阿多拉斯誓要破坏父亲德川的一切，阿童木力劝他改变思维无果，两机械人难免再度对决。未几，阿童木在天马博士家中寻回属于自己的回忆片段，茶水博士也不再隐瞒，说出阿童木和天马博士的关系。阿多拉斯再次搞破坏，阿童木阻止他，演变成大决战，期间阿多拉斯寻回其父对他的关怀，但为时已晚，月面基地的大爆炸已将他吞噬。

喜欢以小丑姿态愚弄世人的加藤博士，预告三周后会发生不寻常事件，果然三周后开通的特快列车"霓虹光号"被装上炸弹，要以“生死时速”飞驰。恰在车上的阿童木负责清除炸弹，与幕后操控一切的加藤斗智斗力，最后虽然成功清除炸弹，解救了广大民众，但加藤扬长而去，危机仍会再临。

市内突然出现一部怪异机械人，并到处破坏。茶水博士一众追查下，发觉其前身原来是富家子藤本拓也的玩伴机械人阿伦。阿童木试图解开此机械人的心结，但局势一发不可收拾。后来拓也现身，怪异机械人在良心驱使下变回残缺不全的阿伦。茶水博士修复阿伦，拓也得玩伴重回身边，事件圆满地解决。

危险性极高，早被封存深海的"金星机械人"重现人世，野心家天马博士随即藉此等"武器"来作乱。茶水博士集一众之力图阻止"金星机械人"启动冷冻系统，期间阿童木与其中的“队长”有过接触。最后，众"金星机械人"知道自己受骗，安静的返回深海，化解了人类的极大危机。

茶水博士一众在比拉洛迪市观看由机械人组成的马戏团表演，发现当中竟有一名假扮机械人的人类小孩里诺。看不起机械人的大财阀古斯达夫藉此为理由逼害马戏团，阿童木挺身而出，从警察围捕中救出马戏团一家。

大坏蛋臭鼬鼠落网，被关进高设防的监狱，但他却利用一部已报废的巨大表演机械人珍宝来助他逃狱，阿童木试图阻止珍宝，但无功而回，这时，一向视珍宝为陪伴自己成长的好友的小翠老师以真情打动珍宝，令它回复善良本性。臭鼬鼠逃狱功败垂成，但众小朋友却多了一个玩伴-珍宝。