韦小宝将得来的四十二章经藏在天地会马棚的棺材里，和方怡、沐剑屏告别后，前往山西五台山找顺治帝。 回石家庄途中，方怡碰到了刘一舟和吴师叔、敖师哥，夜间住店时，刘一舟偷听到方怡和沐剑屏二人互吐心丝，发现方怡的心倾向韦小宝，决杀韦小宝以解心头之恨，却反着了韦小宝道儿，受尽皮肉之苦，更在吴师叔、敖师兄和方师妹面前出丑，让方怡更加看不起刘一舟。 天降大雨，众人入破庙避雨，刘一舟见方怡与韦小宝态度亲昵，怒气再起。碰巧破庙倒塌，韦小宝等人又来到庄家鬼屋避雨，遇到神龙教陆高轩。 鬼屋中的恐怖让刘一舟显出他的懦弱，出卖韦小宝。正让陆高轩从他嘴中得知韦小宝就是他们神龙教要找的桂公公。庄家鬼屋主人得知韦小宝是杀子鳌拜的桂公公，从陆高轩手中救下韦小宝，但方怡、沐剑屏却被陆高轩和胖头陀掳走送往神龙岛。

庄家鬼屋主人庄三少奶奶为报恩将双儿终生交托给韦小宝，双儿伤心告别庄家三少奶奶，跟随韦小宝前往五台山，做了韦小宝的护使。 双儿将自己的身世和庄家的事情都如实告诉了韦小宝，韦小宝发誓要帮双儿抓到吴之荣这个贼人，替她出气。 韦小宝乔装善信来到清凉寺见到方丈，要在这里做法事，遭到方丈的拒绝。韦小宝向方丈提出，他要亲手将母亲准备的礼物赠送给寺内众僧，方丈无奈只好应允，赠送礼物之时，却不见顺治踪影。正巧巴颜率众喇嘛借口要找被擒小喇嘛实捉顺治，却被小宝识破，韦小宝设计，再合力双儿武功高强制服巴颜，老方丈感激相救之恩带韦小宝去见顺治的师傅玉林，却遭到玉林大师的拒绝。双儿得知韦小宝为清廷做事，伤心之极，韦小定告诉双儿自己真正的身份，双儿破涕为笑。韦小宝担心顺治安危，决定半夜潜入“偷”走顺治。

韦小宝夜潜顺治的山洞内，说服顺治暂时躲避喇嘛，却被玉林赶来阻止。巴颜又率喇嘛折返清凉寺，幸少林寺四大金刚及十八罗汉赶至，将他们击退。顺治交给韦小宝一本四十二章经，着其转交康熙，并要他谨记“永不加赋”四字。小宝与双儿下山时遇到神龙岛胖头陀，韦小宝被擒及被迫交出经书，幸四大金刚及众罗汉相救，并沿途护送返京。 韦小宝将顺治的四十二章经收藏在京城一客栈内，又带双儿游市集，却误上了胖头陀安排的“贼车”被拉往郊外。韦小宝与方怡重遇，方怡态度异常变化，让韦小宝摸不清头脑，方怡谓称沐剑屏正在“神仙岛”等候韦小宝，韦小宝不虞有诈答允一同前去接沐剑屏。 韦小宝乘船和方怡来至“神仙岛”，却误被蛇咬，幸蒙陆高轩所救。

方怡把韦小宝骗上岛，洪夫人并不守约把解药给于方怡和沐剑屏，方怡才知自己中了圈套，暗骂自已骗小宝。 神龙大殿上，陆高轩、胖头陀带着韦小宝见过了教主夫人苏荃，韦小宝的花言巧语惹得洪夫人开心逃过了一劫。也得悉神龙教派人假扮太后潜服宫中十多年，企图盗取大清命脉藏宝图。教主夫人苏荃为四十二章经一事要赐死锺志灵，志灵反抗，正碰灵蛇吐雾，众人顷刻纷纷倒下。陆高轩指使韦小宝杀死洪安通与洪夫人苏荃，却被人群中的沐剑屏制止。小宝才得知沐剑屏中了洪教主的毒，只有教主才能解得开，韦小宝劝说神龙教合解，立此大功，洪教主封韦小宝为新的白龙使，并传授他六式武功防身，小宝答应设法带方怡、沐剑屏离开，遂自告奋勇为洪安通找经书，却未料苏荃只派陆高轩及胖头陀随行。 韦小宝神龙岛重遇双儿，带着洪教主交给他的任务离开神龙岛，前往京城。

京城内，韦小宝将陆高轩瘦头陀二人和双儿分别安顿，自行入宫，向康熙汇报一切，遇建宁闯入要康熙和她比武，康熙妄称韦小宝是自己的徒儿，建宁公主要韦小宝陪她一起玩。 建宁公主无理取闹，令到宫女及侍卫退避叁舍，对韦小宝一顿拳打脚踢，强迫韦小宝一起玩，且烧了韦小宝的辫子，小宝气愤之下痛打建宁，但建宁非但不怕反而欢喜，原来她有被虐狂。康熙看到韦小宝被建宁打得遍体鳞伤，有些内疚。 次日，韦小宝又来到建宁寝宫，享受建宁的服侍，做起了桂贝勒。正好让赶来的太后撞个正着，太后看到自己要追杀的人在自己女儿被窝中，气愤之极，要杀韦小宝出气，危急时刻，韦小宝的白龙令掉在地上，太后发现韦小宝正在神龙教的新任白龙使，立刻俯首听命。

康熙连升韦小宝品级，是要派韦小宝上少林寺当和尚，韦小宝烦恼也无济于事，只好乖乖地安排好陆高轩和胖头陀在京等待，带着双儿前往少林寺。途中，遇到王屋派偷袭军营，却被小宝用掷骰子制服，刺客中却有一位美貌姑娘柔让韦小宝顿生好感，特意放走各人，令曾柔对他生出爱慕之心，要求韦小宝把手中的掷子送她留作纪念。 韦小宝剃度为僧让双心伤心，韦小宝委托张康年把双儿安置在山下等他。韦小宝在少林寺度日如年，一日，韦小宝出寺闲逛，竟碰到天下美女阿珂和阿琪在水中嬉戏，韦小宝对阿珂的美貌迷惑，发誓要娶她为妻，韦小宝从阿珂和阿琪的谈话中得知她们是要找她们的师父，扮做小神仙给阿珂姐妹占起卦来，韦小宝说出她们的去向，阿珂阿琪信以为真来少林寺找师父，却和少林寺小和尚净济打了起来，韦小宝也加入战团，无意之间抓了阿珂胸部一把，阿珂受辱割颈自刎。