凯茵回到台湾，受到揆一等人的热烈欢迎。但凯茵一点不给揆一好脸色，坚持要到山寨里去。

何斌知道荷兰人发出告示后，派人前往厦门将满清准备出卖台湾的消息告诉郑成功，亲自到总督府求见揆一救阿甘，同意出任翻译，以便进一步破坏满清与荷兰人的谈判。

出家为和尚的叶成海给郑成功带来了满清准备与荷兰就台湾租界给荷兰一百年缔结和约的消息，郑成功表示，为了统一祖国，中国人是可以将生死置之度外的。

误以为琳达已经被樊德朗杀死的揆一举行了隆重的葬礼，葬礼上，为了夺取特混舰队的指挥权，揆一想加害樊德朗，关键时刻，陈永华从琳达的棺材里飞身而出，救走了樊德朗，建议樊德朗到东印度公司去揭露揆一的罪行。

揆一指挥热兰遮城的所有火炮对准了樊德朗率领的特混舰队，吓得樊德朗率领舰队驶离热兰遮港口。揆一虽然发泄了心中的怨气，但也意识到特混舰队的离开对热兰遮城是实力上的巨大损失。

李率泰到台湾准备与荷兰人签订关于台湾的租界和约，利用交换条件-20艘战舰不在台湾港口的时间，李率泰与何斌、凯茵等接触，对台湾有了初步认识。

郑成功悄悄北上宁古塔探望郑芝龙，告之郑泰、郑芝魁都已经被自己处死，郑芝龙对郑家落得如此下场，也只能老泪纵横自认为天命。郑成功却劝说父亲是天命在指引自己弘复天道。

郑成功将满清为了消灭郑军，准备将台湾租界给荷兰的消息告诉父亲，并说自己准备率兵收复台湾。这时，马得功带领清兵到郑芝龙寓所想活捉郑成功，在陈永华丐帮弟子的帮助下，杨旭掩护郑成功逃脱。

揆一与李率泰的签约因为李率泰迟迟未见到二十所铁甲舰及何斌的破坏没有签成，揆一愤怒之下将何斌投入大牢。

瞄南实丁与伊娜的订婚仪式上，衣衫凌乱的琳达突然出现在众人面前，她向揆一讲述经历，揆一怀疑是郑成功与樊德朗相勾结。

郑成功让郑经与董娴留守厦门，决定发兵收复台湾。

字幕：公元一六六一年四月十一日，郑成功率领数百艘战舰，组成庞大的东征船队，浩浩荡荡直取台湾。

郑成功穿着大将军战袍，仰天朗声祈祷："大明招讨大将军郑成功，祈祷于天地海灵，率师东征，驱逐荷夷，收复台湾。

这时，四方的百姓前来送行，还有不少青年人赶来投军。

柳圆圆要求随郑成功东征，但郑成功没有答应。

董夫人不顾郑成功的阻止，她女扮男装上了郑成功的中军船。

台湾，荷夷正在组织大量民工加固热兰遮城堡的防御工事。揆一通知议员们，郑成功已经出发东征台湾，大战将面临台湾，从现在起解散评议会实行战时管制。评议员们不服，嚷嚷着要去巴达维亚告揆一。

揆一想让琳达离开台湾，琳达坚决不走。揆一说我以总督是身份命令你。琳达说，你是总督，但你不能干涉我的选择，我有自己爱情的自由。揆一说你的就是郑成功的怀抱吧。琳达说是有怎么样？我有这个自由。揆一自由也得服从国家利益，如果郑成功带着大军来洗劫台湾，你也要离开你的国家和哥哥，而扑进敌人的怀抱里吗？

郑成功中军船船舱里，郑成功下令舰队加速，直取台湾。这时，女扮男装的董夫人站了出来，她告诉郑成功夜晚必有暴风雨，应该让舰队到澎湖避风。郑成功听了董夫人的建议。

郑成功的船舱里，董夫人从身后搂住郑成功，她说，夫君18年没有碰过我了，我现在是和你一同去赴死，难道夫君也不能在大战之前给我片刻温存吗？郑成功深情地抱着董夫人，董夫人热泪长流。

揆一让瞄难实丁抓紧训练舰队，否则，将陷于十二分的被动。瞄难实丁说我们有铁甲舰还怕郑成功。揆一告诉瞄难实丁，有个预感自己将是台湾最后一任总督了。

李率泰发现自己长期以来对台湾的认识都是错误的，他决定不跟荷兰签订割让台湾的条约。

晨曦微露，郑军庞大的船队出现在台湾岛鹿耳门外海一带。

揆一慌忙赶到炮台，贝德尔和军官们已在等候。揆一站举起单筒望远镜向海上瞭望，只见海面停着无数的战舰，揆一派人通知普罗文查城的瞄南实丁司令，请他暂时放下新娘子，加强警戒，无论出现什么情况，都不准贸然出击。另外，台江口各炮台一定要坚守住航道。

郑成功却出人意料地命令船队停止前进，就地待命。

评议员们吵吵嚷嚷地涌向炮台，他们告诉揆一，郑成功一定被我严密的防线吓退了，要求恢复议会。揆一说郑成功如果没有胆量，他也不会率大军来攻打台湾，如果各位能把郑成功挡在大海上，那我就衷心地服从评议会的监督，郑成功可是杀人不眨眼的，你们去和他讲民主吧。

瞄南实丁让通讯兵回去报告揆一，赤嵌城坚不可摧，请他放心。瞄难实丁的新娘对他一心想着打仗很不满，自己离开城堡上山游玩去了。

揆一明白郑成功是在等潮水，他告诉贝德尔上帝留给我们的时间只要一个小时，我们必须在一个小时内彻底击垮郑成功的军队。

贝德尔的舰队冲了出去，郑成功的舰队在迅速西撤。瞄难实丁不顾揆一的指令，命令自己的战舰，立即去汇合贝德尔，两头夹击郑成功的船队。

由于杨旭死死地堵住海湾口，揆一的主力舰队出不来，瞄难实丁的主力舰被消灭了，郑成功的军队顺利地通过了鹿耳门。赤嵌城被郑成功军队包围了。瞄难实丁死命抵抗，郑成功军队的伤亡也很惨重。

为了不让粮食落在郑成功手中，瞄难实丁用炮火轰击粮仓，郑成功的军队冒死抢救粮食。

台湾城内也笼罩在恐慌之中，揆一下令将城外的粮食统统烧掉。

郑成功命令杨旭率船队游弋于热兰遮和赤嵌城之间的水域，切断台湾城与赤嵌城之间的联系，命令郑芝魁扼守住鹿耳门，既不要放跑赤嵌城之敌，又要阻击增援之敌，逐步向南进击并布防，命令马信、杨旭诸位将军留守大本营。

揆一也决定压上他的海上力量做最后一搏，在神甫率领荷兰人一起为明天的决战祷告。

因为破坏与满清的谈判而被投入监狱的何斌在大牢里并不配合贝德尔等人，揆一坚信留着他会有用处的。凯茵在树林里抓到伊娜，郑成功让凯茵对她以礼相待，凯茵不解，她要杀了她却被郑成功阻止了。山民见国姓爷没有杀这个红毛，便一齐找去郑成功。郑成功说除了救何斌，伊娜还有更大的用处，他请凯茵及众人相信他。

眼见伊娜被抓，郑军又切断了赤嵌城的水源，揆一派人给郑成功送来了亲笔信，提出只要郑军退出台湾，荷兰人保证每年向郑成功进贡五万两黄金，遭到郑成功的拒绝。

当瞄南实丁为解救伊娜挑选敢死队率领时，陈永华带着士兵将伊娜送到赤嵌城下，当荷兰士兵要接伊娜进城时，凯茵和阿甘带着一对山民骑马将伊娜抢走了。凯茵将伊娜带到热兰遮城下，要求用伊娜交换何斌，揆一始终不肯失去何斌这张挡箭牌，拒绝了凯茵的条件。正当凯茵要处死伊娜时，陈永华及时出现，制止了凯茵。陈永华向凯茵讲述了对荷兰侵略者的痛恨之情，两人之间的距离一下子拉近了。

郑成功放伊娜回赤嵌城，伊娜转达了郑成功对瞄准南实丁的最后通牒，在妻子的说服和形势的逼迫下，瞄难实丁献出了赤嵌城，向郑成功投降了，揆一下令在热兰遮城树起大血旗，绝不向郑成功让步。

战役取得了一定的胜利，但大军却面临着无粮的难题。高山族寨主们按照老规矩试探郑成功，郑成功终究获得高山族百姓的信任。

面对大军压境，揆一受到评议员们的责难，瞄难实丁逃回热兰遮城，亲手杀死老婆伊娜，以示对荷兰国的忠心。

郑成功率领大军发动了对热兰遮城的进攻，揆一在无奈之中只能拿何斌与琳达作挡箭牌，但终归是无济于事。

郑成功率军对热兰遮城展开了猛烈的轰炸，但炮火对于荷兰人精心修了几十年的热兰遮城效果却发挥不了多大的作用。陈永华献计把地道挖到热兰遮城下，埋上炸药炸垮城墙。

荷兰人抵挡不了炮火的轰击，揆一只好抓出何斌作挡箭牌，郑成功眼望着何斌，只好下令撤军。

战斗进入了最关键的时刻，但郑军粮食告急，郑军个别镇甚至出现了饿死人的现象。

留守厦门的郑经积极筹集粮食以支援台湾的战斗，但这个消息却又被黄言偷听到而泄秘给满清，马得功决定派人突袭厦门，放火焚烧粮船。

樊德朗的特混部队赶回台湾支援揆一，与郑成功的船队在海上展开对峙。但因为郑成功的水师力量远远超过樊德朗的舰队，樊德朗下令撤退返航。把一切希望寄托在樊德朗身上的揆一听到樊德朗将减退撤回巴达维亚的消息后，彻底的泄气了。

为解决军队缺少粮食的问题，郑成功决定组织将领们实行兵屯，开垦荒地，同时将驯服野牛成耕牛，大肆鼓励开荒垦田.

满清偷袭厦门，焚烧粮船的消息传到台湾，郑成功对此痛心疾首。此时，黄言突然在台湾郑成功府出现，带来了一颗血淋淋的人头，黄言号称是马得功的脑袋，遭到众人的质疑。黄言将郑经与柳圆圆勾搭成奸并怀上孩子的事情告诉郑成功，对郑成功犹如晴天霹雳。

李率泰通过台湾之行，认识到叶成海的过人之处，他为他树碑立传，并亲自到定海寺请叶成海重新出山，希望叶成海能为朝廷出力，招降郑成功。叶成海则表示郑成功是此次东征是为中华驱逐荷夷，让台湾重返大清版图的伟业，说完后叶成海就圆寂了。

被投入大牢的评议员们对揆一充满不满。贝德尔在琳达的要求下偷偷带琳达到牢房见何斌，何斌语重心长的希望琳达能劝揆一投降，因为这也是揆一目前唯一的出路。

为救被揆一关在大牢中的何斌，阿甘与凯茵从地道进入热兰遮城，没想到不仅没有救出何斌，反而中了荷兰人的圈套，地道暴露了，阿甘为掩护凯茵牺牲了。

柳圆圆顺利生下了她与郑经的孩子。这时，杨旭带来了郑成功的命令，郑经私通柳圆圆并产下孽子，董娴监管不严，家教无方，所有人一并处斩。柳圆圆留下一封信后挥剑自刎。杨旭不忍处置董娴与郑经，带两人到台湾向郑成功求情。

揆一为制止琳达到处散布投降言论，只好把她投入大牢。琳达劝说揆一停止与郑成功的战争，遭到拒绝。

进攻热兰遮城的战斗准备已经就绪，地道也已挖好，郑成功率军开始炮轰热兰遮城。荷兰人在紧急关头，只好又推出何斌作挡箭牌。何斌为不影响郑成功对热兰遮城的进攻，跃身从城墙上跳下。见此情景，恼怒的郑成功下令炸平热兰遮城。

在郑军的炮火的猛烈进攻下，失去何斌这一挡箭牌之后，丧心病狂的揆一竟将热兰遮城内的所有妇女、儿童推出城门外，直接面对郑军的炮火。郑成功坚决不伤害妇女儿童，下令停止进攻。而利用这一空档，荷兰人则趁机大肆发炮。琳达在高坡处劝阻荷兰兵不能开炮，瞄难实丁则扣动了对准琳达的手枪，琳达倒在血泊之中。

郑成功与揆一都被此情此景震惊了，揆一愤怒之下杀了瞄难实丁，郑成功则不顾一切的冲向热兰遮城，抱住琳达。

在郑军官兵们的奋勇拼杀下，揆一跪地投降，热兰遮城外响起一片欢呼。

公元一六六一年二月一日，揆一率领全体荷兰官兵正式向郑成功投降。郑成功隆重的海葬了琳达，将荷兰侵略者驱赶出台湾岛。

郑成功毅然拒绝了部下们打算在台湾另立乾坤的计划，宣布台湾永远是中国的一部分，并迅速地投入对台湾的开发，使台湾日渐繁荣。在此同时，心力交瘁的他也在一年内离开人世。