卧底调查机械人古拉斯完成最后一件任务后突然失踪，原来是因为逃避将会进行的将所有记忆洗去的翻新程式。调查部同时为所有机械人装上病毒，病毒会于机械人失踪后马上启动，24小时内会丧失机能。阿童木及茶水博士得知后马上带同解药出发寻找古拉斯，希望能及时救回古拉斯一命……

马由拉王国的佳雅公主邀请阿童木及一众好友到马由拉游玩，该国正为下月举行的大型嘉年华会作准备。但众机械人近月来甚少与人类说话，佳雅公主认为他们不喜欢在此生活，十分担忧。阿童木等人深入多郎森林寻找龙神多郎的踪影，但竟发现一众机械人就聚集在森林中，到底他们在打什么主意？

将军之女爱娜失足坠楼昏迷，将军疑是GP4机械人杰普所为，将之拘禁。议事长将事情闹大，造成大都市人类与机械人的极大误会，引起恐慌。法庭裁定销毁杰普，人类误以为其他GP4机械人会因为反对销毁杰普而袭击人类，故先下手为强，幸得青骑士阻止，但全面回收GP4机械人行动经已展开，事件的真相却被埋藏于爱娜的脑袋中。

青骑士劫走大批GP4，带领众机械人于南极建立独立国家“机械坦尼亚”，列度将军认为他等于向人类宣战，下令销毁所有拥有人工智能的机械人之余，更派军往南极攻打“机械坦尼亚”。列度将军更认为创自天马博士的阿童木将成为机械人的领袖，是人类最大的敌人，茶水博士更被直指为人类社会的叛徒。军队出发之际，阿童木亦赶往“机械坦尼亚”说服青骑士，阻止战争爆发。

南极大陆 青骑士建立机械坦尼亚，展开与人类的战斗。阿童木能量耗尽，被天马博士救回性命，天马博士游说阿童木成为“机械人的王者”，参与对抗人类。青骑士击倒人类军队，列度将军启动未经联邦政府批准的卫星武器，以图摧毁机械坦尼亚及众多机械人。另一边厢，大都市执法人员开始将反抗人类的机械人解体，包括小兰……

爱娜向列度将军说明杰普的清白，列度将军愿意暂停攻击，派出阿童木担任人类大使，说服青骑士放弃计划，众多已前往机械坦尼亚的机械人受阿童木的说话感动，回想起与人类一同生活的快乐时光，纷纷放弃机械坦尼亚计划。青骑士驾驶机械坦尼亚离开地球之时，林保发射飞弹向机械坦尼亚袭击，阿童木为保护机械坦尼亚而被飞弹击中死亡！！