佟鹤龄通过玉佩的线索终于查明，木蝴蝶就是他的亲生女儿，当他拿着另外半块玉佩准备和木蝴蝶相认时，玉佩不慎失落，被孔笙捡到，将玉佩押在赖红姑处，换钱吸了大烟。赖红姑发现那半块玉佩不是木蝴蝶的心生蹊跷，她主动找木蝴蝶打探木蝴蝶的家事，木蝴蝶一阵胡吹乱侃。老吉冥思苦想地研究戒毒，收效甚微。神甫从贺天章处得知老吉在研究戒毒，想让老吉放弃这种做法，特地请老吉吃西餐，老吉也将计就计，让神甫给他送烟膏。这件事被贺天章透露给赖红姑，赖红姑以为老吉真的堕落了，一怒之下，将老吉研究戒毒的十几个药罐砸个稀烂。孔笙半夜犯了烟瘾，去找老吉藏匿的烟膏，被老吉发现，无处躲藏，只好跳进了浴缸。木蝴蝶为了给孔笙打掩护，将被赖红姑打翻的各种药渣药汤通通倒进浴缸，结果，阴差阳错，竟然把孔笙的烟瘾戒掉了。瘾君子陆师爷无意中认出佟鹤龄就是当年的万道台。他为了敲诈佟鹤龄，写下一封匿名信，让他出一百两银子，装在药罐里，放在树下。谁知，这银子竟被木蝴蝶拿了去，使佟鹤龄百思不得其解。当佟鹤龄意识到，陆师爷将给他带来麻烦、决定干掉陆师爷时，赖红姑已提前一步将陆师爷救下。

老吉为了捉弄神甫，也请神甫吃了一顿美味佳肴，谁知，神甫回去便上吐下泻。神甫把状告到知府，说老吉害他，但食物中却查不出半点有毒物质，原来，老吉是利用食物相克的原理，故意给神甫一点厉害尝尝。赖红姑经过一番艰难的排查，终于弄清，佟鹤龄便是当年杀害父亲的万道台。红姑提剑前往佟鹤龄住处，决定报仇雪恨，不料，正碰上木蝴蝶与佟鹤龄相认。赖红姑一剑刺去，被木蝴蝶挡住。赖红姑被他们的父女亲情所感动，抽剑走开了。老吉几经试验，终于摸索到戒毒良方，成立了戒烟馆。佟鹤龄良心发现，愧悔交加，让神甫归还了所有烟民的房契、地契，决定带着女儿木蝴蝶远离庆州。但木蝴蝶却舍不得老吉和药铺。佟鹤龄答应木蝴蝶留下，他也打算把南洋的产业搬到庆州来，叶落归根，安度晚年。

老吉突然接到懿旨，让其顶替太医刘洪到紫禁城做御医。老吉摸不清底细，托病敷衍。赖红姑得知后，答应陪同老吉一同前往。因为她调查清楚万道台也是受人指使，她要把杀父的真正元凶查出来。老吉得知太医刘洪是因老母病逝回家奔丧，路经刘洪府时，便约了赖红姑一起去府上吊孝，谁知刘洪老母精神矍铄，老吉被棍棒哄赶出来。老吉愈发觉得事情蹊跷。到了京城，老吉一行被安置在皇城根的一个四合院里，等待太后召见。老吉带着两个徒弟上街，看到什么都觉得新鲜。孔笙在路上碰到一个绝色女子，要为其诊病，却换了一顿臭骂，他万万没想到，这位绝色女子便是从宫中跑出来幽会情人的七格格

老吉一行被太后宣召进宫，正赶上两宫太后在戏楼看戏。慈安对慈禧召土郎中老吉进京颇为不解，她从骨子里看不起这个乡下土郎中。慈禧决定当场考考老吉。她先让老吉对一副用九味中草药药名串成的长联，老吉对得十分工整，慈禧暗中叹服。慈禧又让老吉为自己和慈安悬丝诊脉。慈安让七格格替她躺入账中，老吉摸着摸着，竟虚脱晕倒。原来，老吉在诊脉时发现了喜脉，他惊恐难言，只好耍了个花招。这件事引得慈安一阵嘲笑。顺亲王却从中看出破绽，把老吉接到府上了解情况，老吉不敢直言，恳求顺亲王放他回岭南，顺亲王没有答应。

格格陪慈禧在园中散步，慈禧想把七格格许给顺亲王的四贝勒，七格格却喜欢京剧武生杨小云。慈禧发现七格格有反胃呕吐症状，宣老吉进宫为七格格诊脉，老吉再次被吓个半死，原来七格格也是喜脉。赖红姑替老吉去给七格格送药，从七格格嘴里得知，她那天为慈安当替身的事，老吉这才弄明白，原来怀孕的只是七格格一人。七格格恳请老吉救她，否则，就一死了之。老吉给七格格开一服打胎药，也请七格格在太后面前说情话，放他们回岭南。慈禧考虑到慈安对老吉的反感，决定放老吉回去，临走前让老吉开一些养颜美容的药方，赖红姑利用这个机会，写了一张特殊的“药方”，引发了慈禧的兴趣。慈禧宣老吉、赖红姑进见。老吉不知何故，赖红姑却十分坦然，当着慈禧的面对那张特殊的药方侃侃而谈，慈禧对赖红姑十分喜欢，故而决定把老吉等人重新留下。老吉责怪赖红姑害了他。

慈安太后突然病了，且病势越来越重，请了几拨太医医治，均不见效。慈禧宣老吉为慈安看病，老吉开出一张虎狼药方，太医院的人不敢依方抓药，擅自减了药量，结果，慈安的病非旦没有好转，反而危在旦夕。老吉因此被绑，就在准备行刑时，赖红姑闯入宫中，弄清了事情真相，救了老吉。慈安因殆误时机，已病入膏肓。老吉提出，要救慈安，必须用“凤脂”做药引子，所谓“凤脂”便是西太后慈禧的血，慈禧慨然允之。慈安转危为安，了解详情后十分感动，当着慈禧的面，烧毁了先帝留下的秘诏。两宫太后决定褒奖老吉救驾之功，老吉提出，既不要官，也不要钱，只求太后准许他回岭南，两宫太后驳回了他的请求。老吉被御封为太医院院长，官至五品。两宫太后同时赐与红姑一枚进宫腰牌，可随时到后宫行走。