吴钦差得知京城“济世堂”特使来临，觉得十分蹊跷，他特地为京城的“曲小姐”设宴洗尘，并请老吉、贺天章等人作陪。宴席上，吴钦差不动声色，与“曲小姐”频频举杯，仿佛跟“济世堂”的老板是故交。老吉只顾低头吃菜，只有贺天章得意洋洋，钦差大人居然也要和这位“曲小姐”攀关系。宴席接近尾声，吴钦差手拿杯子站起来，正准备按约定暗号动手，忽听一阵脚步声，来人是“曲小姐”的部下，告之丢失的贡品已经找到，众人皆惊。“曲小姐”率人来到山洞，起出了数箱珠宝。正准备离开时，一队人马奔过来，将其团团围住，而带头人正是吴钦差。吴钦差哈哈大笑，说没想到冒名的“曲小姐”，竟然给真正的老板立下了大功。贺天章愕然。赖红姑揭穿了钦差贪污赈灾银两、杀知府灭口的真面目，原来吴钦差就是神秘的“主公”。正当钦差准备动手时，红姑拿出一面小镜子。镜子的光芒照到山上，四周人影耸动，整座山均被官兵包围起来。吴钦差束手就擒，被押入大牢。赖红姑再次出现在吴钦差面前。吴钦差承认十八年前是他毒死了赖红姑的父亲，但他也是奉一位姓万的道台之命。这位道台干完这件事之后，不知是因为良心受到谴责，还是担心全家被灭口，挂印弃官而去，至今下落不明。

老吉因平疫有功，受到朝廷嘉奖，朝廷派人专程为老吉送来了“岭南药侠”的金匾。老吉一时间成为庆州地界家喻户晓的英雄。说媒者也蜂拥而至，面对一个个如花似玉的小姐，老吉心里想的却是赖红姑。赖红姑为继续寻找杀父仇人万道台，在小镇上开了一家古董字画店，并收购到了当年万道台的一副字，寻根溯源，找到了当年万道台的幕僚、隐居在乡间的陆师爷。海归派顾西来在老吉药店的对面开了一家西医诊所。他用人们从来未见过的西医治病，吸引了不少病人。赖红姑对西医充满好奇，她在与顾西来的接触中，颇得顾西来的青睐。老吉因吃醋而妒嫉顾西来，从而对西医生发出一种莫名的抵触。

贺天章了解到老吉对中医存有戒备和抵触的心理，决定在庆州成立一个中医联合会，请老吉出任会长，把西医赶出庆州地面，老吉思虑再三，没有同意出任这个会长。紧接着，便出现了一系列怪事，先是老吉药铺被烧，相继，三三两两的孩子失踪。传言，是顾西来把这些孩子捉去，用他们的心肝做药了，一时搞得小镇上人心惶惶。孔笙和木蝴蝶为了探明究竟，趁着夜色悄悄爬进顾西来的诊所。结果被顾西来抓了个正着。他恐吓木蝴蝶和孔笙，要把他们的心肝挖出来做药。老吉对赖红姑情有独钟，有事没事便跑到赖红姑的古董店去看她，可赖红姑对老吉一直不冷不热，使老吉的情感屡屡受挫。南洋富商佟鹤龄到庆州经商，逛到赖红姑的古玩字画店，对挂在店里的那副万道台的字发生了兴趣。赖红姑也对佟鹤龄这个人引起关注。

贺天章召集中医聚会，强迫老吉凉茶捆绑众家药品一起销售，被老吉一口回绝。贺天章见说服不了老吉，便联合众中医，背着老吉，制造了大量假冒的“老吉药茶”，减价销售，病家上当受骗后，登门来找老吉讨说法，使老吉有口难辩，声名扫地。老吉把贺天章告到官府，想不到贺天章早已把衙门买通，老吉有苦难言。老吉去找赖红姑，请她帮着出主意。赖红姑提出，要想打假，必须以正压邪，建议老吉免费赠送正宗药茶。老吉免费赠送药茶之举，非旦没有控制住假药茶的泛滥，反而让贺天章钻了空子。贺天章网络了一批药托，装扮成病人，轮流到老吉处领取药茶。贺天章又将这些正宗的“老吉药茶”改换包装，转送给知府，讨了一个大大的人情。老吉药尽财空，终于支持不下去了，木蝴蝶主动提出给干爹找药资，她收罗了一些破盆烂碗，到赖红姑店里去卖古董，被赖红姑识破，最后只好用身上的玉佩做抵押，换回了五十两银子。佟鹤龄看到了赖红姑身上悬挂的玉佩，引起他的好奇，追根溯源，才知道玉佩是木蝴蝶的。他又亲耳听到木蝴蝶唱的一支小曲，更使他联想起一些支离破碎的往事。

老吉免费送药的营生实在做不下去了，于是，想到了一个以恶制恶的绝招，他带着徒弟二人上街收购假药，此举使孔笙颇为不解。知府夫人喝了贺天章进贡的“老吉药茶”，十分高兴，让贺天章继续供药。贺天章只好求到老吉门下，花高价购买，老吉慨然应允。然而，他卖给贺天章的“老吉药茶”，却是从街上收来的假药。贺天章将此药奉送给知府，喝得知府夫人上吐下泻。知府大怒，抓来贺天章问罪。贺天章招供，药茶来自老吉处。知府又将老吉带入大堂，老吉坦言，这些药茶都是他从街上花低价买来的。于是，一个以贺天章为首的制造假药的黑窝点被揭开，所有假药被当众焚毁。贺天章不但挨了板子，而且药去财空。知府为了惩罚老吉知假售假，决定将其药铺查封。老吉借机来到赖红姑的古董店，做了一名打工伙计。老吉在赖红姑的古董店里笨手笨脚，惹出一系列的麻烦，先是把瘾君子陆师爷送来抵押的瓷瓶打碎，又擅自把万道台的字作为赔偿送给了陆师爷，惹得赖红姑大怒，一定要把老吉赶出古董店。佟鹤龄得知老吉药铺被封，出资为老吉赎回了药铺。木蝴蝶趁着干爹不在，自作主张把药铺装修得不伦不类，还洋洋得意地做起了女老板，差点没把孔笙的鼻子气歪。

佟鹤龄在庆州表面上是做生意，暗地里却和洋人神甫相勾结，建教堂，开烟馆。神甫为了扩大烟馆，看中了老吉的药铺，为了达到目的，让贺天章去勾引孔笙吸鸦片，孔笙真的中了圈套，木蝴蝶又气又恨。孔笙吸鸦片上了瘾，虽内心悔恨却不能自拔。老吉请教顾西来，西医有无戒毒良药。顾西来告之，英国人自己从来不吸鸦片，全把鸦片运到殖民地去了。他希望老吉能用中医的方法研究出一条戒毒的路子。赖红姑愈发对佟鹤龄产生了怀疑，她登门去找佟鹤龄对质，却碰了一个不软不硬的钉子。赖红姑在回来的路上遇到陆师爷，得知万道台那副字是陆师爷做圈套骗走的，她这才发现是自己误会了老吉，对老吉生出一种愧疚和思恋。