阿童木和小兰随波普地教授及少年里诺到许多船只无故失踪、充满神秘的“佳美伦海域”探究，专职探究深海的机械海豚古朗胆小如鼠，在探究过程中弄出乱子，幸得里诺耐心的鼓励，古朗终于解开了“佳美伦海域”之谜，并立定目标要做最出色的深海调查员。

火星移民区罪案甚多，阿童木往查究时遇上专为机械人出头与人类对抗的青骑士，期间青骑士碰上与他有渊源的不法之徒火腿蛋。火腿蛋设计加害青骑士，混战之间，阿童木虽助青骑士脱困，惜两人的理念始终不同，惟有再次各走各路，但阿童木仍深信人类最终必可和机械人共存。

寂寞女孩莲娜被童话故事中的妖精吸引，与阿童木等小孩一同找妖精期间，恰巧迷李博士正进行犯罪活动，一轮扰攘后迷李博士的罪行败露，混战间莲娜理解到父亲对她的关怀，终解开自己的心结。父女和好，莲娜将一切功劳归于和自己一齐成长的妖精。

连续发生多宗月球物质“月神之光”被盗事件，阿童木展开追查时发现事情竟和宇宙顶尖文明有关，一名叫朗克的男子妄想夺取“月神之光”所代表的超能力，令自己成为有无比力量的“超人类”。阿童木接触过“超人类”的讯息后破坏了朗克的好事，但却救不了无辜的“超人类”朱美。

被卷进异空间管道的超能力使用者朗克大难不死，还找到再次接触“月亮之塔”的契机。阿童木被他骗进神秘的古遗迹中，助他召来“月亮之塔”，朗克意图进入塔内夺取成为“超人类”之钥匙，但阿童木及时唤出他的良知。“月亮之塔”消失，朗克亦大彻大悟，选择做回一个没有超能力的普通人。

阿童木在“宇宙营地”遇上年青女学员罗莎丽，马上有种神奇感觉。另一男学员安顿也喜欢罗莎丽，遂托阿童木“传话”。就此，三人发展出微妙关系，辗转间更齐齐被牵涉入火箭误升空事件中，最后由阿童木施展浑身解数挽救了危难。事后，阿童木获得罗莎丽的香吻，安顿亦不就此放弃，立誓要在罗莎丽完成飞行后向她展开追求。