崇祯心情沮丧，原先的自信和自负慢慢化为乌有。他经常跑到陈圆圆房间，与她一块纺纱，期望过一种世外桃源的生活。此事遭到张嫣极力反对，恰好这时张献忠又攻破襄阳，杀了襄王。崇祯大为内疚。张嫣又带崇祯去奉先殿，要他当着列祖列宗的面，以社稷为重。张嫣还想以自杀来唤醒崇祯。幸好崇祯及时赶到，阻止了张嫣。

崇祯极度震惊，写下了《罪己诏》，把所有责任都揽在自己身上。他为表示自己的决心，从此吃素，并移居到武英殿，用惩罚自己的方式来减轻心里的负疚之感。

崇祯还和陈圆圆断绝了来往。陈圆圆异常伤心，张嫣又命令陈圆圆不得见崇祯。陈圆圆个性倔强，一怒之下毁了所织的布匹。张嫣非常生气，要将陈圆圆送出宫去。崇祯得知消息，试图留下陈圆圆。可张嫣再次以死相逼，崇祯面对张嫣的决绝，终于屈服。

陈圆圆不愿离开皇宫，去见崇祯，崇祯面对心爱的女人离去，却无能为力。陈圆圆对崇祯失望至极，伤心而去。

陈圆圆被送到尼姑庵带发修行，几个流氓调戏她，被吴三桂所救。吴三桂对陈圆圆一见钟情，陈圆圆在感情的失落中，也对吴三桂产生了好感。

崇祯失去陈圆圆后，心情郁闷，脾气越来越暴躁，经常向皇后和田妃等人发火，弄得后宫人人提心吊胆。田妃等人去向张嫣讨主意，张嫣也一筹莫展。不料，崇祯积劳成疾，突然晕倒，田妃等人更是担忧，再次恳请张嫣，让陈圆圆回宫。张嫣无奈，只得派人接回了陈圆圆。

崇祯见到陈圆圆，大喜过望，病情不治而愈。他决定封陈圆圆为贵妃，并为她准备了寝宫。但陈圆圆无法忘记崇祯对她的伤害，竟然拒绝了崇祯。

是夜，崇祯徘徊在陈圆圆房外，痛苦不已。而陈圆圆则在房间里对着吴三桂送给她的宝剑，矛盾至极。两人的感情此时产生了错位，陈圆圆心里有了吴三桂，崇祯对陈圆圆则爱得越来越深，难以自拔。

皇太极筹划与明军的生死大战，派豪格包围锦州。崇祯下决心重振雄风，写下“灭寇雪耻”的血书，要洪承畴务必击败清兵。洪承畴决定坚守锦州，并派吴三桂回京向崇祯禀报军情。吴三桂在宫中巧遇陈圆圆，激动之下，向她表白了自己的爱恋。但此事却被张嫣得知。

崇祯不知陈圆圆爱上了吴三桂，再次向她示爱，被陈圆圆拒绝。崇祯伤心中跑到张嫣那儿，痛哭一场。

福临已六岁，聪明绝顶，庄妃满怀希望。但皇太极的长子豪格深得皇太极喜爱，让庄妃不得不寻找另外的支持力量。她又主动跟她已渐渐厌恶了的多尔衮来往，要他把豪格的风头压下去。多尔衮为得到庄妃，满口答应。

崇祯急于平定辽东，在兵部尚书陈新甲的怂恿下，下旨让洪承畴速战速决，并派太监曹化淳去辽东督战。洪承畴无奈中出兵，中了皇太极调虎离山之计，被围松山。

皇太极此时刚好患病，但得知洪承畴中计，他毅然带着病体御驾亲征。庄妃担心皇太极的身体，极力劝阻，皇太极置之不理，连夜奔驰，来到前线。

皇太极目睹洪承畴用兵如神，忧愤交加之中口吐鲜血。多尔衮见皇太极病倒，故意向皇太极告发豪格结党营私，企图谋权篡位。

皇太极再次气得吐血。他断然将豪格打入死牢。多尔衮自以为得计，乘机拉拢豪格的部下，此事被皇太极察觉，对多尔衮有了戒心，于是又把豪格放了出来，让他将功赎罪。

庄妃得知皇太极吐血，焦急万分，连夜赶到前线，来照顾皇太极。 皇太极非常感动。多尔衮见到庄妃对皇太极的爱，嫉妒万分，他在疯狂中差点要强暴庄妃。恰好被豪格撞见，对他们两人的关系产生了怀疑。

皇太极想出了破阵之法，亲自上前线巡视，军威大振。明军将士被皇太极的气势震慑，都有点怯阵。

是夜，总攻前夕，皇太极带庄妃在阵前散步，庄妃被皇太极的英雄气概折服，两人互诉衷肠。多尔衮妒火中烧，前去谋杀皇太极。当他举着弓箭瞄准皇太极，不料被庄妃挡住。多尔衮面对心爱的女人，终于不忍下手。

战斗突然打响，明军慌乱逃奔，被杀得大败，全军覆没。

吴三桂逃往宁远，惟留下洪承畴和几千人马困守松山。崇祯得到消息，痛哭失声。更让他痛苦的是，他从张嫣口中得知陈圆圆爱上了吴三桂，这使崇祯极为失望，与陈圆圆发生剧烈冲突。

洪承畴孤立无援，松山终于陷落，皇太极得到洪承畴，大喜过望，设宴招待，终于感动了洪承畴，降了皇太极。

崇祯得知松山陷落，认定洪承畴殉国，悲痛欲绝，追封他为少保，并举行隆重祭奠仪式，亲自前往吊唁。不料，边关将领急报，洪承畴没有死，而且投降了满清。崇祯大惊失色，虽然心里明白有可能是真的，却仍斥责信使妖言惑众，将他处斩。回到后宫，崇祯这才痛哭失声，并将吴三桂送来的洪承畴已降敌的奏报撕得粉碎――他只能自欺欺人，打肿脸充胖子了。

陈圆圆坚信吴三桂说的是真话，更惹恼了崇祯，他在近乎疯狂中下旨要陈圆圆侍寝。

陈圆圆对崇祯的反常举动不无悲悯，含泪脱下衣服，崇祯却突然不行了，他令陈圆圆离开，关在宫中大哭一场。

张嫣不忍崇祯伤心，赶来安慰他。崇祯再次被张嫣无私的母亲般的温柔打动，对她的依恋又增加了几分。两人热情拥抱，差点逾越了伦常。最终还是崇祯害怕了，抽身而去。

崇祯独自来到奉先殿，对着列祖列宗的牌位，痛哭忏悔。此时，他已心力憔悴，产生了与皇太极议和的念头。

李自成攻占襄阳，势力越战越强，崇祯内外交困，终于下了决心。他派陈新甲暗中和皇太极联系，还写了封口气极大的诏书。皇太极已看出崇祯的虚弱之处，表面上应付，实际早做好了入关的准备。

豪格将庄妃与多尔衮的私情禀报皇太极，皇太极大怒，斥骂他胡说，差点杀了他。但事后他又到豪格府上，令他密切监视两人的举动。