茶水博士无法使在大爆炸中丧命的阿童木复活，惟有求救于天马傅士。天马博士成功令阿童木复活，但却紧紧控制着他的思想。小兰连同阿童木的好友展开回复阿童木记忆的行动，期间冥顽不灵的林保来袭，刺激起阿童木回复昔日的记忆。天马博士再次失去爱儿，大受打击之余，决定展开大报复。

最后的对决！

天马博士令科学省陷于火海，要胁和阿童木单独见面。对话中，天马博士不断自圆其说，讲解自己对这名“儿子”的爱，内心却渴求儿子的认同，阿童木虽否定天马博士的行径，但始终有一份父子之情，最后以真情打动天马博士，挽救了科学省。事件过后，人类开始和机械人融洽相处，共创新纪元。