皇上提到天地会让韦小宝心惊胆颤，捏着一把冷汗。 天地会徐天川神秘失踪，韦小宝被秘密召来拿主意，原来徐天川与沐王府双白因为谁是光复大业的正统而引起争执，导致徐天川伤重垂危，白寒松丧命。天地会认为沐王府为了寻仇而将徐天川捉走。 于是天地会钱老本将沐王府小郡主沐剑屏掳来送进宫中交给韦小宝看管，以免辱没了小郡主的身份。 小郡主“委婉的默许，特有的单纯”吸引了韦小宝，韦小宝和她玩起了少男少女的游戏。把小郡主摸成了一个大花猫的样子寻开心。 云南平西王吴三桂之子吴应熊作客于康亲王府，其手下皆武功非凡，王府中人挑衅亦忍让，小宝佩服并暗中笼络。听戏时，小宝无意中发现邓炳春鬼鬼祟祟地来到康亲王的佛堂，韦小宝好奇之心跟着邓炳春来到佛堂，原来他们在转移一本《四十二章经》，却被韦小宝轻而易举地盗去了这本经书。

沐王府带着“大明山海关总兵府字样”的兵器进宫行刺，来诬陷云南平西王吴三桂。 皇太后决杀韦小宝以免有后患，但反被小宝所伤。沐王府等人被侍卫围攻，追杀到了韦小宝的住处，方怡因抵不过让众兄弟暂时躲避，在韦小宝房中的沐剑屏闻听刺客用其沐王府的暗号，并求韦小宝出手相救，带方怡师姐回房内疗伤。韦小宝为方怡疗伤仍不忘调戏一番，可在紧急关头，韦小宝还出手援助，让沐剑屏对他另眼相看。 皇太后杀韦小宝未能得手，又派收卖的宫中侍卫瑞栋来杀小宝，韦小宝洞悉是太后所为，吓唬瑞栋，引他入室，武功高强的瑞栋反被韦小宝所杀，并取走他身上的四十二章经。太后接连又派太监冒充皇上的太监骗得韦小宝去其寝宫，欲杀韦小宝。

路上，这帮太监的动机却被韦小宝机灵悉破，利用银票逃脱，太后无奈又亲自下手拦截韦小宝，韦小宝利用瑞栋花言巧语讹称已得悉太后秘密逼太后放手。韦小宝中了太后一掌化骨绵掌，回房赶紧把瑞栋的消尸灭迹，以免不测。 沐王府众人被抓，方怡担心师哥刘一舟，小宝地帮她打听。康熙问起小宝杀刺客的经过，小宝顺势称赞康熙教导武功有方，康熙推测刺客的招数非平西王府中人。康熙教小宝拿着刺客证物去敲诈吴应熊，趁机探其虚实，回宫后小宝将所见告诉康熙，康熙从中猜测吴三桂已秘密上京且有意谋反。韦小宝用吴应熊所赠之银两收买人心。 沐剑声从吴应熊手上救出徐天川，却要天地会为徐天川误杀白寒松一事作出交代，小宝以香主身分答应救出沐王府刺客以抵徐天川之过。

韦小宝回宫后将反贼情况汇报给康熙，康熙心中早已有数，命韦小宝将刺客放走，以引出主谋。韦小宝牢中戏弄刘一舟，房中挑逗方怡，让方怡对他痛恨入骨，紧急时韦小宝却装出大丈夫的气魄帮助方怡，让方怡为之感动，写信给牢中的刘一舟师哥，让他们配合韦小宝救他们出去。刘一舟、吴立身见到韦小宝拿来方怡的字据和花押标记也都相信了韦小宝，配合韦小宝，假装要喝酒，韦小宝却不给喝，却让众侍卫喝，碰巧，皇太后派老太监董金魁来牢房找韦小宝，却被韦小宝也诬陷灌酒刺死，韦小宝便顺水推舟救出刘一舟、吴立身、敖彪三人。同时也取得方怡姑娘发誓嫁他为妻的誓言，一举两得。 在康熙的安排下，张康年配合韦小宝救人的行动天衣无缝。

方怡感谢韦小宝救出刘一舟。陈近南也抵京探望小宝，沐王府人等为答谢天地会相救与陈近南见面，惜双方各为其主，为太子正统问题再起争执，场面一触即发。陈近南提出先杀三桂的一方就可号令另一方手下恢复大明的协定，众和议。李西华出现和陈近南一战也要加入刺杀吴三桂之列。 韦小宝向康熙说出刺客之主谋及嫁祸太后所派的太监，康熙带小宝向太后请罪，太后借故留下小宝在身边。太后派柳燕跟小宝回房取四十二章经，方怡刺毙柳燕后与小宝、剑屏出宫，却遗下订情的珠钗，小宝回房取钗时发现柳燕的断脚并未化去，决用来吓太后，却意外偷听到太后与师兄邓炳春的对话。小宝意外发现皇太后榻下的暗阁，乘机偷走三本四十二章经，却见到了正前来盗经的宫女陶红英，陶红面刺伤皇太后和邓炳春打了起来，韦小宝暗中救下陶红英，二人逃出慈宁宫。

陶红英告诫韦小宝事事要小心，离去。韦小宝发现皇太后并没有死，知道以后很难躲过皇太后的毒手，决定向康熙讲出真相后便离去，于是将出身到入宫及至发现皇太后和海大富的对话一一告诉康熙，康熙得知韦小宝并不是太监之身并不气愤，而对太后的秘密不可相信，与小宝窥探皇太后，果然发现死去的宫女为男人所扮。康熙为怕打草惊蛇，只派小宝到五台山找顺治帝。 陶红英再次告诫韦小宝不能参和皇上和皇太后的事情，并告诉他四十二章经的秘密原由，和神龙教的势力，要他行事小心。韦小宝感激跪拜陶红英为姑姑。 方怡感激韦小宝冒险帮她找回头钗，又把她送出宫，并委托天地会徐天川护送方怡、沐剑屏回石家庄。