两个太监回宫即密报崇祯，崇祯信以为真，召袁崇焕入宫，不问青红皂白，将其下狱。

陈圆圆得知袁崇焕被冤下狱，极为震惊，去劝说崇祯，崇祯却置之不理。而张嫣对崇祯的做法，也态度暧昧，她一心希望的，是维护崇祯圣明君主的形象和尊严。

袁崇焕手下大将祖大寿害怕受牵连，竟率部叛逃。皇太极的兵马又至，京城危在旦夕。袁崇焕以社稷为重，写下血书召祖大寿回来，祖大寿终被感动，带兵解了京城之围。

陈圆圆以为袁崇焕立了大功，崇祯必然放他。不料，朝中大臣议论纷纷，都要让崇祯拿袁崇焕治罪。崇祯骑虎难下。陈圆圆又说动田妃劝说崇祯，崇祯大为光火，把田妃斥骂一顿，田妃受了惊吓，一病不起。

陈圆圆一心要帮崇祯下台阶，也为了救袁崇焕，便偷偷到狱中去见袁崇焕，劝说他向崇祯认错。

袁崇焕却绝不认错，而崇祯也不肯承认自己抓错了袁崇焕。就在这僵持之时，魏忠贤的死党见有机可乘，纷纷跳出来，弹劾袁崇焕是暗中和皇太极议和，来达到五年平定辽东的承诺，乃卖国欺君。崇祯自视为明君，最恨有人骗他，让他上当，加上张嫣极力要维护崇祯的明君形象，也支持崇祯的做法，崇祯终于下了处死袁崇焕的决心。

袁崇焕被戮，惨不忍睹。崇祯内心里感觉到自己做了件不该做的事，异常痛苦，一个人偷偷祭奠袁崇焕。陈圆圆开始对崇祯失望，但在目睹崇祯的痛苦后又原谅了他。

皇太极成功除去袁崇焕，大喜过望，预料崇祯自毁长城，大明必亡。他在宫中设宴庆贺，多尔衮和庄妃却偷偷幽会，差点被他发现。

崇祯整肃朝纲，杀了一些贪官污吏，开始了“圣天子第一新政”，大明果然有了中兴气象。陈圆圆对崇祯的感情加深。她为一病不起的田妃祈祷，被崇祯撞见，崇祯对她产生了好感。

崇祯对陈圆圆的感情让张嫣嫉妒，她又曲折地向崇祯表白自己，而崇祯在对张嫣的崇敬之中，也生出了依恋之感，这让他倍感痛苦，却又无法实现，便把感情埋在心里。

陈圆圆敏感到崇祯对张嫣的依恋，向崇祯道破。崇祯不愿直面，恼羞成怒，将陈圆圆打入冷宫。

皇太极派多尔衮、多铎和儿子豪格率兵去收服察哈尔部，扩大实力。多尔衮一战而胜，俘获苏泰太后，并得到了元朝失传的传国玉玺。多尔衮如获至宝，以为这是他将当皇帝的吉兆，野心膨胀，与多铎秘密商议，准备据为己有。未料豪格暗中风闻，密报给皇太极。皇太极极为震惊，决定处死多尔衮，以绝后患。

庄妃救多尔衮心切，冒险送出密信。多尔衮正在班师途中，皇太极突然带众大臣前来迎候，其实是准备将他拿下。幸好庄妃的密信提前到达，多尔衮机智应变，在万分危急之中献出传国玉玺，逃过了一劫。

皇太极打消了对多尔衮的怀疑，反而认为他忠心耿耿，厚加封赏。多尔衮对庄妃的救命之恩感激万分，庄妃却劝多尔衮快快打消取代皇太极的念头。多尔衮颇为失落，但这反倒激发了他的野心，他发誓一定要夺取王位和庄妃。

陈圆圆打入冷宫后，崇祯心情不宁。张嫣怕影响到朝政，只得出面请崇祯将陈圆圆放出。陈圆圆与崇祯言归于好，两人登上万岁山俯视皇宫，快乐异常。但就在这时，陈圆圆还是发现崇祯牵挂着张嫣，两人又发生了冲突。

皇太极得到传国玉玺，以为是上天授命。多尔衮乘机上劝进表，赢得了皇太极的进一步信任。在范文程的谋划下，皇太极正式登皇帝位，改国号为大清。

此时农民起义风起云涌，崇祯任洪承畴为五省总督，前往进剿，大败高迎祥。但李自成逃脱后，在商洛山收集旧部，祭奠高迎祥，继任“闯王”之位，立誓夺取大明江山。

崇祯为在陈圆圆面前展示皇帝的威严，将高迎祥押赴京城处斩。不料高迎祥已死在途中。这场公审成了闹剧。

庄妃怀孕，皇太极很是兴奋，给未出生的儿子取名福临。多尔衮在皇太极称帝后备受打击，又得知庄妃怀了龙子，妒火中烧。他去见庄妃，却被庄妃拒之门外。多尔衮便设下一计，乘庄妃去庙里进香，强行与她相见。

多尔衮将庄妃灌醉后，试图强暴。庄妃醉意朦胧，却神志清醒，她心中哀痛之极，泪如雨下。多尔衮见庄妃如此哀痛，终于不忍下手，黯然离去。

皇太极雄才大略，与范文程定下入主中原方略：让清兵不断入关骚扰，消灭明军有生力量，剪去明朝枝叶；让农民军制造内乱，刨去明朝的老根，然后他再下山摘桃子。

皇太极再次派兵进入长城。崇祯调洪承畴去对付清兵，终于稳定了局势。他又令杨嗣昌进剿李自成，也打了胜仗。崇祯这才松了口气。

崇祯和陈圆圆的感情进一步发展，但每次都被张嫣从中干扰。陈圆圆不服，张嫣反令她呆在房间里织布，不得去见崇祯。

庄妃生下福临，皇太极喜不自胜，下令进军边关，为福临降生庆贺。多尔衮来见庄妃，一时嫉恨，差点对福临下毒手。庄妃机智应付，这才化险为夷。但经此危机，庄妃对多尔衮萌生了恨意。虽然她的情感还忍不住被胆大妄为的多尔衮吸引，可内心里，已经对他倍加警惕。她甚至想把多尔衮的图谋禀报给皇太极，可又怕刚生下的福临会因此失去父爱，日后难以继位，犹豫不定。原来，庄妃极有主见，也极有雄心，她的梦想是让她的儿子福临登上皇位。

李自成进军洛阳，杀了福王，声势大振。崇祯罢朝三日，痛哭不已。杨嗣昌吃了败仗，怕崇祯治罪，自杀而死。