慈禧亲笔写下手谕，让李公公到天牢里以为慈禧治病为名，解救出老吉，并让老吉将计就计，把顺亲王骗进宫来。顺亲王以为慈禧真的被赖红姑刺伤，准备进宫去收拾残局，不料，却中了慈禧的圈套。赖红姑、杨小云与顺亲王一番厮杀，顺亲王当场毙命。顺亲王的亲信党羽一夜之间被剿灭，孔笙也因此被抓入大牢，幸得老吉求情，免于一死。慈禧要奖赏老吉，老吉坚决要求回岭南，被慈禧获准，赖红姑则被慈禧封为红格格。赖红姑为老吉送行，正好碰到落魄的孔笙，孔笙求老吉原谅他的过错，继续收他为徒。老吉坚决不允，孔笙悲痛万分，喝下了赖红姑调制的“毒药”。（实为安眠药）老吉、孔笙、木蝴蝶从此结束了宫廷的荣华富贵和惊心动魄，离开了京城。老吉一行回到岭南，一路上看到不少怪现象，求神拜佛的，有病不治的，跳崖自杀的，老吉心惊肉跳。老吉带着木蝴蝶和孔笙回到自己的药铺，想不到药铺早已被贺天章变卖，变成了足浴按摩房，那块“药侠”的金匾也成了足浴房的招牌。

老吉要找贺天章算帐，到了贺天章药店，发现这里已变成黑莲教讲经说法的讲坛，一群无知百姓跪地听讲，贺天章俨然一个小头目模样，正端着铜盆为教徒洒点圣水，见到老吉来，将整整一盆水全泼到了老吉的身上。贺天章临时将老吉一行安排到一处小竹屋，并找来一个哑巴做仆人。佟鹤龄从南洋再次归来，住进了望海楼客栈，佟鹤龄寻访老吉不遇，却遇到贺天章。贺天章套出佟鹤龄归来的目的，原来，他一方面要与木蝴蝶同享天伦，一方面带了大笔资金准备投资老吉药茶，扩大市场。贺天章想打这笔钱的主意，故意骗佟鹤龄，说老吉生死不明，让佟鹤龄与自己合作，佟鹤龄不允。木蝴蝶带着药茶到城里来推销，在望海楼门口，教徒们都不喝药茶，让木蝴蝶气恼不已。吵闹之声惊动了佟鹤龄，使木蝴蝶与父亲意外相逢。木蝴蝶在一个偶然的机会，见到了黑莲教教主，顿时一见倾心。佟鹤龄带着木蝴蝶上街买东西，木蝴蝶买下一个价格不菲的玉莲花，准备找机会献给黑莲教教主。赖红姑奉旨回岭南查邪教。看到老吉的药铺变成了足浴中心，女老板告之旧东家病死了。赖红姑误以为说的是老吉，十分悲痛。

赖红姑恍恍惚惚走在街上，突然看到老吉和贺天章大摇大摆进了一家妓院。一身男装的赖红姑，在老吉隔壁厢房坐定，只听老吉跟姑娘们打情骂俏。赖红姑越听越恼，拍案而起，一场混战把妓院搅得七零八落。黑莲教教主得知赖红姑是朝廷新封的红格格，主动登门求见，并恭请赖红姑入教。赖红姑为打入黑莲教内部，慷然应允。贺天章利用赖红姑为教会造势，特设莲花宝座，大张旗鼓迎接赖红姑入坛。木蝴蝶在教民中听说京城来了个格格，又亲眼看到贺天章把赖红姑请上教会神坛，简直不敢相信自己的眼睛。木蝴蝶告之老吉赖红姑回来了。老吉随木蝴蝶赶到现场，教主当众封赖红姑为黑莲教圣姑。赖红姑走下神坛为每个教民滴水赐福，走到老吉身边，老吉迫不及待地拦住赖红姑，赖红姑却不理不睬。老吉气急高声叫嚷，被教主冠以亵渎圣姑之罪，抬起来扔了出去。老吉以为赖红姑变了心，心里愤愤不平，却不知这盐打哪咸，醋打哪酸。黑莲教五名教徒集体自杀，事件惊动官府，官府派兵前去制止，但来迟一步，只有一个教徒被救下，其余全部身亡。老吉耳闻目睹，愈发觉得事态严重，认定黑莲教是一个杀人的魔教，老吉担心赖红姑，劝赖红姑不要上当。赖红姑故意说反话，气跑老吉。木蝴蝶迷上了黑莲教教主，不顾父亲和老吉的反对，执意加入黑莲教。父亲一气之下，将她反锁在屋中，木蝴蝶又急又气，无奈中，忽然发现窗户纸捅破了一个窟窿，有人为她送来了锯条。

木蝴蝶逃出客栈，一心去找黑莲教主，路遇两个流氓，危急时刻，一侠客从天而降，将木蝴蝶解救出来。木蝴蝶愈发坚信，是教主在保佑她。木蝴蝶找到教主所在地，教主打开一个暗门，里面别有洞天，香雾缭绕，木蝴蝶很快中了迷药。教主露出真面目，欲行不轨。幸亏孔笙及时赶到，拿起香炉朝教主砸过去，教主却用木蝴蝶做挡箭牌，木蝴蝶被砸伤。教民们纷纷赶来，要和孔笙拼命。老吉和佟鹤龄带着官兵赶到。一群人全部被扭送到官府。公堂之上，知府主审孔笙，老吉义愤填膺，慷慨激昂揭露邪教，捎带连赖红姑一块痛骂。在衙门后面偷听的赖红姑，忍不住站了出来，端出了老吉去妓院的丑事。孔笙为老吉澄清了不白之冤。赖红姑觉得错怪了老吉，心中过意不去，派人给老吉送来了陶埙。木蝴蝶从昏迷中醒来，责怪孔笙坏了她的好事，对孔笙又打又骂，佟鹤龄怕木蝴蝶出事，特地买了一所大宅院，把木蝴蝶软禁起来。木蝴蝶心中仍然思念教主，只好让教会姑娘阿兰为她传递信息。赖红姑和老吉重归于好，老吉苦心劝赖红姑离开黑莲教，赖红姑也不便说明真相，只是一味敷衍，老吉很失望，下决心揭穿黑莲教的小把戏。黑莲教教主雇了一帮托儿冒充从朝圣地回来，把圣地吹得天花乱坠。阿兰没钱交报名费，被撵了出来，正好被教主撞见，教主见其年轻美貌，破格给了她一个名额。阿兰喜出望外。赖红姑一旁冷眼旁观。

阿兰给木蝴蝶送来一封教主的亲笔信。信中劝木蝴蝶前往圣地，功德圆满后便会成为莲花使者。看得木蝴蝶心潮澎湃。孔笙看到这一幕，质问木蝴蝶，并抢过书信，收缴了教主送给木蝴蝶的天梯。佟鹤龄回到家中，发现木蝴蝶不见了踪影。他去找贺天章询问，正好碰到阿兰奶奶，得知木蝴蝶和阿兰准备一块去朝圣，并从贺天章嘴里得知朝圣的人无一归还。木蝴蝶中途被孔笙救下。木蝴蝶对孔笙又抓又咬，孔笙无奈，只好将其打晕，孔笙把木蝴蝶背回老吉住的小院。次日，老吉去找佟鹤龄，赫然发现佟鹤龄已死，身边留有遗书一封。赖红姑发现了遗书上的疑点，指示知府详查，并派孔笙追查佟鹤龄生前接触过的所有人。同时指令老吉为佟鹤龄验尸。老吉证实佟鹤龄为他杀，确切的死亡时间在傍晚时分。贺天章为择清自己，把从佟府上偷来的西洋座钟抱到教会暗室，正好碰到黑莲教教主，便假心假意地把座钟送给了教主。孔笙带人到贺天章家搜查，不料，贺天章刚刚送出去的那个西洋座钟又意外地回到了他的桌上。被孔笙抓了个正着。贺天章作为疑犯被押入大堂，他承认当天晚上他确实去过佟府，但并没有见到佟鹤龄。众人对贺天章的招供将信将疑，赖红姑却建议放人。

贺天章回到家中，辗转难眠，突然有个黑衣人上门行刺。赖红姑及时出手相救，蒙面人逃脱。贺天章心惊胆战，一大早来到府衙击鼓，承认自己就是谋害佟鹤龄的凶手！目的是为了住进牢房，图个平安。木蝴蝶为父亲守灵，黑莲教教主亲自登门作法，助佟鹤龄升天，木蝴蝶十分感动。木蝴蝶为报答黑莲教教主，决定将父亲遗留的十万银票，全部兑换成银子，送给黑莲教。木蝴蝶去钱庄兑银时，正碰上赖红姑和一些乔装打扮的精兵。正当赖红姑与木蝴蝶纠缠之际，赖红姑突然意识到这是声东击西之计，待她返回到钱庄，钱庄老板已遇害，银两不翼而飞。赖红姑把木蝴蝶押上大堂，木蝴蝶却骂赖红姑公报私仇，孔笙和老吉都为木蝴蝶的执迷不悟而忧心。阿兰的奶奶意外身亡，贺天章终于供出了教主，木蝴蝶如梦初醒。赖红姑连夜审讯黑莲教教主，教主对杀害佟鹤龄供认不讳，但赖红姑却觉得事情并不像这么简单。