“深层市”市长马尼忽视环保工作，此市设计者些帕斯查教授惟有用药刺激起树木的防御本能，一时间树根乱窜，深层市危在旦夕，在阿童木的努力下，些帕斯查教授找出平衡树木怒气的方法，最后令深层市回复平静。

以加田里为首的反机械人主义者以“空间旋涡投射器”来骑劫载客量极大的飞船，阿童木奉命拯救，但力不从心，这时以协助机械人为己任的青骑士现身相助，闯过惊险的一幕后，终于助飞船安全降落。事后，青骑士没留名姓，消失于夜空间。

臭鼬鼠掳走专研磁力机械人的女科学家和登，并利用她的发明品来犯案，令多华斯警官束手无策。脾性古怪的侦探胡子伯伯误打误撞间与此案拉上关系，阿童木更成了他的助手，结果二人查出臭鼬鼠的藏身处，举报将他拘捕。至此，胡子伯伯的侦探地位获得众人认同。

商人贾钖图和下属哈杜进入宇宙人造星凯多拿偷窃机密资料，事败后竟然启动了星上的自毁系统意图毁灭罪证。众多机械人被困星内，人类竟然见死不救，阿童木得青骑士协助，仅能延长众机械人的活命时间，最后关头，良心发现的贾钖图说出解开自毁系统的密码，众多机械人才逃过一劫。

专门投弃有害废物的黑魔女三人组又作恶，搞出“亡灵大骚动”，阿童木之妹小兰和侦探胡子伯伯追查背后的原因，结果找到来三人组的基地。三人组欲加害小兰二人，幸阿童木及时来到，捉拿了三人组，解救了地球的一次生态大危机。经此事后，小兰不再坚持要和哥哥阿童木“平等”，开始领会自己优点。

阿童木随“地核探索者”深入地底探险，起初和队长远望有争拗，总不能打开相互合作的门路。随队的野心家艾尔卡图欲带走奇货可居的地底生物，却引来地底生态系统的反噬，混乱间溶岩从地心涌出，眼看“地核探索者”将遭没顶时，阿童木和远望紧密合作，最后关头疏导了溶岩，助“地核探索者”逃出生天。