阿珂被迫在乡民的撮合下和韦小宝成了亲，郑克塽师傅冯锡范赶来救出郑克塽，一切真相大白，让韦小宝很难堪，阿珂知道是韦小宝所为，更憎恨韦小宝。九难得知怒嘱小宝、阿珂不得再与郑克塽来往，并与二人回京。 韦小宝受九难之托回宫打控虚实，多重身份的韦小宝也让自己很为难。韦小宝把死里逃生的经历讲给了康熙听，把罪责都推在吴三桂的身上，提议借他人之手铲除吴三桂。这也正和康熙之意，韦小宝带康熙借意搜太后寝宫，正好撞上来找假太后偷情的神龙教瘦头陀，瘦头陀带毛东珠落荒而逃，真太后获救。韦小宝也乘机取走了瘦头陀留下的一本四十二章经。 韦小宝来到天地会据点马棚取经书时，碰到了冯锡范和郑克塽为难师父陈近南。韦小宝躲在棺材中等待时机。

冯锡范污蔑陈近南背叛郑王并下手暗算，韦小宝见师父陈近南不敌，暗中撒出石灰粉吓退锡范，将郑克塽关在棺材之中，天地会人劝总舵主陈近南及早脱离郑家及两公子之斗争。陈近南不服，要去台湾和郑王说个理，打开棺材时却发现郑克塽不见了，天地会关安基死在棺材之中。韦小宝取出六本经书，将内藏的羊皮全部取出保存，又将经书皮缝好，把空经书交给陆高轩送往神龙岛交差。 建宁因被赐婚嫁与吴应熊而大吵大闹，康熙派小宝做随行赐婚使，实则要他找回三桂的四十二章经。其后，康亲王因经书被偷，来求韦小宝帮忙仿制经书，好向康熙交差，小宝便做了个顺水人情。事成后送小宝一座子爵府作谢礼，小宝大喜。 九难和阿珂决随小宝前往云南，护送途中，韦小宝被建宁用蒙汗药迷倒，醒后发觉赤身被公主困绑及施以酷刑，九难为救小宝掷阿珂入房，阿珂掩面救小宝后离去。小宝松绑后还击，建宁施媚功求饶，小宝终受不住引诱与建宁一夕风流。

快到云南之时，建宁威胁韦小宝杀掉吴应熊，韦小宝敷衍答应，却心事重重。 吴三桂隆重迎候公主，宴请韦小宝，韦小宝见到吴三桂却明知故问戏弄一番，并乘机敲诈一笔，让吴三桂摸不着头脑。 吴三桂带韦小宝见识了他书房中的三宝，让韦小宝大开眼界，韦小宝出言相讥，对府内各陈设加以批评，暗示三桂谋反之心，三桂再动杀机，让吴三桂很不乐意。吴三桂仍装做笑脸地一对火枪相赠于韦小宝。 韦小命暗中安排徐天川、玄贞道人去查探杨溢之下落，发现杨溢之已被吴三桂割去四肢、双眼及舌头，以免他泄露谋反一事，小宝大怒。 决定要查个水落石出为杨溢之报仇，徐天川等人掳来蒙古使者罕帖摩审个明白。

韦小宝从罕帖摩口中探出吴三桂要联合蒙古、西藏，罗刹国及神龙教，四路夹击谋反。 罕帖摩的失踪让吴三桂着了急，吴三桂安排吴应熊借救火之名闯入安阜院公主寝宫搜罕帖摩，却中了建宁公主的阴谋，小宝将计就计，说吴应熊冒犯建宁公主为由，公主自卫才将吴应熊阉割。吴三桂誓要报仇。 韦小宝得知阿珂行刺被吴三桂所擒，向九难求救，九难当面拒绝，而后悄悄去三圣庵找陈圆圆告知，陈圆圆来找吴三桂，去牢房中看自己失踪多年的女儿阿珂，母女相认，阿珂告诉陈圆圆只有韦小宝才可救她。 韦小宝藉词探望吴三桂，后又见到刺客。赫然发现被囚禁的竟是沐剑屏。

韦小宝吓唬夏国相，遂使计谋将剑屏带走。沐剑屏将忆述离开神龙岛后，再遇剑声、大洪等人，正商量对付吴三桂之计时，却被三桂手下擒获。至此，小宝知已中了吴三桂的圈套。 这时，小宝又接到一道姑送来救阿珂的字条，韦小宝跟道姑前往，韦小宝在三圣庵的书架上意外发现四十二章经，乘机偷走。原来接见韦小宝的正是陈圆圆。陈圆圆道出自己的过去及阿珂的身世，韦小宝庆幸阿珂乃吴三桂女儿，应可保命，陈圆圆要阿珂认吴三桂为父亲，却遭到阿珂亲生父亲李自成的拒绝，这时的吴三桂已经布下重兵围捕三圣庵中的韦小宝等人，李自成和吴三桂展开一场生死决斗，九难出现解围。

韦小宝要九难师太将此事交他处理，韦小宝趁机要挟吴三桂交换阿珂等天地会的人质，再“请”吴应熊陪同返京，以防吴三桂出耳反耳。 阿珂一时感怀身世便要自寻短见，被赶来的亲生父亲相劝，阿珂痛责李自成没有权力管她，李自成为救阿珂二人一同掉入悬崖之下，幸好被郑克塽、冯锡范救下，并安慰她不要轻生，阿珂为之感动，也认了李自成为父亲。 双儿几经周折又回到韦小宝的身边，钱老本带天地会吴六奇、马超兴来见韦小宝，并告知李自成和阿珂的行踪。韦小宝赶到柳江却发现李西华和李自成打成一团，李西华为父报仇要李自成给个交待，李自成溺水而死让李西华也感到一丝悲伤，一直跟随陪伴陈圆圆的胡逸之赶来和冯锡范一比高低，击败冯锡范和韦小宝讲起了自已跟随陈圆圆的初衷，让韦小宝非常敬佩，吴六奇敬佩双儿要和她结为兄妹。