阿珂宁死不屈，曾柔怒骂韦小宝欺压百姓，韦小宝伤心地让阿珂与郑克塽回台湾。也放过了方怡和苏荃。只留下双儿和沐剑屏来安慰韦小宝。 吴之荣又想用“文字狱”陷害顾炎武和吴六奇，却被双儿正好撞上，双儿求相公杀了吴六奇替庄家报仇。 韦小宝利用吴之荣的一封反信，偷梁换柱反诬告吴之荣帮吴三桂谋反，替庄家报仇及保护了天地会。 韦小宝接到圣旨要回京复命，只好与母亲韦春花分别。 在押解吴之荣到庄家鬼屋途中。遇上归氏一家三口。天地会看不惯归钟替吴三桂说话，和归钟打了起来。

韦小宝欺骗归家一家，自称是吴三桂之侄，协助三桂反清复明，归氏一家上当，被韦小宝带到庄家迷晕，庄家大仇已报，吴之荣罪有应得。 陈近南得知韦小宝被归家一家擒住，前来庄家相救，却发现归家三口就是杀害吴六奇的凶手。归家三口解药醒来听陈近南一说才知杀错了好人，中了吴三桂的奸计，决定要行刺康熙。 瘦头陀跟踪韦小宝劫囚车救相好毛东珠，却中韦小宝的奸计，无功而惑。 回京后，韦小宝怕归氏三口行刺康熙，故意找岔和归钟掷骰子，却被归父识破输给归钟，只好守誓约将宫中地形说给归家三口，韦小宝偷偷画密函通知康熙小心，显些也被识破。

皇上让韦小宝把押回的毛东珠交给太后处理，没想到太后却受了瘦头陀的要胁护送他们出宫，归氏一家按照地图在皇宫找不到康熙，正好碰到进宫的韦小宝，于是归家三口，胁持韦小宝带他们去刺杀康熙，韦小宝被逼无奈，只好带着归家三口在宫中乱走，正好碰到太后的鸾驾，韦小宝为了救康熙只好对皇太后不衷了，却没想到误打误撞倒替太后杀了来威胁他的瘦头陀和毛东珠。 康熙收到天地会卧底风际中送来的密旨，终于揭穿韦小宝天地会韦香主的身份，康熙要对天地会斩草除根，要韦小宝做为最后的决定，韦小宝进退两难。

此时，归氏一家佯装被擒，突袭康熙，韦小宝挺身相救。康熙念及韦小宝与他深厚交情，放韦小宝一马，并且派多隆寸步不离地“保护”韦小宝。但已布下天罗地网炮轰伯爵府中的天地会及沐王府等人。 韦小宝的伯爵府里天地会兄弟心急如焚，派风际中和双儿出去打探消息，二人却碰上清兵被擒。 韦小宝被康熙软禁在宫中，不得离开半步。韦小宝为了拯救天地会兄弟，不惜违抗圣旨，杀害多隆，扮成小太监逃出皇宫，正好撞上来找他的建宁公主，并告诉韦小宝已经有了他的孩子，要马上和他成亲，韦小宝施计让建宁作掩护连夜逃出宫去。

韦小宝和建宁坐轿到宫门口时却被赵良栋和张康年拦下，韦小宝骗说奉皇上密旨岀宫捉拿吴三桂反贼，要张康年、赵良栋和御前侍卫一同前去立功。 韦小宝利用建宁公主带天地会和沐王府一众逃离伯爵府，因清兵追杀，只好四处分散逃离。韦小宝逃走期间却遇到神龙教教主追杀带回神龙岛。 风际中带双儿逃出找到总舵主陈近南，双儿不见相公，只好随陈近南前往台湾。 陆高轩不愿服洪教主所赐的毒死，激怒了洪教主，陆高轩无意说出了苏荃怀孕的秘密，让众人都很吃惊，让方怡、沐剑屏想起了丽春院那一夜，一定是韦小宝所为，洪教主逼问苏荃肚子里的孩子到底是谁的。

洪教主因苏荃背叛，大开杀戒，神龙教内讧群攻洪教主，陆高轩等人却被洪教主所杀。 洪教主要杀了苏荃以解心头之恨，韦小宝在眼见苏荃性命不保，搬起石头砸向洪安通，用洪安通曾教过他的招式杀死洪安通，洪安通在临死之前才知道苏荃是怀了韦小宝的骨肉。 建宁责骂韦小宝却遭到苏荃的教训，建宁只好忍气吞声。韦小宝带着苏荃、建宁、曾柔、方怡及沐剑屏，离开神龙岛，逃到通吃岛避难。 海上，郑克塽遭到施琅的追击，被赶往台湾的陈近南救下郑克塽，施琅仍不放开，舰队穷追不舍，炮火凶猛，陈近南等人被迫下船来到通吃岛躲避，正好与韦小宝等人相遇，小宝见到阿珂甚是欢喜。