虽然自己对基拉所说的那些事情也不甚清楚，但阿斯兰仍然在基拉面前一心为杜朗达尔议长辩护，并拒绝了卡嘉莉让其回奥布或大天使号的请求。由于立场的不同，双方最终还是只能黯然分道扬镳。真带着雷撤出罗德尼亚研究所之后迅速向塔丽亚做了汇报。由于雷的异常状况，ZAFT军开始对这个研究所进行全面的清查，发现这里竟然是联合的强化人研究所。而罗德尼亚研究所其实也是奥尔等人接受培养的地方。在收到研究所被ZAFT军占据的消息后，受到奥尔无意识语言刺激的史黛拉驾驶盖娅高达强行出击，前往罗德尼亚研究所……

发现史黛拉受伤之后，真立即带着她返回密涅瓦号进行救治。他的所为令密涅瓦号的众人为之大吃一惊。在经过随舰医生检查之后，发现史黛拉有可能是联合军的强化人，其身体经过了基因操作，并且数据相当接近罗德尼亚研究所；而就连记忆也被进行了人为的操作。经过短暂的治疗，史黛拉醒了过来。但是由于强化药物的影响，她对于真的记忆已变得相当模糊……

借助于抢来的穿梭机，拉克丝和巴尔特菲尔德成功地回到了隐藏在废弃物飘流带中的永恒号上。吃了哑巴亏的杜朗达尔议长秘密下令尽快抓住拉克丝，并计划趁拉克丝和基拉分开的良机各个击破。另一方面，加百列继续对尼奥施压，要求其务必消灭目前已成为ZAFT军象征的密涅瓦号。完成了跟踪阿斯兰任务的露娜玛丽亚向塔丽亚复命，但基拉对阿斯兰所说的那些关于真假拉克丝的事却始终萦绕在她的心头……

在地球联合和奥布的夹击下，密涅瓦号陷入了前所未有的苦战。奥布军的村雨队对密涅瓦号发动决死的攻击，雷的MS被重创，阿斯兰和真也被斯汀和奥尔死死缠住无法脱身，幸好自由高达及时赶到化解了危机。同时赶到战场的卡嘉莉命令奥布军立即停战撤军，但战斗却一直持续了下去。混战中，斯汀和奥尔先后被基拉和发动了种能力的真击破，奥尔战死。奥布军不顾卡嘉莉的撤军命令，继续对密涅瓦号实施攻击。露娜玛丽亚的机体被大破，本人也不幸重伤。真换装剑影系统，大破奥布舰队。见此情景，基拉将一直阻碍着自己的阿斯兰击坠……

收到拉克丝回到宇宙的消息之后，在独自一人的杜朗达尔议长的面前，出现了克鲁泽的幻影。“他们是在何时何地，因为什么而相遇的？”议长陷入了对往事的追忆之中。“如果人注定会相逢，如果一切都是注定的，那么努力挣扎活下去的意义又是什么？”克隆人克鲁泽和身为遗传学专家的杜朗达尔议长原本是旧识，在幻觉和回忆的交织之中，显现出杜朗达尔的内心也有着无法释然的东西。“如果无法回头，那么从一开始就选择正确的道路。”下定决心的杜朗达尔选择了自己的道路……

受户高上校殉职前的嘱托，奥布舰队残余人员在天城上尉的带领下来到大天使号上投奔卡嘉莉，并为基拉等人所接受。损伤惨重的密涅瓦号开始了休整，在战斗中负伤的露娜玛丽亚恢复了过来，然而阿斯兰却日渐消沉。史黛拉的身体状况越发危险，真无意间听到了随舰军医和塔丽亚的对话，发现史黛拉将要被PLANT用于研究，不禁大惊失色。夜晚，在雷的协助下，真驾驶脉动高达强行带走了史黛拉，随后雷向塔丽亚承担了关于放走斯特拉一事的一切责任……