷兰平民，没有你的责任的。

董夫人劝慰琳达，琳达说命运在作弄自己，自己是得不到郑成功的爱的，董夫人安慰她说一个茶壶可以配好几个茶杯。

琳达问郑成功，中国这么大，你为何总念念不忘一个台湾？郑成功说台湾是中国的领土。琳达说你应该念念不忘我，郑成功说会的，我会记住你头顶的彩云。

揆一镇压了起义，进行了大屠杀，但他反而象得了一场重病一样，感到自己在台湾的辛苦努力化做了泡影。揆一去见神甫，他说失败的其实是我们荷兰人。

瞄难实丁和贝德尔倒觉得自在的多了，他们可以肆意进行屠杀。何斌劝说，若台湾成为一片焦土的荒岛，我们收不到税，做不了生意，那来这里还有什么意义？

山洞里，郭怀一痛心疾首地告诉凯茵，再也不能卤莽行事了，要想对抗荷兰人，必须要有国姓爷的帮助。揆一让人捎信来，他想打听妹妹琳达的下落，并说自己在内心已经深深忏悔，希望得到凯茵的原谅，回到台湾城。郭怀一对她说，人和狼是不可能相处的。凯茵说我已经看透了红毛，阿玛的仇一定要报。

金色的海滩，郑成功和琳达骑着两匹白马在海上奔跑嬉戏，琳达告诉郑成功爱情应该没有国界，自己就是为爱而生。郑成功说爱情没有国界，但领土是必须有国界的。

两人回来时，面对董夫人，郑成功有些尴尬，董夫人却装着没事的样子。

董夫人让琳达和全家一起吃晚饭，童言无忌，郑经说琳达是个鬼。郑成功训斥儿子，并告诫他好好读书，将来做个堂堂正正的大丈夫。

荷兰人错误地估计了形势，他们加紧了对郑家商船的拦截，郑成正式颁布禁海令断绝与台湾和巴达维亚的贸易往来。

山涧溪水旁，郑成功和琳达遇见陈永华，陈永华提醒郑成功，说琳达来历不明，谁敢说她就不会是个奸细，荷兰人是我们的敌人，还是要提防一点。郑成功却说和琳达相遇也许是老天的安排，他不想抗拒，因为琳达在我身边时，天上总是会出现那片绚丽的彩云。陈永华说我怎么看不见？

清廷对郑成功的问题始终很头疼，便令叶成海在郑芝龙身上打注意，以亲情来逼郑成功就范。叶成海有些无奈，可又不敢违抗圣令。

郑芝龙在重重压力下只好让郑渡跟随叶成海赶往福建说服郑成功归顺清廷。

郑渡回到了厦门，郑成功搂着郑渡，悲泪纵横。叶成海也被感染，他说，老夫先行告退，你们兄弟相聚，说说体己话吧。郑渡膝行向郑成功哭道：大哥，你要救救父亲，救救在北京的一家啊！

郑成功派杨旭带叶成海参观郑家水军，叶成海望着军容雄壮的郑家军水师觉得这次是难以完成使命。叶成海告诉郑成功，郑芝龙的生死全在郑成功的手上，当初自己来福建劝降郑芝龙以为是做了一件好事，谁想你们父子如此不同。郑成功说和谈可以，但必须先惩处当年洗劫安平镇的李率泰，叶成海立即将郑成功提出的要求禀报朝廷，但郑成功提出要掌管闽、浙、粤三省，叶成海却无法接受。

郑成功把自己的想法告诉了杨旭，两人合计一边谈一边拖，争取时间为北伐南京做准备。

和谈的消息传到台湾，瞄南实丁担心郑成功会借清政府的力量来进攻台湾，揆一却认为不可能，他说清政府不会信任一个投降的将领，再说清廷根本没有认识到台湾的重要性，他们不懂得什么是贸易。揆一要求召开评议会，向巴达维亚总部请求援军，他说郑成功的眼睛不是盯着北方，而是盯着台湾。

清廷下了最后通牒，可以让出漳、泉、惠、潮四府，并免去李率泰福建总兵的职务，封郑成功为海澄公，但郑成功必须削发，叶成海想了个办法，一边削发，一边宣诏，这样既顾了郑成功的面子，又不失大清的威严。

马信在率军征粮途中救了奄奄一息的黄梧，昏迷之中的黄梧一直在说自己手刃了300清兵，清醒过来后他让马信再给他两千兵马，他要去殉国难。马信说你要去自己去，别拉上我马信的子弟兵作陪葬。

郑泰从南京回来带来消息，柳圆圆已被清兵掳去南京，黄梧说一个女子都能只身前往南京为国赴死，而你国姓爷却在这儿与清廷媾和。郑成功说自己就要打南京了，你黄梧可以随我一起北伐南京。黄梧有些紧张地问郑成功该不是惦记柳圆圆吧。黄梧说自己一向致力于驱逐满清，恢复中原，和柳圆圆更是多年的知音、知己，希望国姓爷成全他们。黄梧说着一把撕下外袍，袒露后背，"大明、圆圆"四个大字赫然在目。黄梧说我此身一为大明，二为圆圆。

郑渡见哥哥迟迟没有动静便以死相逼，郑成功说我一日不削发受诏，父亲一日可保平安；我如果苟且屈膝，削发受诏，则我们父子命运都难以预料也！

马信、杨旭等将领对郑成功漫长的和谈也不理解，陈永华解开了他们心中的疙瘩。

一年多的谈判也使得清廷失去了耐心，郑成功倒是趁机扩充了兵马，叶成海只好带着郑渡返回北京。叶成海问郑成功真的要做逆子？郑成功说忠孝不能两全，自己只能择其一。叶成海说其实可以两全，你既可以孝父亲有可以忠朝廷，忠哪个朝廷不都可以做忠臣吗？郑成功说，你别忘了，清廷与我有杀母之仇。

海边临别，叶成海有些不解地对郑成功说，本来可以共享天伦之乐，何来此生离死别之苦。谁的天下你我不还是臣子？

郑芝龙一家十几口在清兵的押送下，艰难地向流放地宁古塔行进。郑渡赶了回来，他告诉了郑芝龙翁子在清兵便攻入安平时大娘被迫自尽了。叶成海也赶来送郑芝龙，他把自己的披风送给郑芝龙，他说天下归顺本是一件好事，早知今日，当初也不该出招降郑芝龙的主意。郑渡说我大哥惦记大明的兴亡。叶成海苦笑，兴，百姓苦；亡，百姓苦。

和谈破裂，李率泰也官复原职，想起自己被贬官，李率泰对郑成功恨之入骨，他告诉马得功，郑成功通洋贸易，一靠海路五大商行，二靠山路五大商行，山路一旦摧毁，单余海路也是无能为力。

正要准备北伐却断了木材，郑成功命令陈永华前往福州，陈永华率丐帮弟子用计运去了木材。

郑成功完全控制了台湾海峡，并断绝了对台湾巴达维亚的贸易，揆一几乎陷入了困境，他亲自前往福州与李率泰商议共同对方郑成功，可李率泰开出的条件又是揆一无法接受。

郑泰也从长崎运了许多铅铜回来，他说荷兰商人传话，请求开放同台湾和巴达维亚的贸易，揆一近日将派瞄难实丁来和国姓爷谈判。郑成功说谈判还不到时候，要逼得揆一走投无路再和他谈。

揆一派瞄南实丁和何斌前来和郑成功谈判，在郑府，瞄难实丁竟然遇见了琳达，他说你哥哥找你找得快发疯了。郑成功这才知道自己爱上的竟然是揆一的妹妹。

郑成功质问琳达，是不是揆一派你来卧底吗？琳达说我隐瞒自己的身份，是希望你是因为我这个人而接纳我，我不要我哥哥成为我们之间的阻碍。郑成功长叹：我们今生没有缘分。郑成功推开琳达：只要你在我的面前，我就会想起你哥哥的种种罪行，我没有办法向台湾的百姓交待。琳达说你以前不是说看见我就会想起绚丽的彩云吗？

何斌将自己花数年心血绘制的台湾地图和鹿儿门地形图交给了郑成功。

何斌和郑成功接触引起了瞄难实丁的怀疑，郑成功让杨旭用减少一年贡税的条件换下何斌，瞄难实丁不解，杨旭说国姓爷说杨旭吃里扒外，要把他杀了，用来祭旗！

回到台湾，揆一对谈判的结果很不满意，他怀疑何斌与郑成功勾结，出卖了荷兰人的利益，描南实丁说何斌尽职尽责，被郑成功打得皮开肉绽，现在还躺在床上呢！

瞄难实丁要带琳达回台湾，琳达坚决不同意，她说自己一定要和心上人在一起。

瞄难实丁添油加醋地告诉揆一琳达被郑成功关押在厦门，揆一简直气疯了。他嚷嚷道，郑成功你竟然敢关押我妹妹，我们走着瞧。

揆一请郑成功到自己的船上谈判，而让贝德尔上尉埋伏在下面，郑成功早就看破了揆一的伎俩，数百艘战舰列队忽然出现在海面上将揆一吓得魂飞胆散，他被迫答应了郑成功的条件，但指责郑成功关押琳达。郑成功说你妹妹在厦门生活的很好，我可以把她毫发无损地交还给你。

郑成功送别琳达，他说我答应了你哥哥，我必须要讲信用，何况我们只是分别，不久就会见面的。琳达都快要哭出来了，她叮嘱郑成功，说话可要算数呀。

旌旗飘扬，波涛汹涌。郑成功坐在中军帅船上，号令北上，北伐南京。

郑成功包围了南京城，正要攻城之时，却发现城墙上捆绑着柳圆圆。守城的清将也乞求郑成功，说清廷的规矩，过三十日城失，则罪不及妻儿，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降！

郑成功答应了清将的请求，黄梧却说不应该顾忌一个女人的生死。郑成功说你背上不是写着一为大明，二为圆圆嘛。黄梧说国姓爷应该看清楚是大明在前圆圆在后。

明孝陵，郑成功举起一杯酒缓缓洒在地上，祭奠先王。这天，他又看见了天上的彩云。

马信问郑成功，南京城的防卫几乎崩溃，此时不攻城更待何时？"郑成功说天下皆知我国姓军是仁义之师，既然已经做了承诺，我们就要遵守。我对南京有抹不去的深情，不能再让无辜的百姓惨遭灭顶之灾。

台湾阿里山山洞里，郭怀一和凯茵带着残余的起义部队躲在山洞里。何斌赶来告诉大家，国姓爷已经挥师北伐，现在已将南京城团团围住，不日就会攻克南京，接下来就要挥师东向，收复台湾。何斌说已经把鹿耳门的平面图交给了国姓爷，最近再好好测量一下鹿耳门的潮位，确保万无一失。

南京城外，黄梧已经失去了耐心，他拔箭弯弓射向柳圆圆，柳圆圆中箭从城头跌落。郑成功见状，愤怒地拔剑直指黄梧。

忽然间，呐喊一片，李率泰率援兵赶到，南京城的清兵也杀了出来，郑军将士促不及防，损失惨重。陈永华率丐帮弟子赶到，掩护郑成功撤上战船。

马信孤身一人闯到城墙下，他杀退清兵救出了柳圆圆。

郑成功的战舰向南撤退，将士们不少挂彩，柳圆圆也昏迷不醒，郑成功狂呼：天道在哪儿？！众将见此情景，黯然泪下。

(字幕：3年以后)

沈佺期隐居处，他告诉郑成功不必太计较一次战斗的得失，只要坚持弘复天道，就会有结果的，但一定不要优柔寡断，儿女情长就难免英雄气短呀。

郑家军处于低潮，军心浮动，连郑泰都怀疑国姓爷可能会就此垮了，他暗中让人另开商号，为自己留条后路。

郑芝魁仿佛有看到了希望，他说天天为了一点粮草和清兵打拉锯战，长久下去，郑成功肯定是消耗不起，黄梧建议他及早做打算。

柳圆圆的伤势已经痊愈，她拒绝的马信的挽留，说要到国姓爷府上陪董姐姐。

董夫人上山劝郑成功说，你能挺住，郑家军就垮不了。

议事厅内，众将领吵成一团，谁也不明白郑家军该往何处去。陈永华说服众将士的支持和理解郑成功。

陈永华劝郑成功尽快收复台湾，驱逐荷夷。郑成功说眼前必须先消灭来犯的清兵。

鹿耳门港道口，何斌和凯茵戴着斗笠，佯装正在垂钓，他们骗过了揆一也测量了水道的潮汐变化。

马得功前往台湾，希望能支持一部分火炮来对付共同的敌人郑成功，揆一这次摆起了架子，他说目前还没有共同的敌人，郑成功只要和我们进行合理的贸易就不是我们的敌人，至于火炮只要你出得起钱，就卖。马得功告诉揆一他身边有郑成功的奸细。

阿让了解了到何斌受郑成功的委托，暗中向商船征收捐税并鼓动山民囤积粮食，迎接国姓军。揆一大怒，下令逮捕何斌。在阿甘的掩护下，何斌逃脱追捕，躲到了山洞里。